Теоретики атеизма осознавали необходимость изучения психологии религиозности, чтобы определить, каким образом атеизм может удовлетворить духовные потребности человека; но для этого предстояло определить, что именно представляет собой атеизм. По существу, этим вопросом теоретики атеизма задавались постоянно. Есть ли у атеизма собственное позитивное содержание, помимо отрицания религии? В поисках ответа теоретики вели дискуссии о том, как атеизм соотносится с другими научными дисциплинами, такими как философия, история, богословие и религиоведение, и является ли атеизм (и сопутствующая ему критика религии) составной частью марксистско-ленинской философии или же самостоятельной дисциплиной. Прежде всего эта проблема встала в ходе дискуссии о том, как преподавать научный атеизм в высших учебных заведениях643. В соответствии с постановлением ЦК КПСС от 2 января 1964 г. научный атеизм стал обязательным курсом для студентов университетов и педагогических институтов, но теоретики атеизма не могли прийти к согласию даже по вопросу о том, какая кафедра должна преподавать эту дисциплину, что и выявило существенные расхождения даже на самом верху относительно сущности этой дисциплины. Не было консенсуса и по вопросу о том, каково должно быть содержание курса. Следует ли в программе курса с критических позиций преподносить историю религии, прослеживать развитие неверия в философской мысли или, наконец, сосредоточиться на том, как достижения науки разрушают религиозную картину мира? Кроме того, теоретики атеизма столкнулись с практическим вопросом – кто будет преподавать новую дисциплину. Поскольку прежде такой курс никогда не преподавался систематически в высших учебных заведениях, не было и подготовленных преподавателей, а это означало, что преподавание курса следует поручить преподавателям других дисциплин, прошедшим ускоренную переподготовку644. Лишь немногие специалисты в области естественных наук, историки и философы были хорошо знакомы с предметом, а многие к тому же сопротивлялись попыткам привлечь их к атеистической пропаганде. Например, преподаватели естественно-научных дисциплин оправдывались тем, что их дисциплины являются атеистическими если не по форме, то по содержанию, поскольку дают студентам научные знания – такой аргумент звучал в ранний советский период в ходе дебатов о том, должно ли советское образование быть антирелигиозным или просто безрелигиозным, но в поздний советский период он уже исчерпал себя.

Пытаясь создать позитивные основания атеизма, теоретики критиковали те определения, где делался упор на его негативные характеристики. Например, Губанов проводил аналогию между понятиями «атеизм» и «коммунизм» и отмечал, что коммунизм как категория существенно пострадает, если определять его только как противоположность капитализму; впрочем, сам он так и не дал позитивного определения коммунизма645. В свою очередь, философ Борис Григорьян доказывал, что отрицание составляет саму сущность атеизма, поскольку он основан на критике. «Мне кажется, мы можем говорить о некоторых особенностях критического духа, негативного духа, если хотите, нашего атеизма как науки», – заявил Григорьян; более того, продолжил он, «нет ни одного раздела, ни одного пункта в марксизме, который не носил бы критический характер, не имел бы в той или иной форме, по вашей терминологии, негативную форму»646. Тем не менее, хотя теоретики не могли прийти к консенсусу по определению атеизма, они единодушно соглашались, что, акцентируя внимание на критической стороне атеизма, невозможно преобразовать сердца, умы и мировоззрение советских людей. Инга Кичанова, молодой специалист из ИНА, доказывала, что причиной неудач атеистического воспитания была недооценка роли религии в индивидуальной и социальной психологии. Проблема атеизма, по мнению Кичановой, связана с разработкой «проблем гуманизма», необходимой для определения «путей к тому, чтобы восполнить в человеке ту потребность, которая заставляет его обращаться за помощью не к земным силам, не к социальной организации, а к потусторонним силам». Социалистический гуманизм должен был «создать гармонический духовный мир человека, не нуждающегося в обращении к потусторонним силам»647.

Некоторые участники дискуссии доказывали, что атеизм можно рассматривать как часть философских дисциплин и что он требует серьезного отношения к человеческой личности648. Молодой специалист из ИНА Ирина Галицкая соглашалась с тем, что происхождение атеизма связано с отрицанием религии, но настаивала, что пришло время «расширить» круг проблем атеизма и включить в него проблемы, «связанные с личностью человека, отношением человека к жизни и себе, то есть теми проблемами, на которых вырастает религия». Галицкая отмечала, что в советской философии нет практически ни одного исследования на тему личности человека. Человек рассматривается «то как субъект, то как объект познания, т. е. как носитель производительных сил, но как личность в целом человек не рассматривается, как рассматривался человек философией Возрождения». Поскольку личность остается на заднем плане советской философии, связанные с ней проблемы – счастье, страдание, смысл жизни и смерти – также вытеснены на периферию. «У нас, – заметила Галицкая, – молчаливо как-то исходят из того, что человек не должен страдать, что он при коммунизме страдать не будет». Поэтому советская этика предпочитала концентрировать внимание на проблеме счастья. Результаты, по наблюдениям Галицкой, часто были комичны, поскольку «в действительности смешно утверждать, что человек не будет всегда страдать по той или иной причине, не социальной. И это религия прекрасно использует и сумела дать утешение человеку». Религия, в отличие от атеизма, способна предложить человеку утешение перед лицом трудностей, горя и особенно смерти. Это становится очевидным, если обратиться к вопросу бессмертия. Диалектический материализм исходит из того, что люди смертны; но, по словам Галицкой, «какое утешение здесь человеку, когда говорят, что ты смертен, а материя вечна?» В советской философии подобные проблемы «не используются», тогда как религия «на этих проблемах расцветает». В результате она сделала вывод, что предметом атеизма должны быть проблемы «не чисто философские, может быть, это философско-этические, психологические [проблемы], которые связаны с личностью человека, его отношением к жизни»649. «Может быть, атеистическое воспитание будет состоять в том, что мы будем воспитывать такую личность, которая смысл… будет искать не в религии», – заключила Галицкая650.