По той же причине в осажденном Порт-Артуре оказались два начальника артиллерии — генерал-майоры В.Ф. Белый и В.Н. Никитин и два начальника санитарной части. Все это в немалой степени вносило известную дезорганизацию в управление обороной крепости и не раз приводило к недоразумениям. Подобную ошибку командующий Куропаткин как ответственное должностное лицо исправить не смог.

К началу осады сухопутный фронт Порт-Артура состоял из пяти долговременных фортов (№ I, II, III, IV и V), готовых трех укреплений (№ 3, 4 и 5) и пяти отдельных литерных батарей (литера «А», «Б», «В», «Г» и «Д»).

Впереди линии фортов находились полевые укрепления (окопы и полевые редуты), расположенные на высотах Дагушань, Сяогушань, Панлуншань, Высокая, Длинная и Угловая, которые господствовали над местностью. Центр сухопутной обороны располагался близ деревни Шуйшин, который прикрывали полевые редуты Кумирненский, Водопроводный и Скалистый.

В ходе борьбы за крепость особое значение имела оборона порт-артурского Малахова кургана — горы Высокой, вершина которой находилась на 203 метра над уровнем моря. Эта высота контролировала всю внутреннюю гавань крепости.

Сухопутный фронт крепостной обороны организационно делился на три фронта. 8-километровым Восточным командовал генерал-майор В.Н. Горбатовский. Этот фронт опирался на три форта, одно укрепление и две литерных батареи. В его тылу находилась так называемая «Китайская стенка». Для ликвидации мертвых пространств перед и между фортами здесь были оборудованы полевые укрепления и окопы.

Северный фронт имел протяженность в 3,5 километра. Он состоял из одного форта, двух укреплений и двух литерных батарей. Фронтом командовал полковник В.Г. Семенов. Крепостные укрепления здесь располагались на труднодоступных высотах, с которых хорошо простреливалась местность.

Наиболее слабым звеном сухопутной обороны Порт-Артура оказался Западный фронт, которым командовал полковник В.А. Ирман. Он имел протяженность 6,7 километра и тянулся от бухты Голубиной до горы Белый Волк. Здесь имелось только одно укрепление и одна литерная батарея. Начатое сооружение форта № VI к началу осады не было завершено. Линию Западного фронта в основном прикрывали лишь полевые укрепления.

На вооружении Порт-Артурской крепости к началу ее осады находилось 646 орудий и 62 пулемета. В долговременных крепостных сооружениях и на полевых позициях было установлено 514 орудий различных калибров (в том числе 283 крепостных, 168 морских и 63 полевых орудия) и 47 пулеметов. На приморском фронте обороны располагалось 123 орудия и 5 пулеметов. Имелся небольшой резерв — 9 легких орудий и 10 пулеметов.

При обороне Порт-Артура появилось новое оружие — минометы. Идею миномета разработал и осуществил на деле лейтенант Подгурский. Для стрельбы минами (дальность — до 100 метров) он приспособил катерный метательный аппарат. Стрельба из таких минометов особенно досаждала японским саперам, которые траншеями, преимущественно по ночам, подбирались поближе к линии крепостных укреплений.

Незаконченность строительства крепости отразилась и на ее артиллерийском оснащении. Прежде всего, недостаточно было тяжелых орудий. Из тех, что имелись, большинство оказалось устаревших систем, имевших малую дальность стрельбы. Из 124 тяжелых орудий лишь 39 могли поражать дальнобойную осадную артиллерию японцев.

Артиллерийские орудия сухопутного фронта на три четверти состояли из полевых орудий, которые действовали эффективно при отражении вражеских штурмов. Но они оказались почти не пригодны для борьбы с неприятельской осадной артиллерией больших калибров.

Под руководством умелого начальника артиллерии Порт-Артура генерал-майора В.Ф. Белого для гибкого управления артиллерийским огнем Порт-Артурская крепость была разделена на 12 секторов и 3 отдельные группы. Их начальники подчинялись начальникам фронтов крепостной обороны, а те, в свою очередь, непосредственно Белому. Командиры батарей сухопутного фронта подчинялись командирам фортов и укреплений. Такая система управления артиллерийским огнем полностью оправдала себя в ходе обороны Порт-Артура.

Слабым местом в его обороне виделось то, что при наличии большого числа артиллерийских орудий, порт-артурцев рано или поздно ожидал снарядный голод. Запасов боеприпасов в крепости оказалось недостаточно. К началу осады в ней хранилось 274 558 артиллерийских гранат и шрапнелей. В среднем на одно орудие приходилось всего по 425 боевых зарядов. Трата же их в условиях длительной обороны, особенно при отражении вражеских штурмов, была огромной.

К началу осады в Порт-Артуре оказалось недостаточно и провианта. Запасов муки в крепости было на 168 дней, чумизы, пшена и кукурузы — на 127, сахара — на 169, сухарей — на 27, соли — на 200, мяса —- на 20, овса, ячменя и бобов — на 155, сухих овощей — на 173 дня. Уже в июле вместо мяса войскам стали выдавать конину. Не было принято своевременных мер по организации прибрежной рыбной ловли и посадки овощей, что могло заметно улучшить осадный рацион.

Из-за малого числа колодцев возникли большие трудности со снабжением передовой линии обороны водой.

Слабым местом в крепостной обороне оказалась связь: отсутствовала телеграфная связь штаба Порт-Артура с фортами, артиллерийские телефонные линии были включены в общую связь. Беспроволочный телеграф (искровые станции, или, иначе, радиосвязь) бездействовал. Морская крепость к тому же имела всего 6-месячный запас угля для кораблей эскадры и собственных бытовых нужд.

При организации обороны Порт-Артура была еще одна немалая трудность — японский шпионаж. То, что в городе и близлежащих селениях с началом осады осталось почти все местное население, давало неприятелю в достатке возможность вербовать (за плату) кадры для ведения шпионажа.

...Считается, что бои за Порт-Артур начались с захвата японцами наблюдательных пунктов русских на горах Куинсан и Уайцелаза. С них просматривался весь Таллиенванский залив и порт Дальний. Особо значимой оказалась гора Куинсан, которую обороняла всего одна стрелковая рота с двумя 66-мм артиллерийскими орудиями системы Барановского (корабельные десантные пушки образца 1877 года). Все укрепления высоты состояли из завала камней, прикрытых землей.

Штурм Куинсана начался после того, как японцы захватили соседнюю гору и установили на ее вершине две батареи горной артиллерии. Сбить их русским 57-мм орудиям, стоявшим на Большом перевале, не позволяла их дальнобойность. В итоге полк японской пехоты, штурмовавший гору Куинсан, за день боя одержал победу.

Попытка отбить высоту успеха не имела: японцы в самое кратчайшее время возвели на ней несколько рядов окопов с блиндажами и редут с бруствером. Оборону на Куинсане теперь держало 7 батальонов пехоты. Русские пошли на штурм силой в 5 стрелковых рот и сводно-охотничьей команды под общим начальством полковника В. Савицкого. В ряде случаев сибирские стрелки оказывались от врага на дистанции в 400 шагов. Однако частый ружейный и пулеметный огонь так и не позволил русским ударить в штыки.

Бои за гору Куинсан велись два дня — 20 и 21 июня. Они закончились для атакующих безрезультатно и с потерями свыше 700 человек. Теперь новая передовая линия крепостной обороны проходила через гору Юпилаза, перевал Шининцзы, Каменистый (Скалистый) кряж и до бухты Лунвантан.