В период правления в Иерусалиме Евдокия оказалась вовлечена в длительный догматический спор о личности и природе Христа. В 431 г. Эфесский собор осудил учение патриарха Константинопольского Нестория, который провозгласил, что у Иисуса два естества – человеческое и божеское, а потому Дева Мария – не Теотокос (Богородица), а всего лишь Христотокос (Христородица), мать Иисуса-человека. После Собора сторонники Нестория в северной Сирии основали свою раскольническую церковь. Появилась и еще одна точка зрения, расходившаяся с официальным никейским православием иным образом, – Евтихий, престарелый игумен одного из монастырей близ Константинополя, настаивал, что Иисус обладает только одной природой (гр. mone physis). Мария родила божественный Логос, и Логос умер на кресте. Православные считали, что последователи Евтихия – монофизиты – придают чрезмерное значение божественной природе Иисуса, упуская из виду человеческую составляющую. Многие епископы и монахи в Сирии, Палестине и Египте приняли монофизитство и объявили о своей независимости от Константинополя: они также образовали отдельные церкви, из которых сегодня в Иерусалиме представлены коптская, эфиопская, армянская и сиро-яковитская. Но монофизиты не только отстаивали национальную независимость, они обращались к центральному вопросу всякой религии – каким образом запредельная божественность может установить связь с миром людей? В древности считалось, что для приобщения к священному необходим храм. Однако христиане пришли к поразительному выводу о постоянной связи между Богом и людьми, воплотившейся в Иисусе, богочеловеке. Различные христологические формулировки все до одной были неуклюжими попытками объяснить, как оказалось возможным такое соединение.

Императрица Евдокия, отчасти из-за раздоров с Пульхерией и императорским семейством, симпатизировала монофизитству, как и тогдашний епископ Иерусалима Ювеналий. Против этого учения резко выступал епископ Рима папа Лев Великий, которого большинство служителей церкви признавали преемником святого Петра и своим главой. Папа всей силой своего авторитета поддержал доктрину вочеловечения, написав томос – официальное послание, где обосновывалось сосуществование в личности Иисуса человеческого и божественного начал, – а Ювеналия сурово упрекал за его монофизитство. Особенно возмущало Льва Великого то, что епископ, поставленный блюстителем святых мест Иерусалима, следует доктрине, фактически отрицающей человеческую природу Христа: ведь именно здесь находятся неопровержимые доказательства того, что Бог связал себя с материальным миром. Накопившийся за сто с лишним лет христианский опыт убедительно свидетельствовал о способности предметов, с которыми соприкасалось воплощенное Слово, ввести человека в сферу сокровенного. Священные реликвии красноречиво напоминали о существовании Иисуса во плоти. Томос Льва Великого лег в основу догматического определения, которое утвердил очередной Вселенский собор, созванный в 451 г. по настоянию Пульхерии в малоазийском городе Халкидоне. Присутствовавший на нем епископ Ювеналий перешел на сторону православия и в награду получил то, чего домогались иерусалимские епископы, начиная с Макария: Собор признал его патриархом, стоящим во главе епархий Кесарии, Скифополиса (Бейт-Шеана) и Петры.

Евдокия и иерусалимские христиане не без оснований расценили поведение Ювеналия как чудовищное предательство и провозгласили своим новым епископом монофизита Феодосия. Из монастырей Иудеи в город хлынули возмущенные монахи, так что когда Ювеналий, сделавшийся патриархом, прибыл со свитой с Халкидонского cобора, его встретила разгневанная толпа. Ювеналию пришлось бежать; он скрывался в пустыне к западу от Кумрана. Но церковная смута удручала правительницу, и когда в 457 г. Феодосий умер, она обратилась за советом к знаменитому сирийскому аскету Симеону Столпнику, а тот, в свою очередь, отправил ее к вдохновителю монашества, великому Евфимию. Вняв словам Евфимия, Евдокия вернулась в православие. Она выстроила неподалеку от ротонды Анастасис новый дворец для православного патриарха Анастасия, назначенного вместо Ювеналия, а под конец жизни – церковь и монастырь Святого Стефана. Комплекс разместился на месте скромной часовни, которую Евдокия освятила в свое первое паломничество в 439 г. 15 июня 460 г. туда торжественно перенесли останки мученика, а спустя четыре месяца там упокоилась и сама Евдокия.

