Решив усилить позиции своей церкви, Елизавета попыталась незаметно свести на нет секуляризацию русской жизни — дело своего отца. Петр лишил монастыри права управлять своими владениями, передав их в ведение учрежденного с этой целью монастырского приказа; затем эта задача была поручена особой Коллегии экономии. Управляя из центра, она регулировала счета и распоряжалась конфискованным добром, распределяя средства между наиболее нуждающимися обителями; когда же доходы монастыря оказывались высокими, избыток отчуждался в пользу богаделен. Елизавета прислушивалась к жалобам настоятелей, которые после петровских реформ чувствовали себя ограбленными. Она побуждала своих сановников и знать приносить монастырям и церквам богатые пожертвования. Таким образом можно было искупить кощунственные речи или предосудительные поступки, а то и сибирской ссылки избежать. Наконец, в 1744 году, Елизавета вывела приходы из ведения коллегии: церковь получила обратно все права распоряжаться своим имуществом — здесь вмешательство мирской власти отныне исключалось. От последствий такого решения пострадали богадельни: монахи отказывались принимать и обихаживать даже самых беспомощных страдальцев. В мирные времена это не составило особой проблемы, но во время Семилетней войны все обернулось иначе.

Впрочем, когда потребовалось, Елизавета сумела вновь пустить в ход приемы своего родителя. Когда разгорелся конфликт, она выпустила указ, поручив Синоду взять под контроль доходы духовенства; настоятели отныне были обязаны принимать под монастырский кров, кормить и лечить раненых и увечных. Начиная с 1760 года в Казанской, Воронежской, Белгородской и Нижегородской губерниях были организованы приюты.

Синод занялся также католическим, протестантским, языческим, мусульманским и буддистским населением. Свобода вероисповедания была ему гарантирована, но с условием: не допускать никакого прозелитизма. В елизаветинскую эпоху в Петербурге насчитывалось три лютеранских храма, один шведский, где служба велась на этом языке или по-фински, и одна католическая церковь. В Архангельске, Москве и Астрахани три христианских конфессии также имели собственные приходы, но только католикам и, разумеется, православным предоставлялось право звонить в колокола. У армян были свои церкви в Москве и в Астрахани; в январе 1740 года им было позволили построить еще одну в столице, но Елизавета этот указ отменила, да еще приказала закрыть московский храм. Синод уведомил армянскую общину, что она может проводить свои богослужения не иначе как в частных домах, за семью замками. Но в странах Прибалтики и в Финляндии правительство относилось к тамошнему лютеранскому большинству с показным уважением, стремясь завоевать доверие населения, недавно включенного в состав подданных империи.

Иммиграция протестантов поощрялась, особенно если приезжие соглашались селиться в регионах с неблагоприятными природными условиями или не вполне покорным короне населением. Так, некоторые французы перебрались в Россию после отмены Нантского эдикта в 1685 году. Многие из них хотели обосноваться в Бранденбурге, известном своим экуменизмом, но курфюрст, испуганный этим нашествием кальвинистов, посоветовал им обратиться к регентше Софье. Они быстро интегрировались в русское общество и вскоре заняли важные административные посты. В начале 1750-х годов Лафон, потомок одного из этих французов, надоумил Бестужева пригласить гугенотов, живущих в окрестностях Нима и Каркассона, приехать и поработать в русской горной промышленности, ибо они владеют лучшими способами добычи и экстракции серебра. Канцлер предпочел разместить этих иммигрантов по берегам Волги в ее нижнем течении, где бесчинствовали разбойничьи шайки. Получив на сей счет благоприятное донесение, Елизавета распорядилась создать комиссию для определения земель, где смогут обосноваться их фермы. Лафону было поручено набрать желающих: чтобы побудить этих южан к подобному переселению на восток, им гарантировали свободу вероисповедания и на некоторое, правда, ограниченное, время избавление от налогов. Однако Семилетняя война положила конец заманчивым прожектам: переправить значительное число мужчин и женщин через всю Европу, терзаемую сражениями, было немыслимо.

