14 марта 1937 г. вышла энциклика папы Пия XI (1857–1939) «С большой озабоченностью», в которой он осуждал «идолов расы, нации, государства», а также критиковал нацистский режим и его репрессивную политику. Гестапо, конфисковав все экземпляры энциклики, все же не могло запретить чтение папского послания с амвона. После этого период относительной терпимости по отношению к католической церкви закончился и положение ее ухудшилось. Церковные мероприятия, службы, праздники и процессии стали своеобразным протестом католической церкви против нацистского режима, против посягательств на конституционную независимость церкви; они носили подчеркнуто демонстративный характер и собирали десятки тысяч людей. Геббельс ответил католикам тем, что послал специального корреспондента в бельгийский монастырь, где монах на сексуальной почве убил ребенка — этот репортаж стал поводом для обвинения всех монахов в гомосексуализме, а монастырей — в поощрении содомского греха. В 1937–1938 гг. нацистское правосудие устроило несколько процессов против католических священников по обвинению в сексуальных извращениях (обвинения были, по преимуществу, сфабрикованы гестапо). Церковь и церковников объявили погрязшей в разврате. Нацистская пропаганда твердила о тысячах следственных дел против священников и монахов, а на самом деле в 1936–1937 гг. состоялось 250 процессов, носящих явно пропагандистский, идеологический характер. Однако эти происки нацистов ничего не дали — народ от церкви не отвернулся.

После Судетского кризиса и Мюнхенского договора (1938 г.) популярность нацистского режима возросла, и церковное руководство стало тщательно избегать любых конфликтов с режимом. Даже во время всегерманского еврейского погрома (8 ноября 1938 г.) католическая церковь молчала… Нацисты пользовались этой пассивной позицией церкви и насаждали новое — в духе «позитивного христианства» (идея, с которой носился министр по делам церкви Ганс Керрль) — толкование религиозных праздников: Пасха должна была стать не напоминанием об искупительной жертве и воскресении Христа, а «днем вечного обновления немецкого народа», Рождество — «днем рождения немецкого Спасителя, духа героизма и свободы немцев». В праздничные дни власти распорядились вывешивать на церквях флаги со свастикой. Во время церковных служб и литургий здания церквей часто окружали штурмовики. Они регистрировали присутствовавших, устраивали вокруг церквей парады с гимнастическими упражнениями, распевали нацистские песни — это должно было вернуть верующих в реальный мир…

Даже нападение на католическую Польшу не подвигло немецких католических иерархов открыто высказаться против режима, так как степень общественной аккламации агрессивных действий Гитлера была весьма высока, а тех священников, которые осмелились высказываться против войны, арестовывали. Вскоре после 1 сентября 1939 г. немецкими епископами был создан «Чрезвычайный союз католических священников», который высказал свое возмущение по поводу энциклики только что вступившего в полномочия нового папы Пия XII (1876–1939), где он выразил сочувствие и сострадание полякам, но не упомянул о «страданиях немецкого народа», которому «навязали» войну. Союз этот, однако, отражал точку зрения меньшинства немецких католиков. В 1917 г. новый римский папа (епископ Пачелли) был нунцием в Мюнхене; там он посредничал в переговорах между Антантой и Германией. В 1920–1929 гг. Пачелли был нунцием в Берлине, в 1930–1939 гг. — кардиналом-секретарем папского престола и очень много времени и внимания уделял Германии. После интронизации он продолжал лично заниматься немецкими делами. Пий XII был хорошо знаком с деятелями Сопротивления — адмиралом Канарисом и генералом Беком. Именно с его помощью немецкое Сопротивление пыталось установить контакты с заграницей (в частности, с Англией): через мюнхенского адвоката Иозефа Мюллера и священника Ляйбера, доверенного лица папы. Решение в пользу посредничества стало одним из удивительных событий в истории папства: этот шаг граничил с безрассудством. В случае разоблачения, нацисты получили бы повод фронтального наступления на католическую церковь в Германии.

Во время войны активизировал свою деятельность высший орган немецкой католической церкви — Фульдская конференция епископов: в меморандуме епископата от 22 июня 1941 г. было выдвинуто требование обеспечения свободы отправления культа, восстановления преподавания религии в школах, свободы издания церковной прессы и возвращения церкви монастырей с имуществом и землями.

23 апреля 1941 г. гауляйтер Бадена Вагнер распорядился удалить из школ изображения распятия, но поднялась буря протестов. Дело дошло до того, что даже матери-героини грозились сдать свои награды, а рабочие собирались устроить забастовку. СД передавала, что возмущение носило нешуточный характер. Под давлением общественности Вагнер в конце сентября 1941 г. отменил свое распоряжение.

20 марта 1942 г. католические епископы в пасторском послании обвинили нацистский режим в нарушении установленного конкордатом 1933 г. гражданского мира, в преследовании верующих, в установлении слежки за священниками, в запрещении в школах-интернатах НАПОЛА и АГШ преподавания закона божьего, в нарушении заповеди «не убий». 28 июля 1941 г. епископ граф Клеменс фон Гален возбудил в прокуратуре при Министерском земельном суде дело о групповом убийстве душевнобольных; 26 сентября 1941 г. он огласил свой протест с кафедры церкви Ольденбургского округа. Из-за огромной популярности в народе нацисты не тронули Галена.

В то же время папа Пий XII отказался публично осудить уничтожение евреев: он счел сведения об этом недостоверными. Скорее всего, сделал он это не из страха. Пий XII (понтифик в 1939–1958 гг.) вообще был одним из самых загадочных государственных мужей века: аскет, стремившийся сохранить дистанцию между собой и миром, строжайшим образом придерживающийся установленного церемониала. Он старался дистанцироваться от всякого политического доктринерства; никто не сомневался в его благочестии, но его упрекали в цинизме, черствости и оппортунизме. Английский посол в Ватикане сэр Френсис Д'Арси Осборн в 1947 г. записал: «Я давно понял, что верующие вне Ватикана не могли составить себе представление о папской политике. Савойскую династию, правящую в Италии с 1861 г., в Ватикане рассматривают как временное явление, как преходящий феномен. Там мыслят веками и планируют на вечность». Ориентируясь на «суетность» политических проблем, католические иерархи в ряде случаев старались держаться по отношению к властям максимально лояльно. Так, 13 ноября 1941 г. папский нунций объявил немецким епископам, что проводить заупокойные службы по евреям не следует ввиду того, что их в Германии стало мало (?!). По его мнению, с введением обязательного ношения звезды Давида отношение к евреям стало лучше: он видел, как нацист в метро потребовал от пожилой еврейки освободить ему место, при этом тут же двое немцев поднялись и предложили ей присесть.

СД передавала, что несмотря на формальную лояльность церкви, введение отдельного богослужения для евреев-католиков не предвидится. Характерным для отношения к режиму католиков стало пасторское послание от 1941 г., в котором католические священники отвергали выбор, предлагавшийся Розенбергом в «Мифе XX века» — между Христом и немецким народом. Священники писали, что им одинаково дороги и немецкий народ и Христос. Здесь проявилась двойственность отношения католиков к нацизму: в этом была поддержка режима и оппозиция к нему, патриотизм и протест против действия властей.