Аристотеля то запрещали, то опять разрешали преподавать в Париже. Работы Виллема из Мёрбеке восполнили пробел в прямых переводах с греческого и постепенно вытеснили все ранее употреблявшиеся переводы. Они считались образцовыми вплоть до XVII века. Аквинский писал комментарии к двенадцати работам Аристотеля, пользуясь исключительно переводами Виллема из Мёрбеке.

С 1265 по 1267 год Фома Аквинский преподавал в Риме в доминиканском монастыре Санта Сабина. Ему было поручено организовать доминиканскую высшую школу в Риме. Для этой школы Фома Аквинский писал свой главный труд «Сумма теологии».

В 1268 году руководство ордена отправило Фому Аквинского в Париж защищать позицию ордена в очередном споре, разгоревшемся в университете.

В 1270 году епископ Парижа Этьен Тампье объявил еретическими тринадцать утверждений, касающихся католической веры. Первый пункт касался существования единого всемирного разума. Тампье также проклял отрицание свободы воли человека и утверждение о вечности мира. Он осудил утверждение о смертности человеческой души, отрицание существования первого человека, а также ряд положений, ограничивающих всемогущество и всезнание Бога. Однако разрушительное влияние идей Аристотеля остановлено не было. Аквинский был среди тех немногих, кто пытался опровергнуть их не запретами, а рассуждениями, чем, в свою очередь, вызвал недовольство некоторых религиозных деятелей.

Возможно, этим недовольством объясняется неоднозначное восприятие современниками Аквинского его работ, в том числе и главного труда – «Суммы теологии». Учебником теологии в европейских университетах служила работа теолога XII века Петра Ломбардского «Четыре книги Сентенций». Сам Петр Ломбардский почерпнул большую часть своих рассуждений из работ Августина. По ясности и логичности изложения эта книга превосходила все прочие суммы, написанные в XII веке, и в следующем веке не было крупного теолога, который не написал бы к ней комментарии. Предполагалось, что «Сумма теологии» Фомы Аквинского заменит существующий учебник.

«Сумма теологии» была написана Фомой Аквинским для студентов-теологов. В ней давался полный систематический обзор католического учения. По каким-то причинам Фома Аквинский бросил работу над «Суммой теологии». Позднее она была закончена его секретарём и другом Реджинальдом. Из-за осуждения и борьбы вокруг работ Аквинского теологию продолжали учить по Петру Ломбардскому.

Последние годы Фома Аквинский провёл в Неаполе, где когда-то начиналась его учёба и служение ордену. В январе 1274 года папа Григорий X пригласил Фому Аквинского участвовать на церковном Соборе в Лионе. 7 марта по дороге в Лион Фома Аквинский умер.

Ровно через три года 7 марта 1277 года епископ Парижа Тампье вторично издал указ о проклятии, на сей раз 219 положений, касающихся еретических утверждений языческих и мусульманских философов. Он грозил отлучением от церкви всех тех, кто осмелится защищать эти положения, а также всех тех, кто будет слушать защитников. Несколько осуждаемых утверждений принадлежали Фоме Аквинскому. В том же марте 1277 года учение Аквинского осудили в Оксфорде. Споры вокруг учения Аквинского не прекращались. Первыми на защиту своего знаменитого собрата встали доминиканцы. Общее собрание ордена, защищая репутацию Аквинского, признало его учение ни в чём не противоречащим католической религии. Постепенно работы Аквинского были признаны выдающимися трудами.

В 1323 году, через 49 лет после смерти Фомы Аквинского, авиньонский папа Иоанн XXII причислил его к лику святых. В 1325 году по указанию епископа Парижа положения, касающиеся учения Фомы Аквинского, были удалены из списка осуждённых положений.

Все работы Фомы Аквинского посвящены богословию, и на первый взгляд он ничего не сделал для развития рационального мышления, в отличие, например, от Альберта Великого. В настоящий момент громадную «Сумму теологии» Фомы Аквинского изучают только специалисты. Тем не менее, именно Фоме Аквинскому обязаны сдвигу, произошедшему в сознании средневековых мыслителей, приведшему, в конце концов, к победе «рационального» в исследовании природы. Для того чтобы немного представить, как это произошло, начнём издалека.

Вспомним древо познания в Библии. Его плод напрямую связан с грехопадением. В раннем христианстве отношение к рациональным знаниям было пренебрежительным. Апостол Павел писал в своём послании: «мудрость мира сего есть безумие перед богом» – I Кор. 3:12. Знаменитый писатель III века Тертуллиан утверждал: «Христианская догматика не может быть рациональной», «Верую, потому что абсурдно». То есть в положения христианской догматики можно только верить, их в принципе нельзя осмыслить.

Такие взгляды просуществовали достаточно долго. В Эрмитаже висит картина середины XV века работы Филиппо Липпи. Она называется «Встреча Блаженного Августина и мальчика на берегу реки». Картина повествует о тщете познания. Августину приснился сон, что он встретил ребёнка, пытающегося ложкой вычерпать воду. На замечание Августина, зачем тот занимается неразумным действом, мальчик ответил: «А ты сам, не пытаешься ли вычерпать неисчерпаемую мудрость Всевышнего?».

Понимание несоразмерности человеческого существования по сравнению с Богом приводило людей к осознанию ничтожности человеческих возможностей. Считалось, что только вера в Бога является путеводной нитью к истине. Святой Августин не уставал повторять: «Если не уверуете, не поймете» (Nisi credideritis, non intelligetis).

Бог бесконечный, и не в силах человеческий разум его постигнуть. Отсюда делался вывод: истина может быть открыта только через откровение, если только Бог ниспошлёт видение истины. Снисходящий божественный свет не зависит от умственных усилий и рациональных рассуждений человека. Главным источником мудрости и авторитетом считалась боговдохновенная Библия.

Трудности в определении способностей разума начинались с вопроса: как ограниченным разумом человек может понять что-либо о бесконечном Боге? Однако простодушный человек мог задать вопрос: почему кто-то решил, что человеческий ум конечен (прямая дорожка к всеобщему Уму Аверроэса), или задать более крамольный вопрос: почему все уверены, что Бог бесконечен? Может, это и так, но откуда берётся уверенность? И что такое бесконечнось Бога? От этих вопросов можно отмахиваться, как от надоедливых пчёл, но они всегда присутствуют.

Неуёмное любопытство церковью осуждалось. Приведу слова Святого Августина, вернее не его самого, а приписанные ему Петраркой в «Моей тайне»:

«…Ибо накопляются без счёта идеи и образы видимых вещей, входят через плотские чувства и, будучи впущены поодиночке, толпами теснятся в недрах души; они-то отягощают и приводят в замешательство душу, не созданную для этого и неспособную вместить много уродства. Отсюда эта чумная рать химер, которая раздирает и дробит ваши мысли и своим пагубным разнообразием заграждает путь светоносным размышлениям, ведущим к единой высшей цели».

Появление работ Аристотеля заставило многих задуматься. Аристотель, создавший свою теорию, возможно где-то и ошибался, и его надо критиковать, но выкинуть все, что создал Аристотель, не было возможности. Однако Аристотель был язычником и не знал истинного Бога. Он пользовался только рациональными построениями, на него не сходило откровение Божие. Потому надо было разобраться с самими рациональными построениями. Фома Аквинский как раз и защищал возможность обратиться к разуму в поисках истины.