Одна из первых проблем, вставших перед Институтом научного атеизма, состояла в том, что просветительская работа не отвечала вызовам религиозной модернизации. Для решения этой проблемы Францев предложил сделать важнейшим направлением атеистической работы социологический анализ современной религиозности: пропагандисты атеизма должны были беседовать с верующими, чтобы узнать, как обстоятельства жизни повлияли на их мировоззрение. Цитируя работу Ленина «Материализм и эмпириокритицизм», основополагающий текст, где была сформулирована марксистско-ленинская философская методология подхода к религии, Францев указывал, что религия является результатом проблем социалистического общества. «Ленин говорит там, что он поставил своей задачей узнать, на чем споткнулись люди, – разъяснял он. – Вот и надо узнать, на чем споткнулся человек, идущий по советской жизненной дороге, какие камни надо убрать с его пути, какие ямы надо зарыть, как помочь ему так, чтобы он не спотыкался». Исследования, проводившиеся институтом, должны были прояснить, почему верующий обратился к религии и что можно сделать, чтобы изменить ситуацию. Францев напомнил атеистическим кадрам, что если пропагандисты прежних лет фокусировали внимание на разоблачении реакционной политической роли религии, сегодня изучение религии «должно идти гораздо глубже, затрагивать все стороны и все этапы общественного сознания, где может гнездиться религия»636.

Как пример тех взглядов, на которые теоретики атеизма должны дать адекватный ответ, Францев привел труды западногерманского католического богослова, доказывавшего, что наука предоставляет человеку лишь фрагменты реальности, а не целостную картину мира. Это и заставляет человечество стремиться к целостности, но если верующие могут «преодолеть разорванность современного знания, современной науки», то положение атеиста намного сложнее.

Францев признавал, что у большинства обычных людей нет такой «уверенности», и чтобы выработать ее, пропагандистам атеизма придется выйти за рамки отрицания чертей и чудес и осмыслить религиозный опыт.

Институт подводил итоги атеистической работы, выделял недостатки практической постановки дела и определял проблематику будущих исследований. Окулов отметил, что с конца 1950‐х гг. была проделана существенная работа по изучению религиозности населения. Институты АН СССР организовывали экспедиции по всей стране; аспиранты недавно созданных кафедр научного атеизма Московского и Киевского университетов также вели полевые исследования и собирали материалы для работы638. Уже в середине 1960‐х гг. результаты этих исследований были опубликованы в монографиях и специализированных журналах, таких как «Вопросы философии» и «Советская этнография». «Все это говорит об оживлении, о повороте нашего внимания к конкретному изучению состояния религиозности и нашей атеистической работы», – отметил Окулов. Но, несмотря на заметную интенсификацию атеистической работы, Окулов настаивал, что «общая картина религиозности населения в стране остается по-прежнему неясной». Атеистическая работа все еще носит несистематический характер, практически не изучается воздействие атеистической пропаганды на верующих. Настало время «внести ясность» в картину религиозности советского общества639.

В Институте научного атеизма было создано несколько тематических исследовательских групп, где бок о бок работали зрелые ученые, аспиранты и местные кадры, фокусируя внимание на специфических «проблемных» зонах с целью координации атеистической работы в масштабах страны и согласования теории с практикой640. Первые исследования института были посвящены деятельности религиозных организаций и религиозности населения определенных районов; в них были поставлены вопросы о представлениях современных верующих о Боге и общественных отношениях (1964–1965), о причинах соблюдения религиозных обрядов (1964), о сущности религиозных эмоций (1964), об эмоциональном воздействии религиозных обрядов (1964) и о причинах, по которым люди разрывают с религией (1964)641. В исследованиях ИНА анализировались социальные и культурные условия жизни советских людей: где и как часто они ходят в церковь; насколько они знакомы с историей и догматикой своей веры; что они думают о местном религиозном сообществе и о священнике; какую часть своего дохода они отдают церкви и как много тратят на религиозные нужды; а также соблюдают ли они обряды, и если да, то какие именно642. Но хотя специалисты собирали все больше информации, а ее качество все улучшалось, тем не менее сохранялась несогласованность между проблематикой этих трудов и запросами атеистического аппарата. Внутреннее противоречие между описывающей (исследовательской) и предписывающей (политической) функциями института – а также между обеспокоенностью современным состоянием идеологической работы и осторожным подходом к переменам – становилось все более и более явным.