В 1963 г. появилась на свет другая раскольническая организация — Фронт борьбы за национальную независимость Гвинеи (ФЛИНГ), в которую вошли УНГП, Фронт освобождения Гвинеи (ФЛГ) и другие мелкие группы.

С самого начала руководство этой организации имело тесные связи с ПИДЕ и ЦРУ и ставило своей задачей осуществление раскола национально-освободительного движения и создание трудностей на пути развертывания борьбы ПАИГКза освобождение колонии. Многие руководители и члены ФЛИНГ были открыто враждебны к зеленомысцам и часто вспоминали о роли зеленомысских торговцев в период работорговли и зеленомысских администраторов при колониализме. В 1966 г. президентом ФЛИНГ стал Ж. Пинто Булл. После этого организация начала тесно сотрудничать с колониальными властями. В 1963—1967 гг. ОАЕ пыталась добиться объединения ПАИГК и ФЛИНГ Особенно большую активность в этом вопросе проявил президент Сенегала Л. Сенгор. С 1967 г. он стал признавать ПАИГК в качестве подлинного представителя народа Гвинеи-Бисау, но сенегальская поддержка ФЛИНГ продолжалась до 1970 г. По мере того как росли успехи ПАИГК, ФЛИНГ активизировал военные и подрывные действия против нее и был причастен к убийству Кабрала. В 1973 г. генеральным секретарем Фронта стал Домингуш Жозеф да Силва. В мае 1974 г. ФЛИНГ организовал беспорядки в Бисау, Болама и Бафа-та. Организация была дискредитирована и разоблачена как агентура колонизаторов. В апреле 1976 г. многие члены ФЛИНГ были арестованы правительством Гвинеи-Бисау. Штаб-квартира ФЛИНГ находилась в Дакаре (Сенегал).

Изучив вопрос о роли различных организаций в освободительном движении Гвинеи-Бисау, Комитет освобождения ОАЕ на сессии в Дакаре в июле 1969 г. принял решение, гласящее, что единственным представителем народа этой страны следует считать ПАИГК. Такое же решение принял в 1972 г. и Комитет по деколонизации ООН. В резолюции, принятой 13 апреля после доклада специальной миссии Комитета, выезжавшей в Гвинею-Бисау, подчеркивалось, что он признает ПАИГК «единственным и подлинным представителем народа этой территории и просит все государства и специализированные учреждения, а также другие организации в системе ООН принять это во внимание при рассмотрении вопросов, касающихся Гвинеи-Бисау и Островов Зеленого Мыса».

Резолюция, принятая Комитетом по деколонизации ООН, требовала, чтобы все государства и учреждения ООН предоставляли народу Гвинеи-Бисау через ПАИГК «моральную и материальную помощь, необходимую для продолжения его борьбы за восстановление его неотъемлемого права на самоопределение и независимость».

Несмотря на все трудности, национально-освободительная борьба в Гвинее-Бисау достигла выдающихся успехов. К концу 1973 г. регулярные воинские части ПАИГК держали под своим эффективным контролем три четверти территории страны, или около 30 000 кв. км.

В освобожденных районах строилась новая жизнь. Под руководством ПАИГК постепенно внедрялось на различных уровнях — от села до округа — самоуправление на демократических началах. В местных партийных организациях были созданы специальные комитеты по социальным вопросам. Во всех освобожденных районах была полностью ликвидирована португальская колониальная администрация, и народ сам выбирал свои местные органы власти.

Особое внимание ПАИГК уделяла вопросу увеличения сельскохозяйственного производства во всех освобожденных районах, особенно культуре риса. ПАИГК выдвинула в качестве первоочередной задачи увеличение промышленного производства и повышение производительности труда. Руководители созданной в освобожденной зоне профсоюзной организации (УНТГ) были ответственны перед партией за выполнение этой задачи.

