Как работала немецкая система обороны, можно посмотреть на примере конвоев в Анапу. Движение первого, состоявшего всего из двух БДБ, осуществлялось по следующему графику: в 15.00 23 февраля выход из Керчи, в 17.35 постановка на якорь близ мыса Яниш-Такиль, чтобы избежать возможной встречи ночью с советскими торпедными катерами; в 04.10 24 февраля – возобновление движения, в 09.35 прибытие в Анапу и начало разгрузки, 14.05 – окончание погрузки и выход в обратный рейс, 18.50 – постановка на якорь у мыса Панагия, 05.00 25 февраля – возобновление движения и в 10.20 прибытие в Феодосию. В дальнейшем с целью ускорения оборота немецкое командование отменило стоянку на обратном пути, а с середины мая в связи с увеличением продолжительности светлого времени стало проводить конвои вообще без остановок. В этом случае вышедший в 3 часа ночи конвой успевал вернуться в Керчь к 19.30. Еще в начале марта состав конвоев был увеличен до трех, в конце месяца до четырех, к концу мая – до шести БДБ. Кроме того, с этого же времени в связи с участившимися налетами советской авиации в их состав стали дополнительно включаться по одному-два надводных корабля других классов (сторожевые корабли, катера-тральщики), придаваться истребительное прикрытие. Несмотря на то что немецкие корабли на ночь в Анапе не оставались, в июле с целью защиты рейда были выставлены противоторпедные сети. Также с этого месяца в связи с обнаружением мин конвои стали проводиться за тралами. В результате в 190 конвоях прошли примерно семь сотен БДБ, из которых были потеряны всего четыре – все от действий ВВС.

Задача морской блокады Кубанского плацдарма была поставлена наркомом ВМФ 5 февраля. Уже на следующий день появилась директива Военного совета флота, в которой ставились задачи эскадре, бригадам торпедных катеров, траления и заграждения, подводных лодок, а также ВВС флота. С 8 февраля была установлена блокада побережья противника от Анапы до Феодосии, продолжительность которой планировалась на 10 суток. Этот срок определялся из предположения, что войска противника будут осуществлять эвакуацию с Кубани через свободные ото льда якорные стоянки южного побережья Таманского полуострова. В первой блокадной линии от Анапы до Керченского пролива находились торпедные катера, во второй – от Анапы до Феодосии – эсминцы и сторожевики, в третьей – две подлодки у Феодосии. До 3 марта катера совершили 69 выходов, эсминцы – семь, сторожевики – два, БТЩ – 11. Нашим блокадным силам, выходившим на патрулирование исключительно в ночное время, не удалось встретить противника в море за исключением подлодок и торпедных катеров. Внутрь Керченского пролива они проникнуть не пытались, (речь идет о блокадных действиях; 28 февраля и 12 марта специально выделенные группы катеров пытались торпедировать суда в порту Камыш-Бурун), что следует признать разумным, во-первых, потому, что в ночное время перевозки там отсутствовали, во-вторых, потому, что еще перед открытием навигации противник прикрыл вход в пролив минными полями. Опасаясь потерь от «шнелльботов», с 18 февраля командование перестало высылать в море эсминцы, а с 25 февраля и тральщики. Вражеские конвои начали ходить в Анапу только с 23 февраля, но их график был составлен таким образом, что в ночное время немецкие баржи стояли на якоре под берегом у мыса Железный Рог. На фоне берега наши катера ни разу не смогли их обнаружить, хотя с барж шум катерных моторов фиксировался неоднократно. В результате единственной действенной силой блокады оказалась авиация флота, которая в период проведения операции произвела 885 самолето-вылетов и нанесла 17 ударов по Тамани, 13 по Анапе, 9 по Гадючьему Куту и 3 по Феодосии. Поскольку большая их часть наносилась в темное время суток, результаты оказались весьма скромными и составили одну уничтоженную БДБ и одну поврежденную. Вскоре командование флотом убедилось, что противник не планирует в ближайшее время эвакуироваться с Тамани, и с 15 марта переразвернуло подлодки, сосредоточенные с февраля в Феодосийском заливе, на коммуникации у западного побережья Крыма. Был отменен и блокадный дозор торпедных катеров.

