Оставалась личная дилемма: Потемкин даже не ожидал решения императрицы. 24 сентября 1787 года он передал главное командование фельдмаршалу Румянцеву и признал совершенно открыто свое поражение: «Моя карьера закончена. Я почти потерял разум». Императрица думала совсем иначе в этом случае. Она не утвердила ни панический отказ, ни передачу командования!

На самом деле все важные военно-политические действия Потемкина после отказа противоречили решению об отставке. В письме Румянцеву от 24 сентября 1787 года князь излагал свои заботы о нестабильном военно-политическом положении в Крыму. Теперь, когда Севастопольский флот оказался неспособным сражаться в течение нескольких месяцев, возрастала угроза для Крыма. Вопрос, мог ли полуостров дальше принадлежать России, приобрел горячую актуальность. Неудовлетворительно оснащенные и снабженные войска не смогли бы противостоять массированному натиску со стороны Турции. Тем не менее Потемкин не призывал, несмотря на внутреннее отчаяние, к отказу от Крыма. В подробной переписке, которая велась до октября 1787 года, он обсуждал со своими генералами варианты обороны полуострова.

Он сам считал, что в случае высадки турецко-татарских войск русские подразделения должны быть сконцентрированы вокруг крепостей Еникале и Перекоп, оттянуть собственных солдат от побережья вглубь страны и готовить там контрудар. Фельдмаршал Румянцев, комендант Феодосии барон Ферзен, а также другие генералы считали, что на захватчиков нужно нападать у берега. К счастью для России, война не потребовала доказательства верности этих взглядов: турки не атаковали побережья. Таврия оставалась у русских.

Только в ноябре 1787 года турецкое вторжение представляло угрозу. К этому времени Потемкин писал Суворову, который успешно отразил все атаки на Кинбурн: «По информации с турецкой границы, татарский хан имеет от султана приказ о вторжении на Таврийский полуостров после замерзания лимана. Ваше Превосходительство может представить себе трудность такого предприятия, все готово для начала военных действий».

Если Потемкин в действительности, в виду драмы под Варной, на какое-то мгновение решил частично или полностью покинуть Таврию, то речь шла о сиюминутной мысли, которая не могла быть принята окружающими его полководцами и которая наталкивалась на определенное неприятие императрицы. Едва ли целесообразно было начинать войну в провинции, где не существовало прямой угрозы. Гавань и военная база Севастополь были настоящим кладом для русской армии на Черном море! Екатерина предлагала со своей стороны, кроме того, отвлекающие атаки русских на Очаков или Бендеры.

Потемкин, который оставался согласно императорскому приказу в должности, тщательно взвешивал русские шансы на победу. Он пришел к заключению, что нападение на турок необходимо, хотя массированное наступление едва ли возможно. Он решился на компромисс и писал по этому поводу адмиралу Мордвинову: «Сущность нашего врага проявляется таким образом, что он будет смелым, если его оставить в покое. Его необходимо постоянно беспокоить и привести в состояние обороны. Придерживаясь этой тактики, Вы используете любую возможность, чтобы отдать приказ о действительной или ложной атаке». Потемкин делал ставку на оборонительную тактику, которая исключала сначала быстрые операции в открытом море и концентрировалась на захвате крепости Очаков — зная о том, что само существование русского флота будет оказывать усиленное давление турок на Очаков.

30 сентября и 1 октября 1787 года турки атаковали крепость Кинбурн. Кинбурн располагался на косе напротив турецкой крепости Очаков и играл для России важную роль, потому что контролировал устье Днепра и Буга. После того как турки усилили свою эскадру, Потемкин расположил Лиманскую флотилию перед крепостью и энергично отразил атаку противника. Тем не менее эти успешные действия не могли предотвратить высадку турок. Суворов, который находился как раз в церкви на богослужении, спокойно отстоял службу и, не торопясь, отправился организовывать оборону. Сначала он выждал, чтобы все десантные войска высадились на берег. Однако сооружение турками укреплений на полуострове было не в интересах Суворова. Две русские атаки были отражены, и только третья, осуществленная после подхода резервов, оказалась успешной. Девять часов продолжалась ожесточенная борьба, из которой Суворов вышел победителем. Победой под Кинбурном они добились важного военного успеха, который, хоть и не обезопасил крепость окончательно, но доставил радость и восхищение Петербургу и императрице. По настоятельному предложению Потемкина Александр Суворов получил орден Святого Андрея Первозванного.

