В ноябре 1950 г. был арестован врач Этингер, лечивший А.С. Щербакова. На допросе у Рюмина он «без какого-либо нажима, признал, что при лечении т. Щербакова А. С. имел террористические намерения в отношении него и практически принял все меры к тому, чтобы сократить его жизнь». Однако Абакумов не придал значения показаниям Рюмина и прекратил следствие по этому делу. Более того, Этингера поместили в «опасные для его здоровья условия (в сырую и холодную камеру), вследствие чего 2 марта 1951 года Этингер умер в тюрьме». Иными словами, Рюмин обвинил министра в попытке скрыть, что среди врачей «существует законспирированная группа лиц, стремящихся при лечении сократить жизнь руководителей партии и правительства».

Понимая, что одно факта может быть мало, Рюмин приводит еще несколько примеров «антипартйиного» поведения Абакумова. Министр пытался замять результаты следствия по делу заместителя генерального директора акционерного общества «ВИСМУТ» Салиманова, бежавшего на Запад, но в августе 1950 он был арестован. Как можно понять из заявления Рюмина, Абакумов боялся, что показания Салиманова свидетельствуют о провалах в работе контрразведки.

Наконец, Рюмин жаловался на недостатки в следственной работе МГБ. По воспоминаниям Судоплатова, ход его доносу дал помощник Г. Маленкова Суханов, который весной 1951 г. принял Рюмина. «Суханов держал его в приемной около шести часов, а сам вел переговоры с Маленковым по поводу содержания письма Сталину. Лишь Суханов знает, почему выбрали Рюмина, чтобы обвинить Абакумова в заговоре».

Вслед за этим Сталин лично выслушал объяснения министра, а затем последовало постановление, в котором констатировалось, что «т. Абакумов не только обманывал партию, но и грубым образом нарушал постановления ЦК ВКП(б) и правительства». Кроме Абакумова были арестованы начальник следственной части генерал-майор А.Г. Леонов и его заместители полковник М.Т. Лихачев, полковник Л.Л. Шварцман, полковник Комаров.

В октябре репрессии продолжились, и по обвинению в создании заговорщической организации в МГБ арестовали ряд заместителей управлений. Сначала по решению ЦК начальник 2 Главного управления, а с января 1951 г. заместитель министра, генерал-майор Е.П. Питовранов и С.И. Огольцов получили выговор за то, что они не проявили «необходимой партийности» и не сигнализировали ЦК ВКП(б) о неблагополучии в работе МГБ. 19 октября арестовали заместителя Питовранова генерал-лейтенанта Л.Ф. Райхмана. Питовранов был руководителем контрразведки относительно недавно — с 1946 года, а Райхман служил заместителем начальника управления с 1940 г. Важно учесть еще два обстоятельства: Питовранов пришел в органы в ноябре 1938 г. (при Берия), в 1939–1946 гг. все время проходил службу в регионах (Горький, Киров, Куйбышев, Ташкент). Райхман был в органах с 1931, а в центральном аппарате — с весны 1937 г. Кроме того, он был старше своего нового начальника на 7 лет. Безусловно, решение назначить 31-летнего Питовранова начальником отделения — личное решение Сталина, понятно также, что кто-то предложил эту кандидатуру, возможно, сыграло роль, что Питовранов был заместителем В.С. Рясного, в тот период заместителя министра внутренних дел (см. ниже). Арест «еврейского националиста» Райхмана, конечно, ударил и по Питовранову.

28 октября 1951 г. был задержан начальник 1 управления МГБ генерал-лейтенант М.И.Белкин. Он обвинялся в связях с иностранными разведками и масонской ложей, а также в создании «черной кассы», спекуляции, недостойном поведении в быту, связях с женщинами, имевшими, в свою очередь, связь с иностранцами, необоснованных репрессиях.

