В Положении о Штабе войск ГПУ (объявлено приказом войскам ГПУ № 452 от 25.10.1922 г.) указывалось: «Во главе войск ГПУ стоит Председатель ГПУ или заместитель Председателя, который является командующим войсками и пользуется правами командующего фронтом» (ст. 1). Таким образом, на данном этапе строительства внутренних войск вернулись к наименованию «командующий», но только в отношении главы ГПУ или его заместителей, доходя в периферийных органах ГПУ до уровня полномочных представителей.

Следовательно, должной четкости и по-военному строгой определенности в вопрос о командующем войсками ГПУ упомянутые нормативные акты не внесли. Командующий — на то и командующий, что он должен быть один в данном качестве. Но в войсках ГПУ это непреложное правило не соблюдалось. Обычно приказы, касающиеся войск ГПУ, подписывал зампред ГПУ И. С. Уншлихт,[26] и вслед за его подписью стояла фамилия начальника войск, а чаще начальника штаба войск Н. А. Ефимова.[27] Иногда приказы издавались за подписью зампреда ГПУ Я. Х. Петерса.[28] В период с октября по ноябрь 1923 г. приказы войскам подписывал в качестве первого лица зампред ГПУ Г. Г. Ягода,[29] именовавшийся при этом командующим войсками ГПУ.