Трудности, с которыми строителям приходилось сталкиваться в процессе работы, возможно, не были столь опасными для жизни, как те, что поджидали их предшественников, но, тем не менее, обескураживали. Как пишет автор исследования, посвященного БАМу: «Территория представляла собой геологический, сейсмический, климатический и эпидемиологический вызов своим будущим покорителям, поскольку большую ее часть занимала тайга».

Одним словом, строительство линии изначально было неудачной идеей, а свойственные советскому строю некомпетентность и коррупция еще усугубили ситуацию.

Советский Союз, возможно, и позиционировал себя как государство с «плановой экономикой», но, как ни странно, планирование не являлось его сильной стороной. Поэтому к моменту, когда в 1974 году на стройку отправились первые бамовцы (как называли строителей магистрали), не существовало ни результатов изысканий, ни четкого плана строительства. Даже газета «Известия», рупор советского правительства, в мае 1974 года признавала, что «в данный момент трудно сказать точно, сколько станций, поселков и городов возникнет по обеим сторонам БАМа». Понадобилось еще три года, чтобы составить полный подробный план, в котором, наконец, был обозначен окончательный маршрут. Отсутствие соответствующей подготовки у многих молодых энтузиастов также являлось проблемой, и только на поздних этапах строительства руководство стройки признало ее существование. Были начаты масштабные программы повышения квалификации, побочным эффектом которых стала дальнейшая отсрочка даты окончания строительства.

Из общей протяженности маршрута около 650 км приходилось на болота, почти в два раза больше — на территорию девственного леса, тайги, и примерно 120 км — на самый сложный и опасный участок, где постоянно существовала угроза оползней. Средняя температура в середине зимы составляла от -20° до -30°С, а когда столбик термометра опускался ниже -45°С при отсутствии ветра (или -35°С в ветреную погоду), рабочим разрешалось прекратить работу и не выходить на улицу. Однако даже при -20°С бульдозеры заклинивало, а топоры ломались, препятствуя дальнейшей работе. Хотя на проект тратились громадные средства, техника часто не подходила для работы в условиях Сибири или была недостаточно мощной для выполнения тех грандиозных задач, которые стояли перед строителями. Например, вместо бульдозеров использовались переделанные тракторы, которые не выдерживали долгой эксплуатации в суровых условиях. Кроме того, часто возникали проблемы с поставкой оборудования и материалов, особенно шпал, что также тормозило темпы работ.

К проблемам планирования и организации труда добавлялись также технические трудности. Когда в 1970-х годах работы на БАМе возобновились, о прежних проблемах с вечной мерзлотой словно забыли. Чтобы здания и другие сооружения не начали проваливаться в грунт или провисать, после выкапывания котлована под фундамент необходимо подождать пару лет, пока земля осядет, так как степень проседания грунта зависит от степени таяния потревоженной вечной мерзлоты. Объем льда больше объема воды, поэтому в результате таяния вечной мерзлоты под зданием образуются пустоты, которые и ведут к проседанию грунта. Но, желая поскорее закончить строительство, этими правилами пренебрегали, не давая грунту осесть, из-за этого возникал риск проседания, которое в свою очередь становилось причиной схода поездов с рельсов и вызывало необходимость установления скоростных ограничений. Со временем снова нужно было делать новую насыпь и заново прокладывать рельсы. В результате задолго до того, как БАМ был завершен, отдельные участки приходилось строить заново. На западном конце, между Тындой и соединением с основной трассой в Тайшете, использование некачественных материалов в сочетании с провалом грунта стало причиной установления постоянных ограничений скорости движения поездов. Как написано в путеводителе по БАМу: «Сначала при строительстве линии использовались низкокачественные рельсы, которые укладывались на смешанный песчано-гравийный балласт. В результате на преодоление 187 км пути требовалось восемь часов, а за четыре месяца 1987 года проседание линии и размыв балластного слоя стали причиной трех случаев крушения поездов». В конечном итоге весь этот участок был проложен заново, но скорость движения поездов на нем до сих пор сих ограничивается 48 км/ч.

Не только трасса, но и здания в возникавших вдоль нее городах строились без учета последствий таяния вечной мерзлоты. В результате в начале 1980-х годов на разных станциях БАМа более 70 зданий пострадали в результате проседания грунта, и многие из них пришлось снести. Больше всего досталось поселку Могот, расположенному на ответвлении от основной магистрали, где из-за ненадлежащей подготовки фундамента разрушились все постройки 1970-х годов. По всей протяженности трассы многие крупные сооружения, такие как больницы и административные здания, получили те или иные повреждения, и даже сегодня можно видеть заброшенные постройки, медленно погружающиеся в землю.

Если вечная мерзлота была серьезной бедой для БАМа, то туннели, если верить путеводителю, «были его главной проблемой». Трасса пересекала несколько горных хребтов, и в одном месте проходила на высоте 1200 метров над уровнем моря. В отличие от западных участков Транссиба, здесь для того, чтобы сократить количество медленных подъемов и спусков, нужно было прокладывать многочисленные туннели. Расходы на строительство полдюжины крупных туннелей общей протяженностью свыше 30 км составили одну треть от стоимости всей трассы; а их сооружение оказалось связано с невиданными трудностями, поскольку они проходили через линии геологического разлома и, что еще хуже, на уровне залегания подземных вод. В путеводителе по БАМу говорится: «Приходилось осваивать новые технологии проходки туннелей, что замедляло темпы строительства», а существующие рабочие кадры не обладали необходимыми знаниями и навыками. И добавляется: «Оглядываясь назад, становится ясно, что если бы на изыскательские работы было потрачено больше времени, то можно было бы найти более рентабельный маршрут, и необходимость в строительстве некоторых туннелей отпала бы сама собой».

Наибольшие сложности возникли при прокладке расположенного в 320 км к востоку от Северобайкальска Северомуйского туннеля протяженностью более 15 км, строительство которого началось в 1978 году и по предварительным расчетам должно было занять шесть лет. На деле оно растянулось на два с половиной десятилетия. Основных проблем было две: сейсмическая активность, которая в этом регионе составляла около 400 слабых толчков в год, и, что было даже более серьезно, наличие подземных протоков и озер. В результате из-за этих почти непреодолимых проблем возникла многолетняя задержка в строительстве.

Самая большая трагедия произошла в сентябре 1979 года, когда проходчики, преодолевая гранитный массив, случайно наткнулись на большое подземное озеро[178], и туннель затопило водой. Несчастье снова заставило вернуться к вопросу о недостаточности проведенных изысканий, что, впрочем, касалось всего проекта в целом. Из-за коммунистической цензуры об этом случае стало известно только четыре года спустя, и точное количество жертв неизвестно. Строители обратились за советом к западным специалистам по туннелестроению, но проблемы, с которыми пришлось столкнуться при прокладке Северомуйского туннеля, оказались настолько сложными и уникальными, что иностранцы не смогли помочь. Пытаясь остановить течь, строители придумали замечательную идею — закачать в гранитный плывун жидкий азот, чтобы заморозить воду и дать бетонному заполнению время застыть. В конце концов, в декабре 2003 года после того, как озеро было осушено с помощью подземных труб, создан безопасный проход на случай землетрясения или наводнения и во всех частях сооружения установлены сейсмодатчики, туннель был открыт для движения поездов.