Преследуемые правительственными силами, войска Календероглы бежали на северо-восток. Возле Шебинкарахисара, расположенного северо-восточнее Сиваса, появилась возможность полностью уничтожить мятежников, но им удалось уйти и в следующий раз они столкнулись со своими преследователями восточнее Байбурта, где и состоялось очередное сражение. Поздней осенью 1608 года остатки армии Календероглы численностью приблизительно 10 000 «мушкетеров и полностью вооруженной кавалерии», а также их слуги и конюхи проникли на территорию Ирана, где оказались в безопасности. Все опасения, которые первоначально вызвали у принимающей стороны эти сорвиголовы, оказались безосновательными. Искандер Монши, который был одним из главных секретарей двора Сафавидов, стал свидетелем того, как их принимал посланник шаха, и был очевидцем того, как пятьсот человек из этой группы прибыли в столицу Сафавидов Исфахан. По его словам, повсюду, где они появлялись, в их честь устраивали пиры и торжества. Все это делалось с целью унизить османского султана.

Иран и Османское государство все еще находились в состоянии войны, но весной 1609 года был поставлен вопрос о заключении мира, хотя присутствие Календероглы и других мятежников джелали в Иране, разумеется, омрачало отношения между султаном и шахом. В 1609 году исполненный решимости уничтожить еще оставшихся в Анатолии мятежников Куйюку Мурад-паша вместо нанесения мощного удара по Ирану приступил к полному истреблению бунтовщиков. Последние главари еще находившихся в Малой Азии мятежников джелали были убиты вместе со своими сторонниками. В мае 1610 года умер Календероглы, а те из его людей, которые последовали за ним в Иран, вернулись в Анатолию под защиту Насух-паши, ставшего новым губернатором Диярбакыра. Насух-паша сформировал из этих опытных бойцов элитную бригаду мушкетеров.

Так, Куйюку Мурад-паша добился победы, которая долгие годы ускользала от империи и, вернувшись в Стамбул, был встречен как герой. Многим беженцам, покинувшим сельскую местность и перебравшимся в столицу, а также тем, кто бежал еще дальше, во Фракию, были предоставлены три месяца на то, чтобы вернуться домой. Чтобы успокоить своих подданных-христиан, султан распорядился отремонтировать разрушенные мятежниками церкви и монастыри, а налогообложение было приостановлено на три года. Григор из Кемаха, который был одним из тех, кого затронуло это распоряжение, описывает опасное возвращение перемещенных в свои дома, в северной части центральной Малой Азии, где их ожидало весьма неопределенное будущее:

Возобновленная в 1603 году война с Ираном оказала опустошительное воздействие на государство, ресурсы которого истощились до минимума. Более всего туркам не хватало живой силы, необходимой для обороны своих недавно завоеванных на востоке территорий. Шах Аббас сумел использовать в своих целях перенапряжение, которое испытывало Османское государство, и начиная с 1590 года он приступил к преобразованиям в своей армии, сформировав элитный корпус, состоявший из людей, подчинявшихся только ему самому. По сути, это была каста военных рабов, аналогичная той, которая была в Османской империи. Шах поставил себе целью уменьшить свою зависимость от такого изменчивого фактора, как преданность призванных из различных племен новобранцев, которые за столетие до этого способствовали усилению династии Сафавидов, но также были главными виновниками тех беспорядков, которыми сопровождалось вступление на престол самого шаха Аббаса. Подобно тому как в мирные годы своего правления это делал его предшественник шах Исмаил, Аббас предпринимал энергичные, но безуспешные попытки получить дипломатическую и финансовую поддержку Запада. Ряд пограничных инцидентов спровоцировал возобновление военных действий, и в сентябре 1603 года шах Аббас, который встал во главе своей армии, за двенадцать дней совершил переход из Исфахана в Тебриз. Он обнаружил, что из города ушел его османский гарнизон. Вернув Тебриз, иранские армии отвоевали Нахичевань и после шестимесячной осады взяли Ереван.

Несмотря на тяжелое положение, сложившееся в то время на западных границах империи, османское правительство понимало, что невозможно оказывать сопротивление шаху Аббасу только с помощью вооруженных сил своих восточных провинций, и в 1604 году визирь Кигалазаде Синан-паша был назначен командующим армией, которая была отправлена на восток. Он обнаружил, что пограничная зона обезлюдела и лишена каких-либо запасов продовольствия, что было результатом той самой тактики выженной земли, которая в прошлом затрудняла продвижение османских войск. Следуя примеру своих предков, шах Аббас на один шаг опережал своих преследователей. Кигалазаде Синан и его войска, на зиму остановившиеся в Диярбакыре и Ване, подверглись нападению Сафавидов и были вынуждены отсупить в Эрзурум. В мае 1605 года две армии сошлись возле Тебриза. В несвойственной ей манере, османская армия покинула поле битвы, оставив большую часть своего снаряжения и запасов продовольствия.

Когда в последующие годы империя сосредоточила внимание на решении внутренних проблем в Малой Азии, Сафавиды изгоняли османские гарнизоны из опорных пунктов, которые еще оставались у нее на Кавказе и в Азербайджане. Военные действия фактически закончились, а турки так и не сумели организовать хоть какую-то оборону. В 1610 году великий визирь Куйюку Мурад-паша выступил в поход против шаха Аббаса, но не смог вовлечь его в сражение, а в августе 1611 года скончался в Диярбакыре. В следующем году было заключено перемирие, по условиям которого граница между двумя государствами должна была снова проходить там, где она проходила после того, как в 1555 году был заключен мир в Амасье. Турки теряли все территории, приобретенные в ходе войн 1578–1590 годов.

Однако прежде, чем договор был ратифицирован, два грузинских князя попросили у султана защиты, что спровоцировало шаха Аббаса нанести удар, который турки истолковали как нарушение перемирия. Более того, шах взял под стражу османского посланника при своем дворе. В 1614 году был казнен Насух-паша, который являлся сторонником мира с Ираном, и вместо него на должность великого визиря назначили более агрессивного Ёкюз («Бык») Мехмед-пашу, который был обручен с дочерью султана Ахмеда. Его назначение ознаменовало наступление перемен в политике. В августе 1616 года он во главе большой армии подошел к стенам крепости Ереван. Впрочем, предпринятая им осада закончилась неудачей, и его сместили с должности. После постоянных стычек с противником, османские силы 10 сентября 1618 года попали в засаду возле Тебриза и, по словам одного из осведомителей секретаря шаха Аббаса Искандера Монши, потеряли пятнадцать тысяч бойцов. Война закончилась (по крайней мере, на время) и мир, заключения которого долгие годы добивался Насух-паша, наконец стал реальностью.