Несмотря на этот частный успех, находящаяся напротив крепость Очаков представляла постоянную угрозу для Кинбурна. И Екатерина, и Потемкин придавали большое значение захвату этой сильной крепости. 6 сентября 1787 года Совет при Высочайшем дворе дал рекомендацию захватить Очаков. 1 ноября 1787 года Потемкин писал императрице: «Кому больше на сердце Очаков, как мне? Несказанные заботы от сей стороны на меня все обращаются. Не стало бы за доброй волей моей, если б я видел возможность». Он не считал подготовку подразделений достаточной ни для штурма, ни для осады крепости: «Если бы следовало мне только жертвовать собою, то будьте уверены, что я не замешкаюсь минуты; но сохранение людей столь драгоценных обязывает иттить верными шагами и не делать сумнительной попытки, где может случиться, что потеря в несколько тысяч пойдет не взявши, и расстроимся так, что, уменьша старых солдат, будем слабее на будущую кампанию».

При всем необходимом уважении к заслугам отдельных полководцев, особенно Суворова, подготовка нападения на Очаков принадлежит к плюсам деятельности Потемкина. Именно ему должна быть благодарна Россия за создание Днепровской флотилии. Она состояла из многочисленных небольших кораблей, которые располагали высокой и разнообразной огневой мощью. В случае с Очаковом снова проявилась способность Потемкина по созданию территориальных вооруженных сил, которые обладали, оснащенные в казачьих традициях, высокой подвижностью.

Нападение на Очаков представляло главную тему на совещаниях в различных штабах после победы под Кинбурном. Совет при Высочайшем дворе исходил из того, что Очаков должен быть захвачен в ходе летней кампании 1788 года. Объявление войны Турции Австрией в начале 1788 года ничего не изменяло, так как успехи австрийцев оставались скромными. Под Белградом они потерпели даже поражение, кроме того, деятельность Австрии беспокоила Пруссию, Польшу и Англию. Екатерина взяла с собой в путешествие на юг Иосифа II, но русско-австрийские отношения оставались и дальше сдержанными. Екатерина сформулировала просто: «Эти немецкие дела, где я не вижу ни чести, ни преимуществ, но нужно бороться за чужие интересы; теперь мы боремся по крайней мере за наши собственные, и кто мне здесь помогает, тот — мой товарищ». Иосиф II не горел желанием ввязываться в крупномасштабные военные действия. Потемкин тоже не переоценивал роль союзника, который предпочитал наблюдать за поведением Пруссии и не дразнить королевство Фридриха Великого. Однако до второго раздела Польши было еще далеко. Более существенным было обострение конфликта со Швецией.

Не только постоянное турецкое давление, но и политическая нестабильность на западных и северных границах в целом побудили Потемкина форсировать подготовку взятия Очакова. 19 мая 1788 года его Штаб закончил самую важную подготовку. Однако в Петербург Потемкин сообщал: «Войски мне вверенные большею частию хранить должны границы; наступательное же у меня на один пункт, то есть на Очаков, которое не может им служить диверсиею; и для чего я должен путем собраться и взять все меры, чтобы не плестись так, как они с Дубицею, местом почти без укрепления. По нечаянной войне мне было нужно зделать в 4 месяца то, что бы должно было в два года произвесть. Пущай другой мог бы возыметь кураж чинить совсем разбитый погодою флот, настроить гребных судов, могущих ходить в море, такое множество и сформировать совсем вновь шестнадцать батальонов пехоты, да десять тысяч совсем новой конницы…»