февраля 1920 года Особые отделы даже на уровне губчека имели собственные печати и бланки ордеров на право обысков и ареста. После ликвидации в том же месяце следственного аппарата ВЧК особисты сохранили его в своей структуре. 00 не зависели от коллег даже в поддержке силовыми подразделениями, поскольку 9 сентября 1919 года получили право создавать собственные отряды особого назначения. Более того, они располагали существенно более широкими полномочиями применения смертной казни, даже после ее формальной отмены 17 февраля 1920 года. Следует отметить заметную неравноправность войсковых и территориальных Особых отделов. Например, одновременно с лишением 00 губчека прав на собственные бланки, печать и ордера таковые сохранялись за военной контрразведкой вплоть до уровня дивизионных Особых отделений.

Сложившаяся ситуация привела к оттоку мало-мальски подготовленных кадров чекистов из территориальных органов в систему фронтовых и армейских Особых отделов. В результате губернские ЧК практически полностью лишились специалистов по фактически изъятой из их ведения контрразведывательной работе. После окончательно оформившегося разделения контрразведки на военную и территориальную первая из них явно превалировала над второй, не только из-за того, что вражеским шпионаж затрагивал в основном и прежде всего войска и относившиеся к ним объекты, но и ввиду широкого распространения военного положения по территории страны. Поскольку особисты в первую очередь занимались армией, в системе государственной безопасности образовалось множество прорех. В особенности остро это ощущалось в прифронтовых районах, поэтому декрет ВЦИК от 20 июня 1919 года ужесточил систему наказаний. В местностях, объявленных на военном положении, ВЧК и губернские ЧК получили право применять санкции за следующие доказанные преступления против государства и общества, а также против граждан:

1) Принадлежность к контрреволюционной организации, участие в заговоре против советской власти.

2) Государственная измена, шпионаж, укрывательство изменников и шпионов.

3) Сокрытие в контрреволюционных целях боевого оружия.

4) Подделка денежных знаков, подлог документов в контрреволюционных целях.

5) Участие в поджогах и взрывах в контрреволюционных целях.

6) Умышленное уничтожение или повреждение железнодорожных путей, мостов, других сооружений, телефонного и телефонного сообщения, складов воинского вооружения, снаряжения, продовольственных и фуражных запасов.

7) Бандитизм (участие в шайке, составившейся для убийства и грабежей, пособничество и укрывательство такой шайки).

8) Разбой и вооруженный грабеж.

9) Взлом советских и общественных складов, магазинов с целью хищения.

10) Незаконная торговля кокаином.

Очевидно, что поставленные перед органами безопасности задачи были самыми разнородными, причем в существенной части традиционно относившимися к компетенции органов охраны правопорядка. Их невозможно было решить без соответствующего приспособления внутренней структуры ВЧК, и делать это следовало незамедлительно. Однако реформам всячески препятствовал заведующий Особым отделом Кедров, упорно и последовательно проводивший линию на отделение подчиненной ему структуры от общей системы госбезопасности. Во всех документах он именовал себя не управляющим, а председателем 00 при ВЧК и постоянно подчеркивал свою независимость. Однако Кедров не ориентировался и на военное ведомство, в котором вскоре снискал ненависть своей необычно высокой конфликтностью и приверженностью к репрессивным методам. Весьма быстро выявилась его неспособность возглавлять столь важный в условиях гражданской войны орган. Председатель/заведующий 00 постоянно разъезжал по фронтам в бронепоезде, отмечая свои перемещения повсеместными систематическими расстрелами бойцов, командиров и гражданских лиц. Никакой организационной работы Кедров принципиально не проводил и был решительно настроен на решение поставленных задач исключительно репрессивными методами. Такая практика дезорганизовывала Красную Армию и дискредитировала советское руководство, в связи с чем Троцкий потребовал от Ленина и Дзержинского вернуть начальника военной контрразведки в Москву, угрожая в противном случае арестовать его. Обращение председателя РВСР попало на подготовленную почву. В ВЧК давно знали о профессиональной несостоятельности Кедрова и странностях его характера, а еще более были обеспокоены сепаратистскими тенденциями в системе Особых отделов, поэтому Дзержинский внес в Бюро ЦК РКП (б) предложение об отстранении председателя Особого отдела от должности. К рассматриваемому времени список ошибочных шагов Кедрова существенно разросся. Он не справлялся с руководством местными аппаратами Особых отделов, но вместо делегирования части прав фронтовым ОО поступил диаметрально противоположным образом и замкнул армейские аппараты на Управление Особых отделов. На долю фронтов остались исключительно руководство 00 расположенных в их полосе губчека, контрразведывательное обеспечение учреждений фронтового подчинения и учетные функции. Троцкий и другие лица в высшем руководстве РККА с нарастающим недовольством наблюдали развал системы обеспечения безопасности войск, происходящий в критический для советской власти период, и неспособность ВЧК хоть как-то вмешаться в этот процесс. В конечном итоге РВСР добился фактического вывода руководства Особыми отделами из-под эгиды системы госбезопасности, что в марте 1919 года было закреплено соответствующим решением VIII съезда РКП (б). После этого местные 00 стали подчиняться комиссарам армий и фронтов, а за Управлением Особых отделов ВЧК осталось лишь общее руководство ими. На этом процесс не остановился. Постановление Совета труда и обороны от 13 мая 1919 года передавало всю систему военной контрразведки в ведение РВС различных уровней, а совместное постановление Политбюро и Оргбюро ЦК РКП (б), принятое на заседании 2–4 июня того же года, подтвердило права реввоенсоветов назначать и смещать руководителей Особых отделов. Председатель РВСР Троцкий лично контролировал этот процесс и для его ускорения в конце июня вернул фронтовым 00 ранее принадлежавшие им и отобранные у них функции. Помимо задачи общей оптимизации системы, таким путем он получал возможность поставить на ключевые посты верных ему людей.

К рассматриваемому времени руководство ВЧК спохватилось и осознало, что опасаться следует не только излишней самостоятельности Особых отделов, но и несколько неожиданного рвения военных, вполне способных перехватить обеспечение безопасности войск в собственные руки. Дзержинский экстренно начал принимать адекватные меры для восстановления своего влияния, начав с соответствующего постановления Коллегии ВЧК от 25 июня 1919 года. Одиозного Кедрова вскоре убрали с поста председателя УОО, который 18 августа 1919 года по совместительству занял сам руководитель госбезопасности. К этому времени очень своевременно подоспела громкая ликвидация заговорщических организаций “Национальный центр” и “Штаб Добровольческой армии Московского района”, весьма упрочившая авторитет УОО. Затем Дзержинский решился на беспроигрышный ход, получив согласие на ввод в центральный орган военной контрразведки таких видных деятелей, как кандидат в члены Политбюро ЦК РКП (б) Н. И. Бухарин, секретарь ВЦИК А. С. Енукидзе, член РВС 5-й армии И. С. Кизельштейн, член Президиума ВЦИК В. А. Аванесов. В развитие этой практики осенью 1919 года он учредил институт особоуполномоченных УОО, которыми стали бывший нарком финансов, затем генеральный консул СССР в Берлине В. Р. Менжинский, секретарь Малого Совнаркома Я. С. Агранов, заместитель наркома госконтроля К. И. Аандер и ответственные работники самой ВЧК А. X. Артузов и В. Д. Фельдман. При странном равнодушии военных чекисты опять начали “перетягивание каната”, вновь обходя фронтовой уровень руководства