Для координации исследовательской и атеистической работы в Институте научного атеизма был создан ученый совет, подотчетный ЦК КПСС и в силу этого получавший и распространявший партийные идеологические директивы629. Призыв объединить науку и политику, идеологию и реальность, теорию и практику привел к созданию «опорных пунктов» института – региональных центров социологических исследований и подготовки кадров. Их первостепенной задачей было изучение религиозности населения и подготовка рекомендаций по улучшению атеистической работы на местах. Каждым опорным пунктом руководил совет, получавший директивы как от ИНА, так и от местных партийных органов и докладывавший «наверх» о результатах своей работы. В свою очередь, институт распространял информацию о результатах деятельности региональных отделений путем проведения конференций и публикации результатов исследований в отчетах для внутреннего пользования, бюллетенях и журнальных статьях, доступ к которым был открыт, как правило, лишь для атеистических кадров. За два года ИНА открыл сорок региональных отделений по всему Советскому Союзу; большинство из них было создано в крупных городах или в регионах с высокой концентрацией религиозных сообществ (например, в Западной Украине)630.

ИНА не только выполнял функции всесоюзного центра изучения проблем атеизма, но и осуществлял лучшую в стране программу подготовки научных кадров в аспирантуре по проблемам религии и атеизма. Для обучения нового поколения атеистических кадров институт собрал в своих стенах философов, историков и этнографов, а также партийных работников и государственных чиновников. Большинство аспирантов, готовившихся работать в атеистическом аппарате, первоначально очень мало знали о религии, хотя, конечно, многие из них были крещены и в детстве или юности познакомились с религиозностью в той или иной форме – через верующего члена семьи, одноклассника или благодаря близости к местному религиозному сообществу. Более того, подавляющая их часть до этого практически не интересовалась религией и не питала энтузиазма по отношению к атеистической работе, хотя, конечно, были и исключения – например, Юрий Зуев, который вспоминал, как мчался мимо охранников по зданию АОН, чтобы подать заявление в аспирантуру Института научного атеизма, о которой он только что прочитал в газете631. Но в большинстве своем представители последнего советского поколения профессиональных пропагандистов атеизма приходили в эту сферу случайно632. У некоторых из них интерес к религии пробудился благодаря неожиданной встрече с верующим633. Для других атеистическая работа была ступенькой к карьерному росту или ученой степени. Для третьих это просто была возможность перебраться из провинции в столицу. В то же время, даже если их личные знания о религии и атеизме были довольно ограниченны и интерес к обоим вопросам чаще всего пассивный, многие из нового поколения атеистических кадров были убеждены в переходящем характере религии, в неизбежности ее «преодоления» и в правильности курса на замещение религии научным мировоззрением путем атеистического воспитания.

Аспиранты института приезжали из различных регионов страны, обычно по направлению местных комсомольских или партийных органов. Над их научной работой надзирали «кураторы» по вопросам религии из ЦК КПСС (такие, как Эмиль Лисавцев), побуждавшие изучать именно те темы, которые особенно интересовали партийные органы, например тенденции в соблюдении религиозных обрядов или процесс секуляризации в условиях советского общества634. Собирая материал для своих диссертаций, аспиранты часто согласовывали свои исследования с местными отделениями института635. Теоретическую подготовку, полученную в Москве, они подкрепляли знанием ситуации на местах, а затем, вооруженные теоретическими знаниями, возвращались в провинцию, чтобы проводить полевые исследования и заниматься подготовкой местных кадров. Цель заключалась в том, чтобы создать систему взаимовыгодных отношений; идеологическому истеблишменту были нужны данные о религиозном ландшафте, а местным кадрам была необходима методическая подготовка, политическое руководство и доступ к данным, хранящимся в центре.