Были арестованы также генерал-майор Наум Исаакович Эйтингон и заместитель начальника 5 Управления МГБ СССР генерал-майор Илья Израилевич Илюшин (Эдельман). Последний еще 27 марта 1950 г. был уволен в запас, но 13 февраля 1953 г. также был арестован. Спустя год после начала следствия стало понятно, что оно зашло в тупик: признательные показания дал только Шварцман, что, конечно, означало провал.

Аресты «еврейских националистов» привели к неожиданным, на первый взгляд, переменам: на Лубянку пришел генерал-полковник Сергей Гоглидзе. Как уже говорилось, еще 3 января 1951 он был переведен в Москву и назначен начальником Главного управления охраны на железнодорожном и водном транспорте МГБ СССР. Гоглидзе замещал Игнатьева во время болезни и вел практически всю переписку по «делу врачей». 10 ноября 1951 он был переведен на пост министра государственной безопасности Узбекистана, но уже 13 февраля 1952 вернулся в МГБ СССР заместителем министра, одновременно возглавив 3-е (военная контрразведка) управление МГБ СССР. 20 ноября 1952 он вновь стал первым заместителем министра.

Арест «сионистов в МГБ» привел также к усилению в центральном аппарате органов чекистов с Украины, которых Судоплатов справедливо считал ставленниками Хрущева. Сам украинский руководитель высказывал сходные мысли: «У меня сложилось тогда (в конце 1949-начале 1950 гг… — Л.Н.) впечатление, что Сталин (он этого не сказал мне), вызывая меня в Москву, хотел как-то повлиять на расстановку сил в столице и понизить роль Берии и Маленкова. Мне даже иногда казалось, что Сталин сам боится Берии, рад был бы от него избавиться, но не знает, как это получше сделать. Перевод же меня в Москву как бы противопоставлял нас, связывая Берии руки».

Начальником 3 управления на три месяца стал генерал-лейтенант Л.Ф. Цанава, а потом Василий Степанович Рясной. Обычно считается, что наиболее верной Н.С. Хрущеву фигурой в органах был И.А. Серов. На самом же деле, позиции Хрущева в МГБ были очень прочные. Об этом свидетельствовал П.А. Судоплатов: «Во время последних лет сталинского правления Хрущев… расставлял своих людей на влиятельных постах. Редко замечают, что Хрущев умудрился… внедрить четырех своих ставленников в руководстве о МГБ-МВД: заместителями министра стали Серов, Савченко, Рясной и Епишев. Первые трое работали с ним на Украине. Четвертый служил под его началом секретарем обкома в Одессе и Харькове».

Как уже говорилось, в 1951 году внешнюю разведку вернули в МГБ. 3 ноября 1951 года заместителем министра госбезопасности и начальником Первого Главного управления (внешняя разведка) стал генерал-лейтенант Сергей Романович Савченко. Он в 1920-е гг. служил в погранвойсках на Украине. Перед войной стал заместителем наркома госбезопасности Украинской ССР и начальником 1-го Управления НКГБ УССР. С середины сентября 1941 по начало января 1942 г. Савченко фактически исполнял обязанности наркома, поскольку нарком В.Т. Сергиенко в этот период находился в окружении и на оккупированной немцами территории. После разделения наркоматов в 1943 стал наркомом госбезопасности Украинской ССР, а с августа 1949 был 1-м заместителем председателя КИ при СМ СССР.

Усилились и позиции Рясного. 29 июля 1943—15 января 1946 г. он служил наркомом внутренних дел Украинской ССР. Затем он ушел в «кругловское» МВД на должность заместителя министра, одновременно служил в КИ. В феврале он возглавил 2-е управление МГБ (контрразвдка), которым раньше им руководил Питовранов. Как уже говорилось, сначала им три месяца руководил Цанава, но затем его убрали и начальником управления стал Рясной. Одновременно он был заместителем начальника Управления охраны МГБ (19 мая 1952-март 1953 г.).