У любого, кто оказывается там, создаётся впечатление, что на фресках Рафаэля потолки, стены и обволакивающий их воздух — всё насыщено величием духа человека, а это достигается благодаря безупречному чувству ритма и пропорций, которое у него было сильно развито. Начало римского периода ознаменовалось появлением поистине впечатляющих своими размерами и многофигурной яркой композицией фресок в Ватиканском дворце.

Пока Рафаэль работал над росписями, политическая обстановка обострилась. При содействии французов свергнутые Бентиволья вновь оказались в Болонье. Папа надеялся заручиться поддержкой Мантуи и Феррары. Но прибывший в Рим на переговоры вместе с племянником Федерико Гонзага взбалмошный феррарский герцог Альфонсо д’Эсте, зять покойного папы Борджиа, поссорился с Юлием и отказался платить ежегодную подать и поставлять соль из своих солёных озер в Комаккьо и квасцы, что могло подорвать монополию Ватикана на эти товары и поставить в трудное положение кожевенные заводы и прядильно-ткацкие мануфактуры, обеспечивающие немалые поступления в казну. Разгневанный папа взял в заложники двенадцатилетнего племянника Федерико, чтобы заставить Мантую и Феррару подчиниться диктату и порвать все связи с Францией. Оказавшись, таким образом, в Риме, юный Федерико, как покажут дальнейшие события, не очень опечалился разлукой с отчим домом.

После суровой зимы римляне радовались весеннему солнцу, и традиционный карнавал удался на славу, когда от площади Кампо де Фьори до строящегося собора Святого Петра при огромном стечении народа проходили гонки быков, ослов и берберских рысаков. В тех же гонках вынуждены были участвовать евреи из местного гетто, погоняемые как скот надсмотрщиками с хлыстами. Считалось, что тем самым бедолаги с пейсами и кипами на голове, облаченные в длиннополые чёрные сюртуки, платили ежегодную дань христианству за свои былые прегрешения. Этот позорный обычай, против которого выступали многие гуманисты и здравомыслящие люди, был заведён пресловутым Цезарем Борджиа и, как ни странно, поддержан его отцом-марраном, о чьём истинном происхождении сыну, появившемуся на свет в Риме, возможно, ничего не было известно.

В дни карнавала в Риме объявились молодожёны из Урбино, Франческо Мария делла Ровере с юной Элеонорой Гонзага. С ними прибыл и друг Кастильоне, который в письме матери подробно описал празднества, продолжавшиеся до апреля. Рафаэлю пришлось оставить все дела ради приёмов, банкетов и спектаклей. Он видел, что папа окончательно простил своего племянника и оказывал особое внимание его очаровательной супруге, подарив ей роскошное ожерелье, усыпанное алмазами. Рафаэль помнил её девочкой, когда она ему позировала в Мантуе, но теперь её было не узнать. Ему так и не удалось повстречать «префектессу» Джованну Фельтрия, которая избегала официальных приёмов из-за натянутых отношений с Юлием II и его двором. Поговаривали, что она была тяжело больна. Разговоры эти вскоре подтвердились: Джованна Фельтрия скончалась.

Справедливости ради следует признать, что зритель, оказывающийся в Станце делла Сеньятура, менее всего интересуется идеологической подоплёкой «Диспута» и скорее обратит внимание на противоположную стену с фреской «Афинская школа», которая поражает богатством колорита и полна движения запечатлённых на ней персонажей. Если в «Диспуте» монументальная торжественность и покой, то здесь шумная разноголосица, напоминающая расшалившихся школяров на переменке.

В отличие от «Диспута» фреска «Афинская школа» — это подлинный триумф философии, где свободно сосуществуют самые различные точки зрения и философские школы. Есть предположение, что прежде чем приступить к написанию фрески, Рафаэль поинтересовался мнением Ариосто, которого лично не знал, но высоко ценил как поэта, чтобы выяснить, кого из мыслителей следует отобразить. Ещё будучи во Флоренции, он немало был наслышан о Платоновской академии и запомнил девиз одного из её учредителей Лоренцо Великолепного: Absque Platonica disciplina nec bonum civem nec christianae doctrinae peritum facile quenquam futurum — «Без изучения философии Платона не станешь ни хорошим гражданином, ни просвещённым христианином».

Над огромной фреской на своде люнета с аллегорической фигурой Философии помещены слова из «Топики» Цицерона: causarum cognitio — «познание причин». Согласно Теологии, истина не просто познаётся, а нисходит свыше, как утверждает один из героев фрески, подняв руку к небу.

Рафаэль как-то услышал от друзей-эрудитов, что философ Пьетро Помпонацци, ревностный приверженец аристотелизма, недавно на лекции в Болонском университете высказал мысль, вызвавшую возмущение местного епископата. Обращаясь к студентам, профессор заявил: «В философии всякому, кто стремится к постижению истины, подобает быть еретиком». Позднее его труд De immortalitate animae был осуждён Церковью и сожжён на площади Святого Петра. Но крамольное заявление философа поразило Рафаэля смелостью и стало для него ключевым при написании «Афинской школы».

Не исключено, что призыв к «ереси» был услышан тогда августинским монахом Мартином Лютером, ровесником Рафаэля, объявившимся в 1510 году в Риме, куда он пришёл из Германии пешком, как и положено правоверному паломнику. На первых порах Лютер пользовался полным доверием предводителя августинского ордена Эджидио да Витербо, пока не порвал отношения со своим наставником и не предал его.

Духом свободы взглядов пронизана огромная фреска «Афинская школа». Вероятно, приставленные советники подпали под обаяние личности Рафаэля и предоставили ему полную самостоятельность при трактовании философской темы, поражённые его мастерством живописца. Кроме того, последний визит Юлия II в Станцу делла Сеньятура окончательно их убедил, что папа более чем удовлетворён ходом работ и полностью доверял художнику.

Всё пространство фрески композиционно ограничено передним планом со ступенями и широкой площадкой перед античным капищем, но вопреки названию не в афинском, а в древнеримском стиле. Величаво вздымающиеся друг над другом мощные арки создают ощущение движения. Но в отличие от предыдущей фрески они, наоборот, нарастают из глубины к зрителю. Не это ли имел в виду философ и богослов П. А. Флоренский, говоря об «обратной перспективе» в русской иконографии?

Величественная архитектура, изображённая на фреске, воспроизводит интерьер строящегося собора Святого Петра по проекту Браманте. Мощные пилоны и распахнутые над ними кессонированные своды, парусные системы — всё отмечено характерными чертами архитектуры Высокого Возрождения с её монументальностью, строгостью, лаконизмом форм и знанием Античности, которую Рафаэль педантично изучал. В боковых нишах установлены статуи Аполлона с лирой и Минервы с изображением горгоны Медузы на щите. Вся верхняя площадка над лестницей занята беседующими или что-то доказывающими друг другу учёными всех возрастов.

В центре из последней арки на фоне неба с грядой облаков, гонимых ветром в сторону зрителя, появляются два признанных столпа философии — Платон и Аристотель, которые продолжают начатый между собой разговор. Но ведут они себя по-разному: первый обратил перст вверх к Создателю всего сущего, а второй, не соглашаясь с ним, жестом указывает на прародительницу Землю; один бос — другой обут. Таким образом, всей картине задан тон этими признанными властителями дум, отстаивающими различные точки зрения. Приветствуемые учениками, оба направляются к ступеням лестницы, чтобы приступить к дискуссии, а к ней готовы и стар и млад, в том числе и вовлекаемые в неё стоящие перед фреской зрители, пытающиеся поближе разглядеть и узнать великих мыслителей Античности.