Новая волна переселенцев-гугенотов готовилась хлынуть из Пруссии в 1758 году; их поместья и дома были разграблены австрийскими войсками, они хотели податься в Россию на поиски счастья. Инициатором этой затеи стал некто Ларнвьер, которому было поручено закупить лошадей для имперской армии. Его доводы не одному переселенцу вскружили голову: свобода вероисповедания, плодородные земли, покровительство ремесленникам со стороны гильдий, наконец, заманчивая, хоть и временная отмена налогообложения. Им сулили поддержку и содействие, как только закончится война. Репутация России оставалась незапятнанной, эта страна представлялась неким Эльдорадо, где можно и разбогатеть, и избавиться от каких-либо религиозных притеснений. Реальность была куда менее чарующей, особенно в том, что касалось вопросов веры. Из-за воины этим гугенотам пришлось ждать десять лет, прежде чем двинуться осваивать волжские берега. Тем не менее правительство Елизаветы снова, уже не впервые, пробило брешь, через которую в страну проникли новые силы и веяния, что принесет свои плоды, но позже, в годы правления Екатерины II.

Острая неприязнь Елизаветы к евреям (с которыми она никогда непосредственно не сталкивалась) остается не вполне объяснимой — возможно, так проявилось свойственное ей примитивное понимание Священного Писания. Утверждая, что не желает принимать ничего от врагов Христа, она выпускала законы, запрещающие им въезд и пребывание в пределах России. Тысячам иудеев пришлось спешно покинуть русскую империю, к большому огорчению некоторых сенаторов, которые опасались, что это приведет к немалому хозяйственному ущербу. Личный врач императрицы Антонио Нуньес Риберо Санчес был одним из таких изгнанников; поскольку она не сочла нужным снабдить его рекомендательным письмом, ему стоило большого труда найти себе достаточно престижное место. Однако присутствие евреев на российской территории допускалось при условии, что они примут христианство. Некоторые подобные семейства — Шафировы, Веселовские, Евреиновы — даже преуспели, их членам удалось подняться на вершину административной иерархии. Особенно яркий пример являет карьера Симона Тодорского. Этот украинец иудейского происхождения прошел в Галле курс богословия и востоковедения, затем в 1740 году вернулся в Россию. При Елизавете он стал псковским епископом, членом Святейшего Синода и духовным наставником их императорских высочеств Петра и Екатерины. В Германии он подготовил и издал Евангелие на русском языке, которое вкупе с другим изданием, некогда порученным Петром Великим тверскому епископу Лопатинскому, стало основой так называемой «Елизаветинской Библии».

Россия времен Елизаветы не избежала западных влияний. Сочинения, посвященные вопросам христианской морали, читались как в монастырях, так и при дворе. По указанию императрицы «l'Ehrenspiegel fur diejugend» («Юности честное зерцало») — нравоучительное сочинение, когда-то выпущенное в свет по воле Петра, — в течение 1740-х годов было переиздано четыре раза. Сергей Волчков в 1745 году перевел руководство аббата Бельгарда «Совершенное воспитание детей, содержащее правила о благопристойном поведении молодых людей знатного рода и шляхетского достоинства», также появился русский перевод книги «О воспитании, максимы и суждения господина Мукаде», приписываемой некоему Тротти Шетарди, родственнику известного дипломата. Елизавета поощряла переводы произведений этого рода, издавались они не всегда, зато в просвещенных кругах русского общества их в рукописном виде передавали из рук в руки. Жизнеописания Петра Великого приобрели в ту нору поразительно благочестивый и назидательный характер. Императрица распорядилась, чтобы обер-секретарь Синода Степан Писарев перевел одну из первых биографий ее царственного родителя, выпущенную в Италии. Копни сего манускрипта появились в России, не дожидаясь публикации, которая состоялась лишь в 1772 году. Они распространялись под названиями, свидетельствующими о намерении Елизаветы окружить своего отца ореолом святости; чаще всего шли в ход такие варианты, как «Зачатие и рождение Петра Великого» и «О рождении Петра Великого», призванные напомнить о явлении Мессии. От Святейшего Синода императрица потребовала самой драконовской цензуры: ничто не должно было ставить под сомнение «истинную веру». «Четыре книги об истинном христианстве» Иоганна Арндта были переведены с немецкого учившимся в Галле Тодорским (будущим епископом Симоном) и пользовались немалым успехом при Анне Иоанновне; правда, позже, в 1743 году, они были запрещены, но при всем том еще долго ходили по рукам в светских салонах и монастырях. Недозволенное чтение стало более доступным во время оккупации Восточной Пруссии, где молодые люди вроде Андрея Болотова нахватали богословских и философских сочинений, которые печатались в Германии.