Впрочем, идеи перерезать линии снабжения Кубанского плацдарма возникали и позже. Так, 28 мая в разгар очередного сражения в районе станицы Крымской командующий Северо-Кавказским фронтом приказал ЧФ прервать коммуникации противника на Азовском и Черном морях, а также подготовить и не позднее 5 июня провести набеговые операции в районах Темрюка и Анапы. Новый командующий флотом вице-адмирал Владимирский решил ограничиться ночным ударом торпедных катеров и гидросамолетов по Анапе (хотя к тому моменту уже было точно установлено, что немецкие корабли на ночь в этом порту не остаются), а также демонстративным выходом кораблей эскадры к мысу Пицунда. Никакого переразвертывания или развертывания дополнительных сил на коммуникации противника не производилось. Таким образом, большую часть и этой кампании различные рода сил флота в рамках операций не взаимодействовали, а вели каждый свою борьбу по мере сил и возможностей.

Главной ударной силой в ближней зоне коммуникаций, безусловно, были ВВС ЧФ, но в ходе кампании активность различных родов авиации и способы их действий претерпели значительные изменения.

В 1-м квартале наиболее интенсивно действовала минно-торпедная авиация (точнее, ее единственный авиаполк) по портам и якорным стоянкам противника. Самолеты части произвели 52 удара по Тамани (133 с/в), 29 по Керчи (43 с/в), 5 по Ялте и по 3 по Анапе и Феодосии. Из 93 ударов 45 были произведены в ночное время. 40-й бап на самолетах Пе-2 произвел 26 ударов по Тамани (60 с/в), 10 ударов (16 с/в) по Керчи, 7 (20) по Гадючему Куту, 3 по Анапе и 1 по Ялте. 25 февраля полностью лишившийся техники личный состав полка убыл на завод. Приведенная выше картина явно свидетельствовала в пользу того, что наше командование всемерно пыталось увеличить количество авиаударов в ущерб их качеству – в среднем состав атакующей группы составлял 2,16–2,3 бомбардировщика. При этом вылетов для удара по судам в море практически не было. Вклад штурмовой авиации был еще меньшим – за квартал два ее полка произвели по морским целям всего 77 самолето-вылетов, включая в эту цифру удары по немецким торпедным катерам у берегов Кавказа. Эти вылеты составляли чуть более 13 % от общего числа, совершенного в течение квартала штурмовиками, что неудивительно, поскольку их основной задачей являлась поддержка войск Новороссийского оборонительного района.

Со 2-го квартала морская авиация начала разворачиваться лицом к морю. Для бомбардировочной авиации практически прекратились вылеты для ударов по аэродромам, железнодорожным станциям и позициям войск, хотя у штурмовиков такие вылеты все еще составляли 55 % от общего числа. С мая значительно выросло число ударов по кораблям противника в море. С этой целью бомбардировщики совершили в течение квартала 184 самолето-вылета (в 1-м квартале всего шесть). Этот прирост во многом объяснялся вводом в боевой состав ВВС авиаполка на американских самолетах «Бостон». Кроме того, еще 223 самолето-вылета бомбардировщиков имели своей целью порты. Штурмовики совершили 145 самолето-вылетов, в основном по целям в море. Их атаками в течение мая из состава анапских конвоев было уничтожено четыре БДБ. В то же время сами удары как бомбардировщиков, так и штурмовиков осуществлялись группами от четырех до девяти машин, что было явно мало в сравнении со средним составом конвоев. Отчеты авиабригад свидетельствуют, что качество молодого пополнения, поступавшего в части, было в этот период крайне слабым, и это отражалось не только на точности бомбометания (пилоты Пе-2 освоили бомбометание с пикирования только к 4-му кварталу года), но и на умении совершать противозенитный маневр. Кроме того, концентрация в районе Тамани больших сил авиации противника приводила к регулярным воздушным боям и чувствительным потерям, поскольку, как показала практика, истребители сопровождения качественно выполняли поставленные задачи далеко не всегда. В результате во 2-м квартале на одну потерю штурмовика приходилось всего 13 вылетов, что явилось худшим показателем за весь год (за год в среднем 24,6 вылета на одну потерю). В середине июня один из двух штурмовых авиаполков на два месяца был выведен на пополнение.