По решению органов народной власти был ликвидирован и лишен концессий ряд колониальных компаний, в том числе «Сосьете коммерсиэл д'Отр мор», действовавшая в южных районах страны. Организовывалась внутренняя торговля, открылись народные магазины для закупки продуктов сельского хозяйства и снабжения населения товарами первой необходимости. Были созданы больницы для раненых бойцов и для местного населения. Принимались профилактические меры по предупреждению эпидемических заболеваний и осуществлялось обучение среднего медицинского персонала.

ПАИГК с самого начала выдвинула в качестве одной из первоочередных задач ликвидацию неграмотности и подготовку национальных кадров. Основу системы образования составляли деревенские школы, созданные во всех освобожденных зонах. В этих зонах уже к 1965 г. было свыше 13 000 школьников. Как пишут французские авторы, специально изучавшие этот вопрос, «строительство этих школ являло собой пример богатого воображения и адаптации к реалиям страны и ситуации. Это были примитивные сооружения из бамбука, покрытые пальмовыми листьями, спрятанные в густых джунглях вдали от деревень, которые часто бывали мишенями для бомбежек. В случае тревоги их можно было быстро эвакуировать, а в случае бомбежки — легко и быстро восстановить».

Срок обучения в большинстве таких школ был всего лишь два года. В конце обучения учителя отбирали лучших школьников, которые продолжали образование в интернатах, где они учились еще два года. Главная причина столь коротких сроков обучения — нехватка квалифицированных преподавателей. Молодых людей, окончивших интернаты, ПАИГК направляла на работу в деревенские школы. По данным этой организации, в 1971—1972 гг. было 164 начальные школы (деревенские и интернаты), 258 учителей, 14 531 ученик. В 1971 г. открылось еще 4 интерната, в каждом из которых обучалось около 70 мальчиков и девочек. В первую очередь в эти интернаты принимали сирот и детей бойцов ПАИГК. С 1969 по 1971 г. 76 учащихся средних школ обучались за границей — в Зигиншоре (Сенегал) и Конакри. Средняя школа в Конакри была открыта в 1965 г. Это был центр, где учащимися стали сироты и дети бойцов. 36 гвинейцев были направлены ПАИГК за границу для получения высшего образования. 386 человек получили техническую специализацию.

Первой страной, предложившей помощь ПАИГК по части подготовки кадров, был Советский Союз. Многие гвинейские юноши и девушки получили образование в СССР и других социалистических странах.

Не все гвинейцы охотно посылали своих детей в школы. С наибольшим сопротивлением обучению детей (особенно девочек) ПАИГК пришлось столкнуться в районах с мусульманским населением.

Родители не хотели отдавать девочек в школы, опасаясь, что это подорвет в их глазах родительский авторитет, особенно в вопросах, связанных с традиционными брачными обычаями. В результате в 1972 г. из 14 500 учащихся было менее 4000 девочек.

В целом в области образования на освобожденных территориях ПАИГК добилась значительных успехов.

В тот период она проводила большую политическую работу среди населения освобожденных зон, несмотря на многочисленные трудности, которые были связаны прежде всего с противоречиями, порождавшимися патриархальными родоплеменными отношениями. Эти трудности проявлялись уже в фазе политической мобилизации населения, так как многие племенные вожди были заодно с колонизаторами. Они проявились и позже, когда многие местные партийные руководители обнаружили авторитарные тенденции. Партия проводила большую работу по устранению межэтнической вражды между фула и анимистскими племенами. Как писал французский журналист Г. Шальян, «в ходе войны благодаря разъяснительной работе магические и религиозные факторы потеряли свое значение. Главное противоречие составляет низкий уровень производительных сил и сопутствующие ему неграмотность, очень медленный ритм работы — продукт отношений африканца с природой. В этой области, как и в модификации социальных структур, вооруженная борьба была важнейшим стимулятором и ускорителем в той мере, в какой партия дополняла эту борьбу политической работой».