Переезд советского правительства и ВЧК в Москву 9 марта 1918 г. обозначил новый этап в становлении системы чрезвычайных комиссий, начало превращения ее во всероссийскую организацию. До этого момента чрезвычайные комиссии не были представлены в большинстве российских губерний. Противоречивые сведения об их организации имеются только по Северо-Западу России и близлежащим территориям, отчасти контролируемым Петроградом. В начале марта функционировали отделы по борьбе с контрреволюцией (прообразы ЧК) в Новгородской и Псковской губерниях, имелись районные чрезвычайные комиссии в самом Петрограде и его пригородах[697]. Появление последних было связано с инициативным обращением отдела по борьбе со спекуляцией ВЧК к райсоветам 5 января 1918 г., в котором содержалась просьба об организации районных ЧК для рассмотрения дел о незначительных спекулятивных операциях. Чрезвычайные комиссии по борьбе со спекуляцией при районных Советах Петрограда начали действовать со второй половины января 1918 г. Так же зимой 1917–1918 г. была создана Эстонская ЧК во главе с В. Э. Кингисеппом. В феврале 1918 г. она произвела массовые аресты немецких остзейских баронов[698].

В начале марта 1918 г. начинается организация чрезвычайных комиссий непосредственно уже в петроградских уездах. 1 марта 1918 г. под Петроградом была создана Гатчинская ЧК[699]. Ее создание было связано со срывом брестских мирных переговоров и германским наступлением 18 февраля — 3 марта 1918 г., а также с активизацией местных контрреволюционных сил. Таким образом, создание Гатчинской ЧК было скорее исключением.

Имелись свои местные чрезвычайные комиссии и в Москве. Так, 25 февраля 1918 г. была образована ЧК Рогожского района Москвы в составе 5 человек. В начале марта была учреждена и центральная Московская комиссия по борьбе с контрреволюцией. Однако вскоре 19 марта ее аппарат был слит с аппаратом переехавшей в Москву ВЧК[700]. В других районах России подобные организационные формы борьбы с контрреволюцией не применялись, несмотря на принятое еще в декабре 1917 г. решение об образовании местных ЧК. Функции органов борьбы с контрреволюцией и спекуляцией выполняли различные комитеты и комиссии, не имевшие отношения к ВЧК.

Поэтому перед ВЧК сразу после ее переезда в Москву была поставлена задача стать всероссийским органом борьбы с контрреволюцией, имеющим подразделения на местах. Начиная с 18 марта 1918 г. к прежним четырем отделам ВЧК добавляются еще пять новых. Наибольшее значение имело преобразование Организационного отдела 18 марта в Иногородний отдел (со своей специфичной коллегиальной структурой подразделения) и образование 20 марта отдела по борьбе с преступлениями по должности. Последний отдел первоначально возглавлял заместитель председателя ВЧК В. А. Александрович, с апреля 1918 г. — М. Н. Гуркин, а с середины июня 1918 г. — А. И. Пузырев. Подразделение было организовано на базе банковского подотдела Отдела по борьбе с контрреволюцией[701]. Особое внимание развитию этого отдела уделял лично Ф. Э. Дзержинский, считавший необходимым бороться не только со злоупотреблениями в целом советских работников, но и с имевшимися случаями злоупотреблений со стороны чекистов. 26 апреля 1918 г. на заседании ВЧК был заслушан его доклад о необходимости чистки личного состава комиссии ввиду обнаружений злоупотреблений с арестами и освобождениями[702]. 13 мая 1918 г. на заседании ВЧК был заслушан вопрос «Об организации действительной борьбы с замечающимися в последнее время злоупотреблениями некоторых сотрудников комиссии», на котором было принято решение об организации постоянной контрольной комиссии из делегированных ЦК РКП (б), ЦК левых эсеров и ВЦИК членов[703]. Однако в силу политического развития ситуации в стране, в том числе противостояния с левыми эсерами, данная комиссия уже без представительства эсеров будет сформирована лишь в ноябре 1918 г.

Другими отделами и подразделениями, сформированными в это время, были: Канцелярский, Общий отдел (зав. Емельянов), информационное бюро (на правах отдела — зав. Лурье) и справочное бюро (зав. Смородкина), стол личного состава разгрузили оперативные отделы ВЧК[704].

В связи с новыми задачами и формированием местных ЧК в эти же дни происходит кадровое усиление ВЧК, в которую были откомандированы коммунисты. С их приходом общая численность аппарата ВЧК достигает 120 человек. Значительно возрастают к апрелю 1918 г. вооруженные силы чрезвычайной комиссии. Все вместе они насчитывали уже 750 штыков, 50 сабель, 80 самокатчиков, 60 пулеметов, 40 артиллерийских орудий и 3 броневика.

22 марта 1918 г. в «Известиях ВЦИК» было опубликовано постановление ВЧК «О создании местных чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией». Этим постановлением дано было начало планомерному строительству системы чрезвычайных комиссий в масштабах всей России.

29 апреля 1918 г. председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский обратился в Президиум ВЦИК с просьбой пополнить ВЧК идейно выдержанными товарищами. В своем обращении Дзержинский мотивировал просьбу увеличившимся объемом работы: «В настоящее время, в силу внешних и внутренних условий перед нами стоит перспектива колоссального увеличения работы, как в количественном отношении, так и в смысле интенсивности ее»[705]. 18 мая 1918 г. ЦК РКП (б) в ответ на запрос ВЧК от 29 апреля 1918 г. постановило усилить комиссию членами партии, делегировав в нее М. Я. Лациса, В. Н. Яковлеву, И. Н. Стукова, ставших впоследствии видными ее членами[706]. Так, М. Я. Лацис возглавил отдел по борьбе с контрреволюцией (в июле 1918 г., в связи с его отъездом на Восточный фронт, отдел возглавит Н. А. Скрыпник). Укрепление ВЧК тем более было необходимо, поскольку даже в условиях единичных случаев применения смертной казни по отношению к уголовникам у чекистского руководства и рядового состава стали наблюдаться нервные срывы, вызванные переутомлением и моральной ответственностью[707]. 27 мая 1918 г. на работу в ВЧК был принят С. Г. Тихомолов, ставший шофером комиссии[708]. Именно он чаще всего развозил по Москве Ф. Э. Дзержинского на «Паккарде». Привлечение новых членов должно было ослабить проблему недоукомплектованности центрального аппарата ЧК, который помимо борьбы с контрреволюцией занимался большой организационно-структурной работой.