В середине августа в Кочин прибыли корабли из Лиссабона. Вопреки чаяниям врагов Албукерка, новый губернатор на его место из Португалии не приплыл. Вместо этого нынешнему губернатору доставили то, на что он не смел и надеяться, — 12 кораблей и 1500 хорошо экипированных бойцов. Албукерк пришел в восторг: «Похоже, что Вы, Ваше Величество, решили относиться к Индии так, как она этого заслуживает». Особенно Албукерка обрадовало то, что Мануэл откликнулся на его просьбу прислать хорошо обученных офицеров. В Индию прибыли два капитана, всесторонне изучившие швейцарскую тактику во время Итальянских войн, а также старшие сержанты. По приказу Мануэла Албукерку прислали триста пик, пятьдесят арбалетов и мушкеты. Под руководством вновь прибывших были сформированы войска из восьмисот человек, разделенные на тридцать два взвода. Начались серьезные тренировки. Регулярно упражнялись в стрельбе и устраивали соревнования в меткости, победителю которых полагался денежный приз. Кроме того, обычным делом стала непрестанная муштра и маневры. Португальцев приучали двигаться в четкой синхронизированной формации, быть единым целым, а не беспорядочной толпой, в которой каждый бежит, куда ему вздумается. А больше всего Албукерка обрадовало то, что эти люди напрямую подчинялись ему.

Сезон дождей закончился, и губернатор готов был отправляться в путь, уверенный, что, несмотря на численное превосходство врага, сумеет одержать верх. К тому же его манило Красное море. Албукерк хотел быстро защитить Гоа, а потом использовать новые силы для того, чтобы между двумя сезонами дождей блокировать вход в Красное море.

В Гоа Албукерк прибыл в конце октября 1512 года. К концу ноября он достиг нужного результата. Отказавшись от всяких предосторожностей, он решил действовать решительно и изолировал Бенастарим от Большой земли, разрушив оборонительные укрепления на реке. Оттуда он смог добраться до города Гоа, чтобы провести военную операцию против сил шаха. После короткой и ожесточенной битвы и осады, в которой португальцы в кои-то веки оказались в роли активной стороны, а не осажденных, военачальник шаха готов был поднять белый флаг.

Португальцы сражались с отчаянной отвагой. Особенно свирепой была битва на реке. Со стен Бенастарима велся огонь по португальским лодкам, которые тем не менее продолжали продвижение вперед — борта их защищали плотные кокосовые волокна. Из-за грохота пушек португальцы временно оглохли. Даже Албукерк ругал командиров кораблей за то, что идут на такой неоправданный риск. «Я часто корил их за то, что безрассудно рискуют собой… они выходят на капитанские мостики кораблей и стоят в самых опасных местах… Иногда больно было видеть пренебрежение всеми предосторожностями». И все же сам Албукерк никогда не пытался скрыться от опасности в бою. Ядро со стены мусульманского форта врезалось в его маленькую лодку, убив двух гребцов. Турки думали, что расправились с губернатором, и огласили воздух победоносными криками, но тут Албукерк, невзирая на риск, встал во весь рост, чтобы показать врагам, что они ошиблись. То, что Албукерку удавалось уцелеть в самых, казалось бы, сложных обстоятельствах, заставляло и друзей его, и врагов верить, что он неуязвим. Во время решающего артиллерийского обстрела Бенастрима Албукерк снова был на передовой, следя за диспозицией своих войск. Его заметили вражеские бомбардиры и открыли по нему огонь. Диогу Мендес де Васконселос, один из фидальго, с которыми у Албукерка были конфликты, предложил ему спрятаться. Это был тот редкий случай, когда Албукерк послушался. Едва губернатор нырнул за большой камень, как ядро попало в человека, стоявшего рядом с ним, и Албукерка забрызгало его кровью.