Иерусалим теперь был центром никейского православия, однако богословский конфликт продолжал бушевать в других церквях, поскольку многие восточные христиане видели в решениях Халкидонского cобора недостойный компромисс. Их также раздражал контроль со стороны императорского двора. Правившие после Феодосия II императоры Зенон (474–491) и Анастасий (491–518) пытались усмирить несогласных, опасаясь раскола империи. Существовали и другие группы, отвергавшие власть Византии. В 485 г. самаритяне объявили о своей независимости от Константинополя и провозгласили собственного царя. Их бунт был беспощадно подавлен Зеноном, который осквернил жертвенник на горе Гризим и построил там в честь своей победы церковь Марии Теотокос.

Деспотизм христианских императоров вызывал растущую враждебность подданных, что в итоге наносило империи огромный вред. Так, великий император Юстиниан (527–565), который был преданным последователем халкидонской традиции, пытаясь покончить с монофизитством, восстановил против себя целые области в восточных провинциях. Евреев же он поставил в положение, исключавшее для них поддержку империи. Считая, что он в качестве православного императора обязан заниматься истреблением иудаизма, Юстиниан своими указами фактически лишил эту религию статуса разрешенной законом. Евреи не могли занимать выгодные административные должности, гражданские и военные, даже в таких городах как Тивериада и Сепфорис, где они составляли большинство населения. В синагогах было запрещено употребление древнееврейского языка, а если еврейская пасха выпадала перед христианской, ее не разрешалось праздновать в правильный день. Но евреи не сдались – об этом можно судить по мозаикам на полу синагоги Бейт-Альфа в Галилее, построенной, по всей видимости, в те времена. Мозаики изображают сцену жертвоприношения Исаака – сюжет, традиционно связанный с Храмовой горой, – и различные предметы, использовавшиеся в храмовой службе, в том числе менору, а также пальмовые ветви и цитроны – атрибуты праздника Суккот, который в некоторых школах иудаизма связывается с приходом Мессии.

Составной частью борьбы Юстиниана с раскольническими группами было строительство церквей в Иерусалиме и окрестностях. Он восстановил церковь на горе Гризим, построенную Зеноном в честь победы над восставшими самаритянами, и заново отстроил заложенную Еленой базилику Рождества Христова, которая сильно пострадала во время восстания. Самым масштабным христианским сооружением в Иерусалиме стала новая (по-гречески Неа) церковь Богородицы на южном склоне Западного холма, задуманная монахом Саввой и патриархом Ильей еще во время правления поборника монофизитства императора Анастасия. Неа (что означает «новая») как ее называли в Иерусалиме, была впечатляющим достижением архитектуры. Император Юстиниан дал совершенно определенные указания относительно размеров и пропорций строений, входивших в комплекс, и поскольку на самом холме для них просто не хватало места, архитекторам пришлось возвести огромные арочные опоры, которые поддерживали здания церкви, монастыря и больницы на три тысячи мест. Неа была единственной церковью Иерусалима, посвященной не какому-то определенному событию жизни Христа или ранней истории церкви, а целому богословскому учению, и, по-видимому, так и не завоевала до конца любви иерусалимских христиан. Во всяком случае, попыток восстановить ее после землетрясения 746 г. не было. Но она хорошо заметна на мозаичной карте Иерусалима периода Юстиниана, обнаруженной в 1884 г. при раскопках византийской церкви в Мадабе (Медве) на территории современной Иордании.