В середине июля английские суда благополучно совершили морское путешествие и пришвартовались у Розового острова в устье Северной Двины. В Москве с нетерпением ждали королевского посла для ратификации союзнического договора. Как только англичане прибыли в столицу, выяснилось, что Дженкинсона среди них нет. Несомненно, московские власти предприняли расследование обстоятельств, при которых вместо полномочного посла королевы на борту корабля оказался агент Московской компании. В ходе дознания всплыли факты, о которых и Джон Стоу, и Элезиус Бомелиус предпочли бы умолчать.

Дальнейшие события не нашли отражения в документах, но их возможно реконструировать на основе психологических портретов Бомелиуса и Стоу. Во время расследования причин отсутствия Дженкинсона, личность Джона Стоу удостоверил Элезиус Бомелиус. Доктор подтвердил, что тот состоял у властей на подозрении в неблагонадежности, его дом подвергался обыску в связи с расследованием «заговора Ридольфи» и он прибыл по чужим документам, — что было чистой правдой. Уличенный в обмане, Джон Стоу не остался в долгу. Он сообщил, что Бомелиус находился в тюрьме по обвинению в покушении на королеву, а не из-за административного правонарушения, — что также соответствовало действительности. Обстоятельства отъезда Джона Стоу и Бомелиуса не могли не вызвать подозрения у русских властей: вместо сурового наказания они получили право свободного выезда из страны и хорошо оплачиваемые должности. Обоих заподозрили в шпионаже.

Осенью 1570 г. у Ивана Грозного было достаточно поводов для гнева на английских купцов. Помимо того что не состоялась ратификация союзнического договора из-за отсутствия Антона Дженкинсона, в 20-х числах октября в Александровской слободе получили сообщение о досадном происшествии в Нарве, в результате которого доставка вооружения, согласно договоренности, достигнутой во время визита Совина, была сорвана.

В начале июля тринадцать английских кораблей, нагруженных артиллерией, порохом и боеприпасами, благополучно прошли через Зунд. Десятого июля, находясь в 50 верстах от Нарвы, они встретили 6 датских «каперов». Боевое столкновение завершилось блестящей победой англичан. Отбив пять шхун с 83 членами команды, английские суда прибыли в Нарву. Полагая, что военное снаряжение предназначалось для защиты товаров компании от морских разбойников, купцы фактории заполнили трюмы грузом и отправили все тринадцать кораблей в обратный путь, а пленных пиратов препроводили в Псков к «воеводе князю Юрию», с тем чтобы тот доставил их к царю. Пушки и боеприпасы, посланные в Россию, вернулись в Англию. Известие о событиях в Нарве царь получил от «слуги» английской компании, пешком проделавшего путь из Пскова в Александровскую слободу вместе с пленными моряками.

В грамоте от 24 октября 1570 г. Иван Грозный разразился бранью в адрес королевы, обвинив в нарушении условий договора «мужиков торговых», которые отныне «верити не пригожи»: «Мы думали, что ты в своем государстве государыня, что ты имеешь государскую власть и заботишься о своей государской чести и о выгодах своего государства, поэтому мы и хотели делать с тобою дела по-государски. Но мы видим, что твоим государством правят помимо тебя люди, да не то что люди, но мужики торговые, а ты пребываешь в своем девическом чину как есть пошлая девица». Царь лишил купцов всех привилегий с конфискацией товаров, он пригрозил свернуть торговую деятельность компании и выслать англичан, в том числе Джона Стоу и Элезиуса Бомелиуса.

Добившись годовой отсрочки с ратификацией союзнического договора, английское правительство постаралось выполнить некоторые обязательства, с тем чтобы смягчить гнев государя. В начале мая 1571 г. руководство Московской компании обратилось к государственному секретарю с просьбой выдать заем из королевской казны в 3000 талеров, чтобы предупредить Данию и Швецию о предстоящем походе через Зунд в Нарву каравана в 13 кораблей: «Причина этой просьбы та, что они намерены немедленно отправить один корабль через Зунд прежде остальных, чтобы этим предупредить всех других иностранцев и чтобы приготовить лучший проезд для последующих кораблей. Без наличных денег они не могут этого сделать».

Груз кораблей представлял собой оружие и боеприпасы. В это же время в Лондоне были снаряжены еще два судна, следовавших северным морским путем. На одном из них находился Дженкинсон. Слух о вот-вот готовом вступить в действие русско-английском союзническом договоре быстро распространился по Европе. По словам Таубе и Крузе, полученное «от пленных» известие о подходе на помощь русским 15 000 наемников герцога Магнуса заставило 120-тысячное войско хана Девлет-Гирея отступить от сгоревшей Москвы.

Джон Стоу выехал из Москвы на рассвете 24 мая — в день Вознесения Господня. Как он отметил позднее, то был «Божий Промысел». Через несколько часов после его отъезда город был подожжен, городские ворота заперты, и никому не позволялось выйти из пылающей столицы. Москва горела страшно. «В лето 7079-го (1571) попущением божиим за грехи християнския ‹…› прииде царь крымской к Москве и Москву выжег всю, в три часы вся згорела, и людей без числа згорело всяких».

Англичанин не видел горящей столицы, но он записал впечатления своего соотечественника, который догнал Джона Стоу и его спутников в Ярославле. Стоу называет очевидца по первой букве его имени: «Джей» («J.»), возможно — Джером Горсей (Jerome Horsey). Торопливым почерком, с многочисленными повторами и помарками Стоу записал эмоциональный рассказ свидетеля происшествия: «…“Джей” говорит, что все деревянные постройки там были превращены в пепел… Все это внезапно произошло после моего отъезда оттуда… Крымский вассал Турок захватил левую часть этой области и через 8 часов после моего отбытия из Москвы, в чем я вижу божий промысел, ворота города были заперты, никому не позволялось выйти, и как пламя свечи в 7 миль от [окружности] Москвы, один из дворцов царя, так что его можно было видеть со всех концов Москвы, которая составляет 20 миль в окружности целиком, также вскоре после этого, погиб в пожаре, и ни одной щепки не осталось… Зловещий пожар так сильно ранил сердца людей в то время, как мы следовали по Переславской, Ростовской и Ярославской дорогам…» Стоу свернул записку конвертом и запечатал сургучом, но оставил ее без подписи. Он адресовал письмо «своему дорогому другу, мастеру Р. Эллиасу», адрес которого он запамятовал и переправил Северную аллею на Южную. Конверт отправился в Англию через континент, скорее всего, с тем самым таинственным «Джей», а Джон Стоу продолжил неторопливое путешествие к устью Северной Двины.

Рассказ Стоу о московском пожаре был передан в сжатом виде агентом Московской компании Ричардом Ускомбе, который прибыл на Розовый остров в августе 1571 г. Ускомбе ссылался на слова «Мастера Проктора».

Джон Стоу вернулся в Лондон с крупной суммой денег в кармане. Он купил дом в зажиточном округе Св. Эндрю и обеспечил приданым трех дочерей. Помимо этого, он получил доступ к городским архивам и создал свой главный труд — «Статистическое описание Лондона». Все подозрения в причастности к заговору Ридольфи были с него сняты. Пребывание Стоу в Москве держалось в секрете. Современники считали, что он не покидал пределов Англии, а если и путешествовал в поисках старинных рукописей, то «никогда не пользовался транспортными средствами, передвигаясь исключительно пешком».