На королевском совете Екатерина, как сообщают, внезапно изменила отношение к своему всегдашнему наставнику, Мишелю де Л'Опиталю, предлагавшему меры по примирению сторон, сердито заявив: «Это из-за вас и ваших советов мы до такого докатились!» Когда парижане начали ощущать на себе последствия блокады, не оставалось другого пути, кроме как расправиться с подлыми предателями, поведение которых она окрестила «величайшим злом в мире». Король собирал армию, а его мать послала воззвания к «кузену» Козимо, герцогу Флорентийскому, а также к Филиппу Испанскому и Папе Пию V о помощи. Теперь, когда от ее упорной, ни на чем не основанной веры в существование крепкого мира остались одни осколки, Екатерине — просвещенной примирительнице — раз и навсегда пришел конец.

В письме в Испанию она жаловалась: «Вы можете представить, с каким огорчением я вижу, как королевство возвращается к бедам и невзгодам, как я ни старалась их избежать». Переговоры между двумя сторонами все велись, а парижане между тем страдали от голода. 7 октября 1567 года, согласно древней традиции, в Сен-Дени был отправлен герольд короля, потребовавший, чтобы Колиньи, д'Андело и Конде разоружились и сдались. Трое вождей гугенотов отвечали, что не нарушали клятвы королю и хотят только одного — вытащить страну из нынешних бед. Однако время для разговоров закончилось. 10 ноября семидесятичетырехлетний коннетабль выехал из Парижа во главе королевской армии в 16 тысяч человек. Карл предпринял отчаянную попытку возглавить войска самостоятельно, но Монморанси остановил его. Взявшись за поводья королевской лошади, он произнес: «Сир, негоже вашему величеству так рисковать своей особой. Вы слишком нам дороги, и потребуется не менее 10 тысяч всадников, дабы сопровождать вас». Огорченный Карл повернул назад, и в три часа дня близ ворот Сен-Дени разыгралась битва.

Храбрая кавалерия во главе с самим Конде едва не выиграла сражение, но королевские войска все же потеснили ее, и к ночи гугенотская армия покинула поле битвы. В этом бою коннетабль получил смертельное ранение: он выдержал несколько ударов по голове и лицу, но выстрел из аркебузы в спину поверг его. Его внесли в город, и, промучившись еще два дня, доблестный старик умер. Это случилось 12 ноября. Екатерина и Карл организовали похороны с такими почестями, каких удостаивался не всякий монарх. Монморанси нашел успокоение в Сен-Дени, близ могилы Генриха II — короля, которого любил и которому служил верой и правдой.

Потеряв коннетабля, Екатерина, глухая к доводам разума и советам близких, объявила: ее обожаемый сын, Генрих Анжуйский будет королевским наместником и командующим армией. Всего шестнадцати лет от роду, избалованный, окруженный ежечасным вниманием королевы-матери и ее женщин, ведущий изнеженную жизнь, дабы уберечь здоровье (у него даже комнаты специально подогревались), всячески опекаемый, герцог Анжуйский вряд ли мог претендовать на роль настоящего полководца, которого уважали бы подчиненные. То же самое можно было сказать о людях, которых Екатерина подобрала в качестве его помощников и советников. Герцог де Немур (недавно женившийся на вдове герцога де Гиза), герцог де Монпансье, чье ревностное католичество было обратно пропорционально его военным навыкам, и Артюс де Косее, королевский секретарь по финансам. Судя по плачевному состоянию казны, ожидать от него стратегических и военных талантов не приходилось. Хуже того, отношения между Косее и Монпансье можно было описать как крайне неприязненные. Назначения Екатерины на эти посты отражали скорее политические нужды, нежели военные. Решать военные вопросы комитетом всегда дело рискованное, но, когда комитет состоит из неумех, возглавляемых изнеженным подростком, риск становится почти смертельным.

