В середине сентября бомбардировщики британских ВВС вновь бомбили Франкфурт. Предприятие «Degussa», на котором производилась очистка урана, было уничтожено огнем. Сохранившееся оборудование отправили в город Рейнсберг, близ Берлина. Спустя еще некоторое время оставшееся урановое сырье было также переправлено из Франкфурта в Рейнсберг и Грюнау, где с декабря прошлого года работал еще один завод по производству урана. Однако, прежде чем на предприятии в Рейнсберге смогли возобновить выпуск продукции, его снова пришлось эвакуировать в связи с началом наступления советской армии на Восточном фронте. Оборудование погрузили на грузовики и отправили в поселок Штадтилм в Тюрингии, куда оно так и не прибыло.

В конце лета 1944 года доктор Курт Дибнер, соперничавший в работах над проектом с профессором Гейзенбергом, также был вынужден эвакуировать своих ученых из Готтова в Штадтилм в Тюрингии. Его группа разместилась в помещении школы, где имелся подвал, который должен был надежно защитить ученых от бомб союзников. В середине подвального помещения был вырыт котлован для реактора, работавшего на тяжелой воде и графите. В качестве ядерного топлива применялись брикеты оксида урана, примерно десять тонн которого было изготовлено компанией «Degussa» согласно предоставленному ей в мае прошлого года контракту. Лаборатории доктора Дибнера размещались в помещениях на первом этаже.

В ноябре 1944 года пришлось остановить работы и на опытном предприятии по выделению урана-235, размещенном на «мебельной фабрике Фоллмера» в Кандерне. Такую возможность предвидели заранее, с самого начала работ. Поэтому еще в начале сентября там были заблаговременно приняты меры по подготовке эвакуации дорогостоящего оборудования. Гартек и Бейерль с самого начала понимали «необходимость учитывать возможность того, что район Фрайбург-Кандерн может оказаться в опасной близости от фронта». Несмотря на это, было решено еще на какое-то время оставить во Фрайбурге ультрацентрифугу «Марк-III-A» и продолжить строительные работы в Кандерне на тот случай, если обстановка на фронте изменится к лучшему. И все же 24 ноября Гартек согласился отправить во Фрайбург механика, которому поручили собрать все необходимое для строительства новой лаборатории, на этот раз около Ганновера. Только была завершена эвакуация из Фрайбурга, как в ночь на 27 ноября практически весь город был уничтожен вражеской авиацией. Предприятию компании «Hellige», где хранились запасы сырья, предназначенного для серийного производства нового прототипа ультрацентрифуги «Марк-III-B», был нанесен серьезный ущерб.

Гартек и Грот перенесли лабораторию и соответственно ультрацентрифугу в здание завода по производству парашютного шелка в Целле. Гартек предусмотрительно распорядился никогда не сосредоточивать в одном здании несколько образцов ультрацентрифуги одновременно. Для того чтобы избежать потерь в результате последующих авиационных налетов, несколько прототипов планировалось хранить в бомбоубежище в Гамбурге. Осуществлявшие совместное руководство работами над этим проектом Гартек, Грот, Бейерль и Зюр, собравшись в конце года в Гамбурге, приняли решение, что «предприятие в Целле должно начать работу на «Марк-III-A» так скоро, как только позволят человеческие возможности». 13 декабря ученым позвонил доктор Дибнер. Сославшись на профессора Герлаха, он сообщил, что тот будет ходатайствовать о присвоении проекту ультрацентрифуги новой, высшей степени приоритета Z-1.

В середине декабря Гейзенберг, фон Лауэ и некоторые другие сотрудники лабораторий в Хехингене, Хайгерлохе и Тайлфингене были призваны в фольксштурм, подразделения народной милиции, последний оплот Третьего рейха. 16 декабря профессор Герлах обратился с письмом к Мартину Борману, где опротестовал это решение. Разве не сам Борман подписал приказ, в котором говорилось, что немецкие ученые не подлежали призыву для выполнения подобных «особых задач»? Конечно, писал он, его сотрудники сами «добровольно» стали членами фольксштурма, однако в данном случае их намеревались отправить на фронт, что противоречило приказу, запрещавшему забирать ученых для выполнения задач вдали от их дома и места работы:

«Персонал лабораторий сведен к минимуму, а последняя мобилизация автоматически приведет к прекращению работ над программой. Выполняемые ими исследования относятся к числу наиболее важных, от них зависит судьба проекта. Я считаю, что они должны при любых обстоятельствах беспрепятственно продолжать выполнять свои обязанности. Вы, несомненно, понимаете, что речь идет о работах, имеющих решающее значение для достижения победы в войне. Вам также должно быть известно о том, какие энергичные усилия предпринимаются в этой области в Америке. Однако я уверен, что в настоящее время, несмотря на то что по сравнению с США мы привлекаем к данным исследованиям гораздо меньше средств и людских ресурсов, мы все еще значительно опережаем американцев в этой области».

Герлах просил Мартина Бормана, чтобы тот предупредил местное партийное руководство и особенно гаулейтера Штутгарта Мурра проследить за тем, чтобы на подразделение, в котором состояли ученые, не возлагалось выполнение «специальных задач». Борман не ответил на это письмо, однако он, несомненно, передал Мурру просьбу Герлаха.

В конце ноября 1944 года Страсбург был захвачен союзниками столь стремительно, что его гаулейтер едва успел предупредить нескольких видных немецких жителей о необходимости срочно эвакуироваться. Полковник Паш с передовой партией миссии «Alsos» находился в рядах наступавших и вместе с ними 25 ноября вступил в город. Гаудсмит остался в Париже для встречи с доктором В. Бушем. В своем первом сообщении из захваченного города Паш сообщал, что его группе не удалось захватить никого из входящих в список миссии ученых. Не успел Гаудсмит передать это неприятное известие Бушу, как пришла вторая депеша от Паша: часть здания городской больницы занимала физическая лаборатория. Захватившие ее солдаты сначала приняли ее персонал за медиков, однако вскоре выяснилось, что на самом деле это были физики. Гаудсмит и Варденбург немедленно отправились в Страсбург. В то время в Европе стояла необычно холодная погода, и ученые, которым выделили для поездки открытый командирский джип, вынуждены были надеть под армейское обмундирование свои пижамы. Их поездка началась 2 декабря, а в Страсбург они прибыли только через два дня. В то же время не могло быть и речи о том, чтобы отправиться туда на самолете, так как в районе города все еще шли ожесточенные бои.

Теперь Гаудсмит встретился со своими коллегами, работавшими на врага. В письме жене он охарактеризовал эту часть своей работы как «очень мрачную». 10 декабря он снова написал домой: «Неприятной частью моего задания является то, что мне впервые пришлось предстать лицом к лицу с несколькими людьми похожими на меня, но представляющими противоположную сторону. Слава богу, что я не был прежде знаком ни с кем из этих людей. Кроме того, мне удалось сохранить свое инкогнито до самого конца, когда я распорядился им садиться в грузовик, который должен был доставить их в лагерь».

Самой крупной фигурой среди захваченных ученых был сам профессор Флейшман, который, как мы уже знаем из более ранних страниц этого повествования, работал над технологией выделения изотопа урана-235 методом газовой и тепловой диффузии. Профессору фон Вайцзеккеру и специалисту в области вирусологии профессору Хаагену удалось вовремя покинуть город. Миссия «Alsos» реквизировала дом Хаагена, которого Гаудсмит в своих письмах вежливо называл «своим коллегой в стане противника». Через несколько дней он писал: «Им пришлось уехать в спешке. Я ночевал в детской комнате, где жил их маленький сын. На месте остались все его игрушки: железная дорога, кинопроектор, старый микроскоп отца, аквариум с улитками, книжки и множество атрибутов гитлерюгенда, например нашивки, флаг и т. д. И все же это был всего лишь ребенок одиннадцати или двенадцати лет. Я думал, скучает ли он сейчас по своим игрушкам… Я недостаточно тверд для того, чтобы играть эту роль, особенно я сознавал это, когда отправлял ту небольшую группу людей в тюрьму. Тогда я чувствовал себя ужасно. Но они все еще ничему не научились, они до сих пор так самодовольны».