Когда в 1530 году Карл V покинул Болонью, Франческо направился в Павию, а затем в Милан, доведенный уже до ужасной нищеты. Город встречал его с великим воодушевлением. К февралю следующего года, пожертвовав своим последним имуществом, миланцам с большим трудом удалось собрать 400 000 дукатов, и испанцы покинули замок. Герцог прилагал все усилия, хотя их результат казался лишь каплей в сравнении с морем, чтобы облегчить положение своих несчастных подданных.

В 1533 году император Карл V посетил Милан с коротким визитом. Герцог переехал в монастырь Санта Мария делле Грацие, освободив замок для своего гостя. Принимали императора весьма просто, без особых торжеств, за что были, должно быть, благодарны обнищавшие жители Милана. Лишь в самом конце визита герцог устроил для Карла роскошную охоту на кабанов в Виджевано.

Теперь император решил найти жену для Франческо. В конце концов, он остановил выбор на своей племяннице, Кристине Датской. Ее кандидатуру предложил миланский посол, сопровождавший Карла в Нидерландах. Невеста была одиннадцатилетним ребенком, жених — седым и разбитым болезнью инвалидом тридцати восьми лет. При ходьбе он опирался на палку, временами у него отнимались конечности. Эрцгерцогиня Мария, с которой жила Кристина, была решительно против этого брака, но Карл проявил упорство. Впоследствии к Кристине сватался Генрих VIII Английский, для которого Гольбейн написал ее портрет, ныне хранящийся в Национальной галерее. Ей приписывают знаменитый ответ просившему ее руки Генриху: «Если бы у меня было две головы, я бы с радостью предоставила одну из них Вашему Величеству». Ее приданое в 100 000 дукатов было вычтено из той суммы, которую герцог был должен императору.

Граф Массимилиано Стампа был послан на север для заключения брака по доверенности. Милан оказался на высоте положения. Несмотря на тяжелые времена, горожане решили, что возлюбленная невеста герцога должна иметь достойный прием. Были изданы специальные распоряжения, предписывавшие городам, располагавшимся вдоль ее маршрута, произвести необходимый ремонт дорог (она ехала по самым худшим дорогам герцогства), изобразить гербы герцогини на воротах, через которые ей предстояло проследовать, и подготовить полог, который должны были нести над ней во время торжественной церемонии. Невеста и сопровождающие ее дамы совершили это долгое путешествие в запряженном лошадьми паланкине из черного бархата. Она провела несколько восхитительных дней в Кузаго, принадлежавшем теперь Массимилиано Стампа, где были устроены балы, охоты и представление пьесы «La Sposa Sagace» («Проницательная невеста») — далекий отголосок славных дней герцога Моро. Сюда же для неофициальной встречи с Кристиной приехал ее супруг, герцог Франческо.

Тридцать первого мая 1534 года Кристина, после обычной остановки у церкви Санта Эусторджио, торжественно въехала в Милан через ворота Порта Тичинезе. Эта церемония была достойна лучших дней ломбардской столицы. Надев белые одежды, вся городская знать приветствовала герцогиню. Первыми шли оружейники, а университетские доктора, пользуясь своей привилегией, несли полог над юной невестой, следовавшей верхом на белой лошади. Было сооружено несколько триумфальных арок и даны традиционные мифологические представления. У замка ее встречал немощный, но любезный и добродушный супруг. Население Милана, которое почти безропотно согласилось с введением дополнительных налогов, повлекшими за собой повышение цен на продукты, всю ночь провело в шумном веселье. Столь редкая привилегия была дарована им особым распоряжением герцога в честь прибытия его невесты.

Герцогиня заняла покои в Роккетте, прежде принадлежавшие Беатриче. Франческо обращался с нею со всей обходительностью, и, несмотря на разницу в возрасте и его немощное состояние, она искренне привязалась к герцогу. К несчастью, он недолго прожил после свадьбы. Осенью 1535 года Франческо тяжело заболел, у него вновь отнялись руки, и к концу года он умер в возрасте сорока лет. Подданные испытывали неподдельную скорбь по его кончине, ибо с ним исчезла последняя тень их независимости. Герцог пожелал быть упокоенным вместе со своими родителями в Санта Мария делле Грацие, однако горожане настояли на его величественных похоронах в кафедральном соборе Милана.