Не предпринималось никаких мер для поддержания развитой ирригационной системы, от которой зависело продовольственное положение страны. Стада лам забивались, празднества следовали одно за другим без всякой заботы о будущем. Куда бы ни приходили испанцы, там начинались грабежи, насилие, убийства, не говоря уже о расточительном использовании тщательно собиравшихся запасов с индейских складов. Хуже того, разногласия между Альмагро и Писарро сдерживались только острой необходимостью вместе противостоять многократно превосходящим силам противника.

На следующий год, на фоне более или менее спокойной обстановки в стране, эти разногласия обострились. Пока Писарро на побережье основывал свою новую столицу, Лиму, Альмагро правил в Куско. Его агенты, сопровождавшие Эрнандо Писарро в Испанию, сообщили ему, что император Карл даровал ему губернаторство на громадной части территории, протянувшейся на двести лиг к югу от владений Писарро. Таким образом, королевский приказ сделал его независимым от бывшего компаньона. Карл и его советники имели весьма слабое представление о реалиях отдаленных владений Испании. В то время, скорее всего, в метрополии не имели даже карт, а потому сферы влияния – а все расстояния отсчитывались от острова Пуна – очерчивались в высшей степени произвольно. Альмагро утверждал, что Куско находится в его ведении. Писарро же приказал своим братьям, Гонсало и Хуану, принять командование. Город раскололся на два лагеря. Даже индейцы вынуждены были принимать сторону одного из противников. Вопрос не был разрешен вплоть до 12 июня 1535 года, когда противоречия были сглажены, а двое партнеров вновь договорились вместе преследовать свои цели и делить затраты и доходы от всех будущих завоеваний. Альмагро затем отправился в Чили и примерно на два года исчез со сцены. Он пытался добиться реальной власти в том регионе, который выделил ему император, и в то же время удовлетворить требования собственных людей.

Тем временем в Куско терпение индейцев наконец истощилось. Даже Манко не остался в стороне от нового мятежа. Он бежал из города и присоединился к мятежникам. Перу наконец восстал против бессмысленной жестокости своих чужеземных хозяев. Хуана Писарро, прочесывавшего окружающую местность в поисках пропавшего Инки, вынудили отступить с берегов реки Юкай. Толпы вооруженных воинов подступали к Куско, и впервые испанцы в Перу оказались перед лицом того фанатичного сопротивления, которое пришлось преодолевать Кортесу в столице ацтеков Мехико. Осада, начавшаяся в феврале 1536 года, продолжалась почти шесть месяцев. Большая часть Куско была уничтожена пожарами. Неоднократные попытки Писарро освободить гарнизон терпели поражение. Вся страна восстала, и только твердыня крепости Саксауаман помогла испанцам удержаться. Затем в августе 1536 года мятеж утих столь же неожиданно, как и начался; у молодого Инки закончились на складах припасы, позволившие его армии действовать значительно дольше традиционных трех недель. Страна замерла в напряженном ожидании; часть испанцев осталась запертой в Куско, часть – изолированной на побережье.

Положение было таковым, когда Альмагро через пустыню Атакама вернулся из Чили. Марш этот нельзя сравнить с маршем войска Топы Инки Юпанки, тем не менее это было значительное достижение для отряда, насчитывавшего более пятисот солдат, причем люди Альмагро мало что получили за все перенесенные ими невероятные лишения. В это время обязанности губернатора Куско исполнял вернувшийся из Испании Эрнандо Писарро. Выяснив, что молодой Инка Манко стоит лагерем со значительным числом воинов недалеко от Куско, Альмагро немедленно организовал с ним встречу. Вероятно, он рассчитывал заключить с ним союз, однако Манко, памятуя об участи Атауальпы, заподозрил ловушку; он напал на людей Альмагро с пятнадцатью тысячами воинов, но потерпел поражение. Альмагро же обратился непосредственно к Куско. Даже теперь ему, похоже, не хотелось становиться причиной междоусобных столкновений между людьми его собственной расы, да еще в охваченной восстанием стране. Его люди, однако, были настроены более приземленно и в ночь на 8 апреля 1537 года ворвались в город, нарушив негласное соглашение между Эрнандо и своим командиром. Членов семейства Писарро и еще более дюжины испанских капитанов бросили в тюрьму. Альмагро, оказавшийся в роли правителя Куско, направил своих эмиссаров с требованием лояльности к единственному испанскому командиру, который мог угрожать ему – Алонсо де Альварадо, командовавшему в Хауйе столь же большой армией, как и армия самого Альмагро. Посланников арестовали. Альмагро отправился в поход и в битве при Абанкае 12 июля вынудил Альварадо к сдаче. Однако теперь уже сам Писарро двигался от побережья с отрядом в четыреста пятьдесят человек, причем половину из них составляла кавалерия. Альмагро имел тысячу человек, но, несмотря на численное преимущество, сражаться не стал. Размолвка снова была улажена; по условиям соглашения Альмагро должен был остаться властителем Куско, а Эрнандо Писарро был освобожден на условии в течение шести недель отплыть в Испанию.

Вся эта история – один из наиболее грязных эпизодов конкисты. Эрнандо не отплыл в Испанию, и соглашение, неохотно заключенное 13 ноября 1537 года, действовало ровно столько времени, сколько потребовалось Писарро, чтобы собрать силы. Непосредственное ведение кампании он предоставил своим братьям, и 26 апреля 1538 года Альмагро потерпел поражение в битве при Лас-Салинас. Эта баталия, в которой полегло сто пятьдесят испанцев, продолжалась всего два часа. Самого Альмагро взяли живым. Его судили 8 июля и казнили. Сарате пишет, что Эрнандо Писарро «добился, чтобы ему перерезали горло», однако есть основания полагать, что орудие казни было то же, что и при казни Атауальпы – гарротта. В любом случае – достойная награда за то, что почти пять лет, не щадя себя, он сражался за партнера! Во время второго визита в Испанию Эрнандо Писарро был арестован за расправу с Альмагро. Двадцать лет он провел в заключении в крепости Медина-дель-Кампо.

Правительство метрополии теперь живо интересовалось Перу. Все поступавшие из этого форпоста империи сообщения свидетельствовали о царившем там хаосе. Больше всех, как на всех испанских колониальных территориях, страдали несчастные индейцы. Инка Манко по-прежнему находился в лагере мятежников, перебираясь из одного тайного и неуязвимого города-крепости в другой. Одним из таких укрытий, несомненно, служил Мачу-Пикчу, и каждый, кто видел развалины этого «потерянного» города, легко поймет, насколько сложно было испанцам справиться с лидером, усвоившим наконец тактику партизанской войны. Характерна для этого периода история о попытке Писарро встретиться с Манко. Инка вновь предложил в качестве места встречи долину реки Юкай, и Писарро, прежде чем отправиться с сильным отрядом телохранителей к месту встречи, отправил к Манко раба-африканца с традиционными дарами. Воины Манко убили посланца. Услышав об этом, Писарро велел схватить одну из жен Инки, юную и очень красивую индианку, привязать ее нагой к дереву перед строем всей своей армии, избить до полусмерти, а затем истыкать стрелами. Известно было, что Манко очень привязан именно к этой девушке, так что едва ли это был самый разумный путь к достижению соглашения.