Конде ушел на восток и объединил силы с большим отрядом германских рейтаров (наемников, присланных германскими князьями-протестантами), пришедшими к нему на помощь. Незадолго до Рождества 1567 года Екатерина вызвала Алаву и пригласила прогуляться в садах Тюильри, где возводился новый дворец. Екатерина объясняла военную некомпетентность сына его юностью, но Алава отвечал ей без обиняков: зачем винить юные годы сына, когда все его командующие — идиоты: Косее — ничтожество, Немур слишком занят своей любовью, ему не до войны, а Монпансье — просто дурак. Алава настоятельно советовал, чтобы королева-мать назначила командующим Таванна, талантливого и преданного ей воина, никогда не увиливающего от исполнения своих обязанностей. В январе 1568 года Екатерина отправилась в штаб-квартиру герцога Анжуйского в Шалон-сюр-Марн. Беспорядок, царящий в лагере, был очевидным — если бы не распри между двумя старшими офицерами, затеявшими личную ссору, вместо того чтобы вести войска, можно было бы избежать соединения германских рейтаров с гугенотами. Руководители армии вообще были не в состоянии принять единый план действий, королева вынуждена была признать, что ее сын со своими командирами запутался в безнадежном хаосе. Тогда она поставила Таванна во главе авангарда армии, и было решено продвигаться к Труа, чтобы удержать гугенотов от захвата территорий в сердце Франции.

Визит Екатерины имел тайную цель: она надеялась встретиться с Шатильоном, который представлял мятежников, и попытаться достичь компромисса, который мог бы положить конец войне. Она вернулась в Париж 15 января 1568 года, а два дня спустя Шатильон, снабженный секретной охранной грамотой, явился в Венсенский замок рядом со столицей. Но все равно каким-то образом просочились слухи, что Екатерина ведет переговоры с гугенотами. Парижане, ощущавшие стесненность в средствах, ибо им пришлось оплачивать жалованье наемникам, и страдавшие от последствий блокады, были потрясены тем, что королева пускается на какие-то непонятные уловки, вместо того чтобы стереть врага с лица земли. Ведь и от горожан, и от Филиппа II Карл получил деньги на продолжение войны! Однажды вечером, прогуливаясь с Карлом по улице Сен-Дени, королева-мать подняла голову, собираясь что-то сказать сыну, и тут раздался сердитый голос из возбужденной толпы: «Сир! Не верьте ей! Она никогда не говорит правды!» Затем последовала драка, королевские гвардейцы избили крикунов. Екатерина, однако, под покровом ночи продолжала переговоры с Шатильоном и его помощниками. Но ее попытки ничем не увенчались, и война продолжалась.

Несмотря на очень холодную зиму 1567-1568 годов, гугеноты и германские рейтары неплохо продвигались вперед, достигнув Оксерра, а потом двинулись брать Бос. Видя впечатляющие успехи протестантов, герцог Анжуйский был вынужден отозвать войска в Ножан-сюр-Сен, и Париж снова остался беззащитным перед врагом. Карл, уже давно недовольный командованием своего брата и его некомпетентностью, объявил, что сам поведет королевскую армию к победе, но Екатерина не позволила сыну подвергать себя опасности. В конце февраля Конде удалось достичь Шартра и осадить город, но здесь его войска увязли из-за отсутствия денег и продовольствия. Во время войны обе стороны нещадно грабили деревни, разоряя земли и оставляя крестьян без куска хлеба. Теперь же у людей и вовсе не осталось средств к существованию. Конде послал королю срочный призыв начать переговоры, получил ответ, результатом чего стало подписание мира при Лонжюмо 22-23 марта 1568 года.

Как обычно, мирный договор немедленно стал непопулярен среди той и другой сторон. Король согласился заплатить германским рейтарам, чтобы вывести их прочь с французской земли, Амбуазский эдикт был восстановлен без изменений, гугеноты же обязывались вернуть те города, которые захватили за время короткой и хаотичной Второй религиозной войны. Опасность, которой пренебрег Конде, но которая беспокоила Колиньи, состояла в том, что Карл оставил армию в прежнем состоянии, поэтому протестанты могли быть атакованы в любое время. В течение нескольких месяцев, последовавших за подписанием этого договора, конфликты и стычки продолжались, так что некоторые находили этот период еще хуже короткой войны. Протестанты отказались освободить захваченные ими города; они убивали священников, жгли церкви, разрушали религиозные статуи и оскверняли реликвии. Католики немедленно начали убивать протестантов. Обе стороны проявляли подлинно варварскую жестокость — в одной из стычек разъяренными протестантами был захвачен священник, которого «иссекли ножом», после чего связали, а его раны стали поливать уксусом и посыпать солью. Умирал он восемь дней.