Альберт вновь вернулся к чтению лекций в Кёльне осенью 1259 года, но уже в январе 1260 года он получил письмо от папы Александра IV с назначением его епископом немецкого города Регенсбурга.

Гумберт Романский написал Альберту письмо, в котором умолял не принимать должность. Глава ордена говорил, что это будет плохой прецедент для ордена и даже бесчестие. Причина столь резкого заявления не совсем ясна. Возможно, главный доминиканец противился «утечке кадров». Альберт не был первым, кому было предложено стать епископом.

Как бы Альберт ни относился к просьбе настоятеля доминиканского ордена, выбора у него не было, так как назначение исходило от папы римского. Сам Гумберт Романский сумел отказаться и от епископства, и от предложенной ему должности патриарха Иерусалима, вероятно, используя своё высокое положение в ордене.

Альберт Великий был освобождён от обета бедности и подчинения ордену как главой ордена, так и папой римским, дабы он мог исполнять обязанности епископа.

В течение года Альберт приводил в порядок дела и проводил реформы во вверенной ему епархии. Он прекрасно справился с административными и финансовыми делами, что несколько неожиданно для учёного-книжника. Но с чем не справился Альберт Великий, так это с начавшими циркулировать в Регенсбурге слухами. Поводом, естественно, послужили научные занятия и чтение языческих и мусульманских книг. Альберта Великого обвиняли в некромантии, общении с духами, и ещё много в чём.

В 1261 году Альберт стал искать возможность освободиться от занимаемой должности. Он оставил епархию своим подчинённым, а сам отправился в Витербо, где в это время находился папа, дабы подать прошение об отставке. Из двух неполных лет, которые Альберт пробыл епископом, один год заняло путешествие в Витербо и проживание там в ожидании решения курии. Когда в июле 1261 Альберт прибыл в Витербо, он узнал, что в мае Александр IV умер. В конце августа избирают нового папу, Урбана IV. В это время в Витербо читает лекции Фома Аквинский, и ожидание решения прошло в совместных занятиях. Отставка Альберта была принята и в мае 1262 года подтверждена новым папой. Но к научным занятиям Альберт вернулся не сразу. В феврале 1263 года папа Урбан IV поручил Альберту проповедовать крестовый поход во всех землях, жители которых говорили по-немецки. Епископам немецких земель были разосланы инструкции помогать Альберту Великому и подчиняться всем его указаниям. Полтора года Альберт призывал к крестовому походу и заодно посещал все монастыри, в которых занимались алхимией.

В 1264 году умер Урбан IV, и Альберт, наконец, возобновил преподавательскую деятельность. До 1268 года он читал лекции в Вюрцбурге, после чего возвратился в Кёльн, где и прожил до конца жизни.

В 1274 году умер Фома Аквинский, и после его смерти в Парижском университете предпринимается попытка уничтожить влияние учения Аристотеля. В 1277 году был создан список из двух сотен запрещённых положений. Некоторые из них относились к учению Фомы Аквинского.

Существует предание, что в 1277 году Альберт Великий отправился из Кёльна в Париж, где выступил в защиту учения Фомы Аквинского. Несмотря на то, что Альберт полностью поддерживал взгляды своего ученика, поездка эта, вероятнее всего, мифическая. В 1277 году Альберт Великий был уже очень старым человеком. Альберт Великий умер в Кёльне 15 ноября 1280 года и был похоронен в церкви Святого Андрея.

Альберт Великий оставил огромное письменное наследство. Полное собрание его сочинений, изданное в конце XIX века, составило 38 томов. Список интересов Альберта поразителен. Так, он писал о растительном царстве, географии, минералогии, зоологии, астрономии. Он подробно обсуждает кометы, Млечный Путь, причины света в нижних слоях воздуха, происхождение рек, ветров, молнии, грома и циклонов, радуги. Размышляя о происхождении рек, Альберт говорит о больших полостях в Земле и пористых областях под её поверхностью.

Альберт Великий возродил ботанику. После него занялись устройствами ботанических садов и стали издавать сборники с описанием лекарственных растений. Альберт Великий изучал сон растений, их рост, строение, питание. Больше всего его занимал вопрос, есть ли у растений душа, и он пришёл к выводу, что есть.

Альберт Великий был первым из европейских мыслителей, кто стал рассматривать философию и теологию как два разных предмета. Подобное разделение объектов мыслительной деятельности происходит время от времени и всегда характеризует существенные изменения в мировоззрении. Например, у древних греков искусство магии отделилось от математики, и трактаты по магии стали писать отдельно от трактатов по математике. Математический шедевр Евклида тому свидетельство.

Одно из размежеваний теологии с наукой, к которому «приложил руку» Альберт Великий, касалось вопросов, связанных с понятием «душа». В настоящее время психологию изучают рациональными методами, а когда-то она возникла из обсуждений воздействия души на чувственное восприятие. О душе продолжают говорить и сейчас, но она перешла в разряд непознаваемых идеальных понятий. Материальное действие души на организм человека больше не обсуждают. В XIX веке нечто похожее произошло у физиков, когда они разбирались с эфиром. Первоначально введённое понятие «эфир» после перестройки теории электромагнитных колебаний оказалось ненужным для рациональных объяснений.

В связи с этим вспоминается латинская «цитата» Германа Гессе, приведённая в его книге «Игра в бисер». Друзья Германа Гессе перевели на схоластическую латынь текст, который Гессе сделал эпиграфом к своей книге.

«…хотя то, чего не существует на свете, людям легкомысленным в чём-то даже легче и проще выражать словами, чем существующее, для благочестивого и добросовестного историка дело обстоит прямо противоположным образом: нет ничего, что меньше поддавалось бы слову и одновременно больше нуждалось в том, чтобы людям открывали на это глаза, чем кое-какие вещи, существование которых нельзя ни доказать, ни счесть вероятным, но которые именно благодаря тому, что благочестивые и добросовестные люди относятся к ним как к чему-то действительно существующему, чуть-чуть приближаются к возможности существовать и рождаться».

(Пер. С.К. Апта).

Выдуманный автор выдуманного текста носит имя Альберт Второй. Гессе хотел, чтобы при чтении эпиграфа читатель вспомнил Альберта Великого, знаменитого немецкого схоласта и своего соотечественника.

В понятие «душа» на протяжении веков вкладывали разный смысл. Бог вдохнул душу в Адама, или, как у Микеланджело, привнес в первого человека указующим перстом. И хотя Микеланджело творил гораздо позднее Альберта, его изображение связано с более древними представлениями о душе, чем у Альберта Великого.

На теорию души Альберта есть смысл посмотреть, не вдаваясь, что нового внёс он сам, а что заимствовал у Аристотеля или Авиценны. В его рассмотрении, казалось бы, сугубо богословской темы появились черты научного исследования. Хотя его современники утверждали, что когда