Поэтому судьба ОСНАЗа и IV управления была предрешена. Отдельный отряд особого назначения НКГБ СССР был расформирован совместным приказом наркомов внутренних дел и госбезопасности от 5 октября 1945 года. Некоторые его функции перешли к спецотрядам МВД — МТБ, которые вели «лесную войну» с отрядами прибалтийских и украинских националистов на протяжении ещё полутора десятков лет.

После образования 15 марта 1946 года МТБ СССР ПА. Судоплагов совмещает должности, продолжая руководить IV управлением до его упразднения 15 октября 1946 года. Разведывательно-диверсионные резидентуры управления были расформированы. Бывшие руководители и сотрудники центрального аппарата получили назначения в различные подразделения — от Бреста до Владивостока, от Мурманска до Кушки.

Сам П.А. Судоплатов остался в Москве. Ему удалось избежать очередной чистки в органах. 15 февраля 1947 года он возглавил отдел «ДР» (диверсии и разведка). Этот отдел, известный как Спецслужба МГБ СССР, был сформирован для развертывания в случае войны разведывательно-диверсионной работы против военных баз, расположенных вокруг СССР, захвата за рубежом и доставки в СССР новейших образцов вооружения и техники. Он занимался также ликвидацией перебежчиков.

9 сентября 1950 года П. А. Судоплатов был утверждён Политбюро ЦК ВКП(б) начальником Бюро № 1 МГБ СССР по диверсионной работе за границей — агентурного аппарата, созданного на базе Спецслужбы МТБ СССР.

В 1947–1951 годах под руководством Судоплатова и его заместителя Н. Эйтингона проведен ряд успешных операций по захвату, перевербовке и ликвидации руководителей вооруженного националистического подполья в Западной Украине и Литве, бывших офицеров СС и агентов германской и английской разведок.

21 марта 1953 года П.А. Судоплатова назначают заместителем начальника I Главного управления (контрразведка) МВД СССР. С 30 мая 1953 года он становится начальником 9-го (разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР, созданного на базе Бюро № 1. После его организации 31 июля 1953 года Судоплатова переводят во II Главное управление МВД СССР на должность начальника отдела главка внешней разведки.

Смерть вождя и расстрел Берии ударили и по Судоплатову. Новый хозяин Кремля Н.С. Хрущёв даже после ареста Берии все ещё смертельно боялся его грозной тени и потому поспешил избавиться от него. В. Меркулов, Б. Кобулов, А. Кобулов, С. Гогпидзе, П. Мешник — ближайшие помощники Берии, а также другие руководители советских органов госбезопасности были арестованы и затем многие из них расстреляны. Погиб на допросе и один из великих нелегалов — Я.И. Серебрянский.

Не избежал печальной участи и Павел Анатольевич. 20 августа 1953 года он был уволен «за невозможностью дальнейшего использования», а 21 августа 1953 года «уволенный» был арестован в своём служебном кабинете.

«Руденко, — вспоминает П.А. Судоплатов, — грубым тоном объявил мне, что я арестован как активный участник заговора Берии, целью которого был захват власти, что я доверенное лицо и сообщник Берии в тайных сделках с иностранными державами против интересов Советского государства, что я организовал ряд террористических актов против личных врагов Берии и планировал теракты против руководителей Советского государства.

На втором допросе Руденко предложил мне дать свидетельские показания против Берии: рассказать о его плане тайного сговора с Гитлером по заключению сепаратного мира при посредничестве болгарского дела Стаменова, о привлечении “английского шпиона” Майского для установления тайных контактов с Черчиллем и, наконец, о готовившихся терактах по уничтожению советского руководства с помощью ядов».

На одном из судебных заседаний я почувствовал, как кровь бросилась мне в лицо, и не сдержавшись, я выпалил:

— Вы судите человека, приговоренного к смерти фашистской ОУН, человека, который рисковал своей жизнью ради советского народа! Вы судите меня так же, как ваши предшественники, которые подводили под расстрел героев советской разведки. —Я начал перечислять имена своих погибших друзей и коллег — Артузова, Шпигельгласа, Мали, Серебрянекого, Сосновского, Горожанина и других…

Советский Союз, которому я был предан всей душой и за который был готов отдать жизнь, ради которого старался не замечать творившихся жестокостей, оправдывая их стремлением превратить страну из отсталой в передовую, во благо которого провёл долгие месяцы вдали от Родины, дома, жены, детей — даже пятнадцать лет тюремного заключения не убили моей преданности своей Отчизне!»

Но ни абсурдность выдвинутых против Судоплатова обвинений, ни многочасовые допросы у следователей не сломили его духа. Находясь под следствием (с 21 августа по 30 сентября 1958 года), он не дрогнул, виновным себя не признал, никого не оклеветал, а терпеливо и упорно добивался справедливости.

30 сентября 1958 года П.А. Судоплатов был осуждён на закрытом заседании Военной коллегии Верховного Суда СССР без участия защиты и приговорён к пятнадцати годам тюремного заключения. Долгих 15 лет П.А. Судоплатов провел в камерах внутренней тюрьмы на Лубянке, затем в Бутырке, Лефортово, Крестах и печально знаменитом Владимирском централе.

Находясь в тюрьме, П.А. Судоплатов не озлобился и не забыл о своей работе. «Мы с Эйтингоном, — вспоминал он, — написали Хрущёву письмо, в котором содержались оперативные предложения по противодействию только что организованным президентом США Кеннеди диверсионным соединениям особого назначения — “зелёным беретам”. Наше письмо получило одобрительную оценку Шелепина, секретаря ЦК КПСС, курировавшего вопросы госбезопасности и деятельность разведки. С письмом ознакомился генерал Фадейкин, мой преемник на посту начальника службы диверсионных операций за границей в I Главном управлении КГБ. Он прислал майора Васильева во Владимир обсудить с нами организационные детали, и тот привёз нам в подарок два килограмма сахара. Вот так наша инициатива привела к рождению в КГБ спецназа. Был создан учебно-диверсионный центр, подчиненный I Главному управлению».

21 августа 1968 года, во многом благодаря соратникам, П.А. Судоплатов был освобождён из-под стражи и вышел на свободу. Но прошло ещё двадцать три года, пока наконец его доброе имя было восстановлено. Только в 1991 году П.А. Судоплатов был полностью реабилитирован.

Павел Анатольевич прожил долгую, далеко не неоднозначную, но заслуживающую глубокого уважения жизнь. Он был преданным сыном своего сурового и бурного времени. Он без страха и упрёка служил великим целям и идеалам, которыми тогда жила его страна. Находясь на самом острие тайной войны, он всегда оставался верен своим друзьям, принципам, делу и своему долгу.

В 1928 году П. Судоплатов женился на Эмме Карловне Кагановой. Эмма Карловна — ветеран органов НКВД — МТБ. Родилась в 1905 году. С 1923 года в органах ГПУ УССР: в 1923–1927 гг. в Одессе, затем — в СО ГПУ в Харькове. В 1933–1935 гг. сотрудник СПО ОПТУ — ГУГБ НКВД, а в 1936–1940 гг. в ИНО ГУГБ НКВД — МТБ СССР. Лейтенант ГБ (1935), майор ГБ (1943), подполковник (1947).

Умерла в сентябре 1988 года. Похоронена на Донском кладбище в городе Москве.

У Павла Анатольевича и Эммы Карловны родились два сына: Судоплатов Андрей Павлович и Судоплатов Анатолий Павлович. Оба с высшим образованием и занимаются научной и писательской деятельностью.