Больным вопросом по-прежнему оставалось расхождение между «благородными» правилами ведения боя и продуманной стратегией, на которой настаивал Албукерк. Аристократы желали в одиночку, положившись только на свои двуручные мечи, совершать героические подвиги, захватывать добычу и обрести славу. Губернатора же больше интересовала четкая тактика и слаженные действия войск. Обучение произвело нужный эффект. Компактная фаланга, состоявшая из солдат с пиками, лучников и мушкетеров, двигалась по полю боя в строгом порядке и прижала беспорядочно рассредоточенных турок к стене, где заставила их вместо мелких выпадов против врага вступить в бой лицом к лицу. Это была «упорядоченная фаланга… все сомкнулись вместе, подняв пики, флаги полка, барабаны и трубы». Они приближались медленно, плечом к плечу, стреляя из «многочисленных мушкетов, присланных в этом году из Португалии». Албукерк понимал, в каком направлении развивается военное дело, однако его взгляды были непопулярны среди португальцев. Огонь из пушек, а не подъем на стены решал исход битвы, но это глубоко противоречило средневековой военной культуре. Столкнувшись с недовольством тех, кто хотел взять город штурмом и приступить к разграблению, при этом подвергая себя и других ненужной опасности, Албукерк убедил врага сдаться. Все мусульмане, их жены и дети могли беспрепятственно уйти. Однако пушки, лошади и оружие должны быть оставлены. Люди смогут спокойно переправиться через реку, но при одном условии — при них будет только одежда, которая на них надета, и более ничего. Оставалась еще одна проблема — в армии шаха было много португальских ренегатов. Военачальник должен был передать их Албукерку. Тот поначалу не желал этого делать, поскольку эти люди обратились в ислам. Наконец был достигнут компромисс — Албукерк обещал пощадить их.

Мусульмане были благополучно эвакуированы, никто не причинил им вреда. Что касается перебежчиков, то и в отношении их Албукерк сдержал свое слово — этим людям он сохранил жизнь, однако это не означало, что они избегли жестокой кары. Три дня они сидели в колодках. Их осыпали насмешками, забрасывали грязью, выдергивали волосы из бород. На второй день им отрубили носы и уши, на третий — правые руки и большие пальцы левых рук. Только после этого их раны перевязали. Многие умерли. Те же, кто остался в живых, «переносили страдания с большим терпением», говоря, что «их страшный грех заслуживает еще более сурового наказания».

Новые методы Албукерка были точны, экономичны и эффективны, вдобавок значительно сокращали число боевых потерь, однако популярностью они не пользовались. Недоброжелатели распускали слухи, что он нарочно затянул бой на один день, потому что враг заплатил ему за это крупную взятку.

На самом деле Албукерк просто считал, что нет необходимости убивать слишком много народу. Он понимал, что Бенастарим — ключ к острову. Он перестроил форт, организовал линии обороны на всех других реках и фактически превратил остров в неприступную крепость. Обученные солдаты продолжали тренировки. Албукерк понимал, что теперь Гоа полностью принадлежит португальской короне. Единственное, что может подорвать их владычество, — конфликты с противниками политики губернатора в Кочине и Каннаноре.

После нового поражения, нанесенного Адиль-шаху, Португалия приобрела значительный вес в Азии. Когда Гоа был захвачен в первый раз в 1510 году, торговец из Кочина заявил, что «губернатор повернул ключ, с помощью которого передал Индию своему королю». Под этим он подразумевал прежде всего торговлю в Индийском океане. Самым большим влиянием на полуострове пользовались Биджапур и Виджаянагар. Конечно, малочисленные португальцы не представляли для них прямой угрозы, однако теперь с этой страной, безусловно, приходилось считаться. Гениальный Албукерк по достоинству оценил стратегическую важность Гоа, находившегося на границе двух борющихся между собой государств. Кроме того, Гоа являлся более важным центром торговли, нежели Каликут или Кочин. Но важнее всего было то, что теперь Албукерк контролировал торговлю лошадьми. Корабли, которые доставляли животных из Ормуза, с помощью военных судов губернатора пригоняли на Гоа. Там и торговцам, и их ценному грузу оказывали хороший прием. Через остров проходила тысяча лошадей в год. Прибыль для короны была огромной — от 300 до 500 процентов.