После эвакуации основной части беженцев из «Миль колин» командование МООНПР решило провести операцию по спасению людей, укрывшихся в расположенной неподалеку церкви Св. Семейства. Однако 31 мая обменная акция не состоялась из-за возобновления ожесточенных боев в столице[919]. 2 июня было достигнуто соглашение об обмене и эвакуации тысячи беженцев из этой церкви[920]. Утром 3 июня состоялся первый этап обмена 165 тутси на 174 хуту со стадиона «Амахоро»[921], но в полдень процесс был остановлен из-за обстрела колонны с беженцами на перекрестке Каддафи[922]. МООНПР пришлось отложить реализацию своего плана по эвакуации около 2 тыс. хуту со стадиона и 1,8 тыс. хуту из Больницы короля Фейсала в правительственную зону и 1026 беженцев из церкви Св. Семейства в зону РПФ[923].

Неудача последнего контрнаступления ВСР и наступление РПА на Гитараму вызвали ярость находившихся в Кигали интерахамве и военных, что еще более осложнило гуманитарные акции МООНПР в столице. В ночь с 6 на 7 июня в Ньямирамбо милиция убила 72 человека, в том числе девять католических священнослужителей; накануне резни один из них послал письмо МООНПР с просьбой о помощи, но оттуда позже пришел ответ, что у ооновцев не было возможности что-либо сделать. 7 июня солдаты ВСР не позволили патрулям миротворцев добраться до церкви Св. Семейства и сиротского приюта Св. Андрея, где находилось 300 детей[924]. 8 июня интерахамве открыли огонь по школе в приходе Св. Андрея: «Милиционеры окружили школу и начали стрелять по окнам и стенам. Многие были ранены и, возможно, убиты, как взрослые, так и дети… Солдаты, находившиеся позади милиции, не предпринимали никаких усилий, чтобы остановить ее… Ооновские наблюдатели в машинах за пределами школы, либо без оружия, либо вооруженные лишь пистолетами, также не смогли ничего сделать»[925]; при этом был ранен французский журналист Жан-Кристоф Клотц[926]. Поэтому эвакуация сирот стала для МООНПР неотложной задачей.

10 июня Даллэр договорился с Огюстэном Бизимунгу о возобновлении обменов с 12 июня[927]. 10 же июня в своем отчете он сообщил в Нью-Йорк: «Патруль посетил Св. Павла и приют Св. Михаила. Ситуация, кажется, хорошая»[928]. Однако в тот же день солдаты увели из церкви Св. Павла 80 женщин и детей тутси[929], а ночью интерахамве устроили массовую резню в приходе Св. Андрея[930], где они убили сразу 13 мальчиков и забрали с собой 180 человек, преимущественно тутси[931]. Немецкий и французский священники Отто Майер и Анри Бланшар рассказали, что какой-то милиционер пришел со своими людьми к церкви и заявил, что хочет эвакуировать людей, находящихся внутри. Бланшар отказался открыть дверь, тогда тот бросил внутрь гранату со слезоточивым газом, заставив всех выйти. Отец Майер побежал в близлежащую штаб-квартиру руандийской армии, но его мольбы о помощи были напрасны. Людей увезли на грузовиках. Священники, поднявшись вверх по улице, увидели, как милиционеры сбрасывают тела с одной из машин[932]. Несколько дней спустя произошло убийство группы молодых тутси в церкви Св. Семейства[933].

13 июня МООНПР смогла осуществить новый обмен благодаря очередному прекращению огня в столице: 250 хуту из Больницы короля Фейсала были доставлены в Рунду (селение к западу от Кигали), а 300 тутси из церкви Св. Семейства – в Кабугу[934]. Но 14 июня интерахамве, разъяренные известиями о падении Гитарамы, не позволили продолжить операции по эвакуации[935], а после полудня ворвались в церковь Св. Павла и увели оттуда 40 подростков от 13 до 18 лет[936]. На следующий день их активность возросла; они установили блокпост на дороге к церкви Св. Павла, чтобы помешать эвакуации беженцев, и не пропустили в церковь наблюдателей ООН[937]. Вечером толпа интерахамве собралась также у отеля «Миль колин»[938].

16 июня до командования МООНПР дошли слухи о планах милиции напасть на отель, а также о намерении атаковать миротворцев в том случае, если они попытаются продолжить эвакуацию тутси из церквей Св. Павла и Св. Семейства. Только после долгих переговоров было получено разрешение интерахамве на доступ наблюдателей ООН в церковь Св. Павла[939]. Однако в три часа ночи с 16 на 17 июня РПА провела смелый рейд из северного квартала Гисози в церквях Св. Семейства и Св. Павла, где в совокупности находилось ок. 3 тыс. беженцев, и спасла оттуда приблизительно 600 тутси[940]. При этом повстанцы использовали тяжелую артиллерию и минометы, чтобы подавить сопротивление правительственных войск и милиции. По сведениям ООН, во время рейда 40 гражданских лиц погибли и еще больше были ранены (в госпиталь МКК поступило более 200 раненых, в основном беженцев, получивших ранения от минометной шрапнели РПА)[941].