Кроме того, судьба стамбульской обсерватории показывает, что шейх-уль-ислам стал одним из тех государственных должностных лиц, авторитет которых повысился, тогда как авторитет великого визиря упал. Когда духовная иерархия перестала, как прежде, отстраняться от решения светских вопросов, шейх-уль-ислам и его советники стали представителями интересов духовенства на политической арене. Они не отказались довести до победного конца свою борьбу за право открыто назначать своих людей на государственные должности, что вызывало душевные страдания у таких традиционалистов, как Мустафа Али из Гелиболу, который горевал по тем дням, когда, как это ему представлялось, духовенство было выше политики и, благодаря своей непредубежденности, обладало моральным авторитетом. Во время правления Ахмеда I фетвы шейх-уль-ислама становились основой для юрисдикции, в особенности когда речь шла о земле, и ему стали доверять решение вопросов, которые прежде находились в сфере ответственности канцлера. Согласно источникам того времени, в период между 1550 и 1650 годами почти половина из тех, кто занимал три самых высоких поста в духовной иерархии, принадлежали к одиннадцати семействам: на самом деле власть, которой обладало семейство бывшего воспитателя Мехмеда III, а впоследствии шейх-уль-ислама Садеддина-эфенди (который в 1596 году был рядом с этим робким султаном при Мезе-Керестеше), уступала лишь власти самой османской династии.

С наступлением нового тысячелетия и нового столетия появились намеки на то, что государственная религия Османской империи приобретает аскетический и даже догматический характер. Эпизод с обсерваторией был одним из признаков этой тенденции к проявлениям косности. Появились и другие: например, были приняты законы, не позволявшие христианам и евреям носить дорогую одежду, а употребление спиртного оказалось под запретом, правда, ненадолго. Несмотря на все более непримиримое отношение к расширенному толкованию ислама и готовность преследовать тех, кто выходил за рамки допустимого, в понимании мусульманской веры, Османская империя по-прежнему проявляла удивительную терпимость к немусульманским меньшинствам, особое (и неравное) положение которых гарантировалось законом в обмен на обязательство этих меньшинств платить подушный налог. Евреи играли заметную роль в торговле, и многие из них стали успешными откупщиками налогов. На протяжении значительной части шестнадцатого столетия они приблизились к правящей династии, которая использовала их в качестве лекарей султанов и на дипломатической службе. Еврейский банкир Иосиф Наси давал советы и Сулейману и Селиму II. Однако после разразившегося в 80-е годы финансового кризиса и последующих социальных и экономических неурядиц положение этих выдающихся евреев изменилось. Так, зависть к богатству, которое они скопили, стала причиной того, что с них стали взимать дополнительные налоги, хотя до этого они пользовались налоговыми льготами. Эсперанца Молши, служившая фрейлиной у матери Мехмеда III, Сафийе Султан, и в 1600 году убитая военнослужащими дворцовой кавалерии, была еврейкой, что, возможно, усилило их ярость, вызванную тем, что в 80-е годы она принимала участие в манипуляциях с денежной массой. Они также обвинили ее в том, что она вмешивалась в процесс сбора налогов. Мехмед сразу же попытался успокоить дворцовую кавалерию, еще более ограничив традиционные права евреев, но спустя два года он отменил эти ограничения.

Следуя уже введенной практике, Мурад III полагался на еврея, которого он сделал своим доверенным лицом, на сей раз им стал купец из Рагузы (Дубровника) Давид Пасси, который был переводчиком у Иосифа Наси. Пасси находился при дворе начиная с середины 80-х годов. У него просили совета по финансовым вопросам, а также по вопросам внутренней и внешней политики. Именно внешняя политика и стала причиной его падения, так как он нажил себе врага в лице Коджа Синан-паши, который пять раз занимал пост великого визиря и у которого были иные представления о том, какие государства являются врагами Османской империи. Коджа Синан-паша начал мощную кампанию, направленную на всяческое поношение Пасси. Он не только писал султану о мнимых преступлениях Пасси, но и обрушивался с обвинениями на всех евреев, которых объявил непригодными для того, чтобы занимать высокие должности в исламском государстве. Он возложил на Пасси вину за экономические проблемы того времени и пытался добиться его казни. В 1591 году Мурад распорядился депортировать Пасси на Родос, ставший традиционным местом изгнания для тех, кто едва избежал казни.

На рубеже столетий был уничтожен один из самых густонаселенных еврейских районов Стамбула, на месте которого планировалось возвести храмовый комплекс валиде-султан Сафийе. Расположенный между портовыми сооружениями бухты Золотой Рог и базаром на возвышавшемся холме, он был торговым центром города, на территории которого Рустем-паша уже построил свою мечеть и лавки. Здание синагоги и многие из принадлежавших евреям домов были в принудительном порядке скуплены, чтобы предоставить место для храмового комплекса Сафийе. Это решение вызвало споры, а сам проект подвергся критике по причине своей дороговизны. Первый камень был заложен 20 августа 1598 года, и если бы работы продолжались, то в пределах Стамбула появилась бы первая построенная валиде-султан мечеть. Но строительство прекратилось, потому что в 1603 году умер Мехмед III, а вслед за ним в 1605 году скончалась Сафийе.[28]

В те годы давление испытали и те подданные империи, которые исповедовали греческое православие. В 1587 году они лишились церкви Паммакаристос в Стамбуле, которая стала резиденцией Патриархата вскоре после того, как османы захватили город. В ознаменование успехов, достигнутых во время войны с Ираном на Кавказе, эта церковь была перестроена и стала «Мечетью победы» (Фетийе Камии), а Патриархат переселился в церковь Св. Георгия, находившуюся в районе Фенер, на берегу бухты Золотой Рог. Там она стоит и сегодня. Губернаторам провинций, которые хотели, следуя этому примеру, преобразовать церкви в мечети, было запрещено это делать, но Коджа Синан-паша, построивший во благо мусульман множество таких общественных сооружений, как мечети, мосты, фонтаны и бани, в 1590–1591 гг., то есть в 999 году по исламскому календарю, предоставил товары и деньги, необходимые для создания благотворительного учреждения, и произвел переделки, необходимые для превращения церкви Святого Георгия Ротунда в Фессалониках в мечеть. В 1595 году в бывшей церкви еще оставалась нетронутой мозаика, поскольку именно тогда ее увидел венецианский посланник во время прогулки по городу.

Ко времени правления Мурада III в султанской библиотеке все еще хранилось более сотни греческих манускриптов. В Стамбуле греческие манускрипты без труда могли купить такие визитеры, как посол Фердинанда 1 барон Огиер Гизелин де Бусбек, который в середине XVI века жил в этом городе. В годы правления Селима II греческий ученый Иоанн Малаксос, переехавший в Стамбул вскоре после того, как в 1540 году турки захватили его родной Нафллион, каталогизировал восемь частных библиотек и обнаружил приблизительно 555 греческих манускриптов. Их последующая судьба неизвестна, но ясно, что в последние годы XVI столетия резко пошел на убыль тот интерес, который турки проявляли к своему византийскому наследию.