Книга из библиотеки Джона Ди не попала в руки Бомелиуса. Закованного «в железа» доктора доставили из Пскова в пыточные казематы Кремля. Если первое «изменное» новгородское дело началось с казни князя Старицкого, повара и рыболовов, то шесть лет спустя в том же преступлении был обвинен Элезиус Бомелиус. Уличив его в покупке рыбы, ему предъявили обвинение в покушении на жизнь государя. Помимо этого, Бомелиуса обвинили, по словам Горсея, «в сношениях письмами, написанными шифром по-латыни и по-гречески, с королями Польши и Швеции, причем письма эти были отправлены тремя путями». Скорее всего, доказательством его преступной деятельности послужили письма от Джона Ди с каббалистическими символами, а также зашифрованная медицинская книга, доставленные из Любека. Московские власти приняли «манускрипт Войнича» за «Грамматику» или «Алфавит», предназначенный для дешифровки загадочных писем.

Обвинение англичан в тайной переписке через Любек нашли отражение в речи государя, произнесенной им 29 ноября 1575 г. во время приема посла Даниила Сильвестра: «Кроме того, знаем мы, что некоторые подданные сестры нашей (королевы Елизаветы. — Л.Т.), пребывающие в городе Любеке в Саксонии (лица, принадлежащие — как полагаем — к обществу Гловера) тайно сносятся с некоторыми из наших непокорливых подданных посредством писем».

По словам Горсея, «Бомелиус все отрицал, надеясь, что что-то переменится к лучшему с помощью некоторых его доброжелателей, фаворитов царя, посланных посетить царевича Ивана, занятого пыткой Бомелиуса. Его руки и ноги были вывернуты из суставов, спина и тело изрезаны проволочным кнутом; он признался во многом таком, чего не было написано и чего нельзя было пожелать, чтобы царь узнал. Царь прислал сказать, что его зажарят живьем. Его сняли с дыбы и привязали к деревянному шесту или вертелу, выпустили из него кровь и подожгли; его жарили до тех пор, пока в нем, казалось, не осталось никаких признаков жизни, затем бросили в сани и провезли через Кремль. Я находился среди многих, прибежавших взглянуть на него, он открыл глаза, произнося имя бога; затем его бросили в темницу, где он и умер» .

У Джерома Горсея не нашлось добрых слов в адрес покойного. Как написал он в своем трактате, «искусный математик, он был порочным человеком, виновником многих несчастий. Большинство бояр были рады его падению, так как он знал о них слишком много. Обучался он в Кембридже, но родился в Везеле, в Вестфалии, куда и пересылал через Англию большие богатства, скопленные в России». Агент Московской компании сообщил неточные сведения: в Везеле из родных у Бомелиуса никого не осталось. Его отец еще в 1559 г. перебрался в Дисбург, где и умер в 1570 г. Очевидно, фраза Горсея означала, что Бомелиус, как и обещал государственному секретарю, отправлял в Лондон сведения политического характера и небольшие подарки под видом переписки с крестником — Перегрином Бертье, единственным человеком, который связывал его с Везелем.

Горсей отметил, что Бомелиус «был всегда врагом англичан». Не хотел ли он этим сказать, что те сведения, которые Бомелиус отправлял сэру Уильяму Сесилу в «Вестфалию», являлись ложными? Если это так, то русские все же переиграли англичан, снабжая доктора только той информацией, которая была им выгодна.

Не только в Англии, но и в Московии Бомелиус оставил по себе дурную славу «волхва лютого». Однако со смертью английского чародея и астролога предсказатели судьбы не исчезли из ближайшего окружения Ивана IV. Послушавшись «волхвов», царь посадил на престол Симеона Бекбулатовича.

Исходя из слов Горсея, можно сделать вывод, что дознание по делу английского доктора велось одновременно с делом новгородского владыки архиепископа Леонида. Согласно Московскому летописцу, архиепископ был лишен сана за то, что противился поставлению на царство крещеного татарина Симеона Бекбулатовича: «Потом царь и великий князь Иван Васильевичь всеа Русии мнети почал на сына своего царевича Ивана Ивановича о желании царьства и восхоте поставити ему препону, нарек на великое княжение царя Семиона Бекбулатова. Елицы же супротив сташа, глаголюще: “Не подобает, государь, тебе мимо своих чад иноплеменника на государство поставляти”. И на тех возъяряся, казнил ноугородцкого архиепископа Леонида, чюдовскаго архимандрита Еуфимия, арханъгильского протопопа Ивана посадил в воду, боярина князя Петра Андреевича Куракина, стольника Протасья Васильевича Юрьева, окольничих Ивана Андреевича Бутурлина, Никиту Васильевича Бороздина и дворян князя Григорья Мещерского, диаков Семена Мишурина, Дружину Володимерова казнили на площади под колоколы. А Никиту Рамановича грабил» .

Не выдержав пыток владыка во всем сознался и был казнен 20 октября. Бомелиус продержался немногим долее. Симеон Бекбулатович был поставлен на царство не позднее 30 октября 1575 г. «Произволением царя и великого князя Ивана Васильевича сажал на царьство Московское царя Семиона Беидбулатовича и царьским венцом венчал в Пречистой большой соборной на Москве. А жил Семион на Взрубе за Встретением, где Розстрига жил. А сам князь велики жил за Неглинною на Петровке, на Орбате, против Каменново мосту старово, а звался «Иван Московский» и челобитные писали так же. А ездил просто, что бояре, а зимою возница в оглоблех. А бояр себе взял немного, а то все у Семиона. А как приедет к великому князю Семиону, и сядет далеко, как и бояря, а Семион князь велики сядет в царьском месте. И женил его, а дал за него Мстиславского дочерь кнегиню Анастасию, а свадьба была на Москве на Взрубе, а все по царьскому чину, а венчал в Пречистой большой митрополит. А говорили нецыи, что для того сажал, что волхви ему сказали, что в том году будет переменение московскому царю смерть. А иные глаголы были в людех, что искушал люди: что молва будет в людех про то».

В жены крещеному татарину была сосватана Анастасия Мстиславская, вдова только что скончавшегося астраханского царя Михаила Кайбуловича. Свадьба состоялась по царскому чину. «А Семиона взвел на большей двор и велел его писати великим князем всеа Русии, и тут его женил, дал за него князя Иванову дочь Федоровича Мстиславскаго Анастасею, а перво была за царевичем за Михаилом Кайболовичем. А на свадьбе государь сам был в отцово место. Царевичь Иван — тысецкой. Друшки были со княжие стороны князь Василей Васильевичь Голицын, князь Петр Ивановичь Татев. Со княшнины стороны друшки Иван Васильевичь Шереметев, князь Дмитрей Ивановичь Хворостинин. А жены их свахи были. И чины все дал государьские — стольники, чашники. А сам велел писатися: “Князь Иван Васильевичь московской”. И к образом припущал прикладыватьца наперед себя Семиона и к митрополиту благословлятися также наперед».

«Царская» чета поселилась «на Взрубе» — на дворе царевичей Ивана Ивановича и Федора Ивановича, выделенном им отцом в день смерти царицы Анастасии. Симеон Бекбулатович исполнял роль государя в повседневной жизни. Если для пробы блюд в государевом обиходе имелся специальный человек, то для «пробы» икон, плащаниц и Святых Даров предназначался Симеон Бекбулатович. Опасаясь яда, государь использовал «царя» Симеона и «царицу» Анастасию Мстиславскую для дальнейших опытов. «Иван Московский» наблюдал за ними, оставив за собой ту часть деятельности, которая была связана с дипломатическими обязанностями.