Проблемы, связанные с религией, разумеется, никуда не исчезли: отдельных людей по-прежнему обвиняли в ереси, а сочувствие к секте кызылбашей предполагало, что обвиняемый является шиитом и обязан хранить верность шаху, а не султану. В 1578 году, перед тем как разразилась война с Ираном, губернатор провинции Багдад (где было много сочувствующих Сафавидам) сообщил о том, что в провинции «не счесть еретиков и язычников», что вызвало волну преследований членов секты кызылбашей. Правительство опасалось активности «пятой колонны» в регионе с преимущественно шиитским населением. В том же 1578 году имело место единственное во второй половине XVI века серьезное восстание кызылбашей, когда среди туркменов юго-восточной Малой Азии появился человек, объявивший себя шахом Исмаилом.

Среди первых мятежников «новой волны», привлекших внимание османских властей, был некий Кара-Языджи («Черный писец») Абдулхалим, который попеременно использовался и в государственных силовых структурах, и в свите помощника губернатора одной из провинций. Лишившись работы, когда его хозяина сместили с должности, он вступил в шайку бывших ополченцев и вскоре стал их главарем, а его имя упоминалось в связи с целой серией опасных беспорядков, которые имели место в различных частях Малой Азии как раз в тот момент, когда большинство военных находилось на войне в Венгрии. Эти беспорядки заставили многих людей (и христиан и мусульман) бежать в Стамбул. Кара-Языджи давал распоряжения и делал назначения так, словно он был султаном. Одного из своих сторонников он назначил своим великим визирем и так организовал свои вооруженные силы, словно они были войсками Османского государства. Как и другие вожаки, пытавшиеся улучшить свое положение в обществе, он объявил себя потомком шахов и утверждал, что пророк Мухаммед явился ему во сне и даровал ему право повелевать. Губернатор провинции Караман, которому в 1599 году было приказано подавить мятеж Кара-Языджи, вместо этого присоединился к мятежникам. После этого из Стамбула была направлена армия под командованием Синанпашазаде Мехмед-паши, который был сыном покойного великого визиря, грозного Коджи Синан-паши. Мятежники нашли прибежище в городе Урфа (Эдесса), на юго-востоке Малой Азии. После почти двухмесячной осады Урфы Синанпашазаде Мехмед ее снял, договорившись с Кара-Языджи о выдаче его неудачливого союзника, губернатора Карамана, который был доставлен в Стамбул, где его ожидал мучительный конец. Весной 1600 года Синанпашазаде Мехмед, преследуя Кара-Языджи по всей Малой Азии, подошел к городу Амасья. Похоже, от этого мятежника откупились, назначив его губернатором административного района, входившего в состав провинции, носившей имя этого города.

Вскоре Кара-Языджи был переведен на новый пост, в Чорум, а в 1601 году армия под командованием сына Соколлу Мехмеда-паши, Соколлузаде Хасан-паши, разбила армию Кара-Языджи в битве при Элбистане, расположенном юго-восточнее Кайсери, что серьезно подорвало моральный дух мятежников-келали. Вскоре после этого Кара-Языджи умер и руководство мятежниками перешло к его брату, Дели («Безумному») Хасану. Весной 1602 года армия джелали нападала на города северной части центральной Малой Азии и осадила Токат, в котором находился Соколлузаде Хасан. Из своей резиденции в Алеппо венецианский консул в Сирии Винченцо Дандоло докладывал, что Соколлузаде Хасан лишился пяти миллионов золотых монет, обоза и гарема — все это досталось мятежникам джелали. Помимо этого, он лишился и собственной жизни. Дели Хасан и его люди продолжили наступление и взяли в осаду Анкару и другие города, но именно восточные провинции более всего пострадали от разграблений, которые устраивали мятежники. Тем не менее их поддерживали османские подданные всех классов, как, например, брат крымского хана, который надеялся на то, что джелали помогут ему завоевать ханство и самому стать его правителем. Предприняв очередную попытку решить проблему с помощью подкупа, правительство возвело Дели Хасана в ранг паши и назначило его губернатором далекой Боснии.

Политика встраивания бунтовщиков в структуру правящего класса империи, посредством назначения их губернаторами провинций и военачальниками, была несовершенным средством нейтрализации их энергии, о чем правительство могло бы вспомнить, обратившись к истории XIV столетия. Судя по всему, правящие круги империи забыли о том, как лишенному своих владений принцу Айдына, Джунейду, был пожалован титул губернатора Никополя-на-Дунае и как потом он вел активную подрывную деятельность во время гражданской войны, разразившейся по вине сыновей Баязида I. Вопреки ожиданиям правительства, Дели Хасан также не стал верным слугой государства: после двух лет войны с Габсбургами его заподозрили в изменнических связях с австрийцами и казнили. У находившегося в то время на венгерском фронте историка Ибрагима из Печа поведение войск Дели Хасана не вызывало ничего, кроме критики, в особенности это касалось их неповиновения приказам. Когда входе боев, имевших место в последние годы Венгерских войн, его войска получали распоряжение оказать помощь в строительстве земляных укреплений, они в резкой форме возражали: «Мы годами воевали в Малой Азии и нигде не копали рвов и не возводили палисадов, не намерены мы этого делать и теперь».[27]

Удаление Дели Хасана из Анатолии ничего не изменило. Османское правительство оказалось не в состоянии решить проблему с мятежниками джелали, потому что у него не хватило решимости привлечь необходимое количество войск к подавлению беспорядков: для того, чтобы вести войну с могучими противниками на двух удаленных друг от друга фронтах, государству требовались все стратегические ресурсы, которыми оно могло распоряжаться. Отсутствие безопасности срывало доставку товаров по торговым маршрутам, а прохождение армий настолько разрушало сельскохозяйственные угодья, что землевладельцы уже не могли платить налоги, без которых кавалеристы из провинций не могли снарядить ни себя, ни свою свиту, для участия в военных действиях. Опустошения, которым мятежники джелали подвергли Малую Азию, привели к тому, что многие тысячи людей покинули свои земли, и впоследствии этот исход назвали «Великим бегством». Богатые отправились в Стамбул, менее зажиточные переселились в обнесенные стенами, относительно безопасные города Анатолии. Деревни и сельскохозяйственные угодья оказались совсем заброшенными, так как с 1603 года значительная часть Малой Азии страдала от засухи, а зимы были необычайно суровыми. Цены резко повысились.

Враждебная Османскому государству военная активность наблюдалась и в других регионах. Казаки степей северного Причерноморья могли на месяцы связать регулярную армию. Как и мятежники джелали, они занимались разбоем (сначала на ограниченной местности), который потом приобрел угрожающие размеры. Первые сведения о казаках появились в XIV веке, когда о них сообщали как о скитающихся разбойниках или искателях приключений, заполнивших «вакуум» степи, где власть центрального правительства была слабой. Они могли вести образ жизни, противоречивший нормам поведения, которым следовало оседлое население. Они занимались охотой и рыболовством, а также нападали на купцов, торговые караваны которых курсировали между побережьем Черного моря и городами Северной Европы. Периодически они объединялись для ведения в степи совместных действий с крымскими татарами против Речи Посполитой и Московии.