И все же, несмотря на упорство и фанатизм «партийных атеистов», сломить христианскую традицию в Германии за короткий период Третьего Рейха нацисты не смогли. Во время войны позиции церкви естественным образом усилились: даже люди, ранее не ходившие в церковь, стали систематически посещать проповеди и заупокойные службы; об этих фактах сообщала СД.

В войну позиции церкви укрепились не только в немецком обществе, но и в армии. Служба военных священников была создана еще курфюрстом Бранденбурга Фридрихом-Вильгельмом (1640–1688); именно по его указу солдаты, которые не были протестантами, могли пользоваться услугами священников других вероисповеданий. Удивительно само по себе, что в вермахте сохранили службу военных священников (Seelsorge), еще удивительнее, что с расширением вермахта расширяли, а не сокращали (как можно было предположить), и службу военных священников. В Африке и в Польше, на Восточном фронте и на Балканах — везде были «округа» (по военному так именовали приходы) военных священников.

В люфтваффе не было своих военных священников, поскольку этот род войск создавался в начале 30-х гг., но при желании летчики могли пользоваться услугами военных священников из вермахта или кригсмарине. Только в сухопутной армии (без люфтваффе и флота) было 2,9 млн. солдат — по традиционным нормам их должно было обслуживать 148 кадровых и 428 призванных на время войны священников евангелической веры и столько же католиков. Интересно отметить, что к военным священникам в вермахте относились вполне серьезно и с уважением. СД передавала следующий анекдот: некий партийный функционер, ортсгруппенляйтер, выступая в госпитале перед выздоравливающими солдатами, уничижительно высказался о церкви и военных священниках, а также об их роли в войне. Присутствовавший при этом капитан вермахта сказал, что на фронте он часто видел священников, некоторые из них гибли, как солдаты, но он ни разу даже не слышал, чтобы на фронте погибали ортсгруппенляйтеры или крайсляйтеры. Также СД передавала: в обществе было распространено мнение, что в вермахте думают о церкви и ее роли иначе, чем в партии. В этом нет ничего удивительного, ибо настроения массовой армии были калькой с настроений немецкого общества, в котором оставалось много верующих.

После Реформации Германия практически полностью стала протестантской страной. Знаток немецкой истории Гордон Грейг указывал, что к середине XVI в. 4/5 всего германского населения стали протестантами — кроме только епархий Кёльна и Вюрцбурга, а также Аугсбурга и остальной Баварии. Выстоять католической церкви в Германии помог Тридентский собор (1545–1563). После Вестфальского мира Майнц, Кёльн, Трир, Вюрцбург, Констанц, Бамберг, Мюнстер, Баден, Бавария и Австрия стали католическими. Иезуиты не только серьезно усовершенствовали программу католических учебных заведений и сделали их жизнеспособными центрами поддержки контрреформации, но миссионерской деятельностью в сельской местности, основанием госпиталей для больных и приютов для нищих, а также экспериментами в области начального образования для бедных продемонстрировали мощь действенного христианства.

Соответственно немецкие католики, почувствовав силу, стали часто и по разным поводам конфликтовать с протестантами. Конфессиональные отличия были усугублены и сильнейшим немецким партикуляризмом. Столкнувшись с перспективой прусского протестантского владычества в Германии без Австрии, один немецкий католик с грустью писал: «Господи Боже, этот мир отвратителен» (Lieber Georg, die Welt stinkt).

Немецкие католики, впрочем, теологически не были полностью зависимы от папского престола; в Германии — правда, не в такой степени, как во Франции, — имело место национальное своеобразие католицизма. Так, крайний консерватизм папы Пия IX (его понтификат длился с 1846 до 1878 гг.) способствовал усилению напряженности между Римом и немецкими католиками; именно немецкие католики наиболее рьяно выступали против догмата о непогрешимости папы (1870 г.). Одним из ярких выразителей подобных умонастроений был Иозеф Игнац фон Дёллингер (1799–1890), сочетавший в себе таланты ученого и проницательность политика. В 1848 г. он сформулировал идею церкви, которая не была бы ни инструментом государства (как это произошло в Австрии и происходило с лютеранами в Пруссии), ни орудием бюрократического аппарата. Дёллингер пришел к выводу, что крепнущий абсолютизм папы ведет к ультрамонтанству (направление в католицизме, отстаивающее идею неограниченной верховной власти римского папы, его право вмешиваться в светские дела любого государства) и угрожает независимости немецкой церкви. Получив приказ подчиниться декрету о непогрешимости папы, Дёллингер отказался пойти против собственной совести и подвергся отлучению, что взволновало немецкую католическую церковь и подвигло ряд представителей духовенства присоединиться к Дёллингеру в его духовном изгнании. Подобный раскол нанес бы немецкому католичеству еще более значительный урон, если бы не бисмарковский «культуркампф» (Kulturkampf) — серия мероприятий правительства (в начале 1870-х гг.) против католической церкви. Эффект мероприятий Бисмарка оказался противоположным: давление государства способствовало консолидации католиков). Бисмарк считал католическую церковь надгосударственной силой, особенно большое недоверие вызывал у него «политический католицизм» и партия Центра. Практической пользы политические ограничения на немецких католиков не имели, и к 80-х гг. остались в силе лишь законы «О гражданском браке» и «Об изгнании иезуитов». Но сама «подозрительность» протестантского государства по отношению к католикам сохранялась, и довольно долго.

Один из самых известных теоретиков немецкого экспансионизма Пауль Рорбах не раз указывал, что на католиков нельзя до конца полагаться: «к сожалению, половина немцев принадлежит к католической церкви, которая не может быть национальной, а только римской». На самом деле, со времен «культуркампфа» Бисмарка со стороны немецкого протестантского государства сохранялась определенная дистанция по отношению к католикам. Несмотря на то что в 1918 г. католическая церковь добилась независимости и освободилась от препон, которые ограждали ее деятельность в протестантском государстве, несмотря на то что католические профсоюзы и крестьяне католического юго-запада Германии выступили в поддержку республики, католический патронат Рейна и Силезии и влиятельные католические иерархи (например, мюнхенский кардинал Михаэль Фаульхабер) встали, как и большая часть протестантского патроната, в оппозицию к Веймарской республике.