Власти метрополии, однако, этого не знали из-за затрудненного сообщения между Испанией и Перу. Они все еще получали доклады о гражданской войне, убийствах и безоглядном истреблении и ограблении индейцев. Чтобы разобраться со всем этим, вице-королем назначили Бласко Нуньеса Велу. Он отправился в свою провинцию в сопровождении королевской комиссии из четырех судей, призванной ввести новый умеренный кодекс законов, результат прошений Лас Касаса. К тому моменту, когда вице-король добрался наконец до Лимы, Гонсало Писарро оставил свои исследования серебряных рудников Потоси и перебрался в Куско, где сделался признанным лидером всех недовольных конкистадоров. При поддержке Карбахаля он осадил Лиму. Закончилось все совершенно бескровно: четверо судей комиссии назначили Гонсало генерал-губернатором и отложили введение нового кодекса законов до получения дальнейших инструкций из Испании.

Каждый прибывающий из Индий корабль теперь привозил в Испанию слухи о волнениях в Перу, и в 1545 году император назначил нового вице-короля – Педро де Гаску. Однако де Гаска добрался до Панамского перешейка только к июлю, а к тому времени Нуньес уже потерпел поражение, лишившись головы на поле битвы. Гонсало Писарро стал властителем Перу, Эквадора и Чили. Он обладал первоклассной колониальной армией, поддерживавшей его в своих интересах, и флотилией под командованием Инохосы, господствовавшей над всем западным побережьем Южной Америки. Де Гаска выложил свой единственный козырь – личное повеление императора. Время и его спокойная уверенность взяли свое. Он действовал изощренными политическими методами и, по словам Прескотта, обладал «моральной силой, более могучей, чем его [Гонсало] одетые в сталь полки». Отправленные в Лиму письма обещали прощение, однако не предлагали никаких гарантий в том, что Гонсало будет утвержден в своем положении генерал-губернатора. Предложенные условия были отвергнуты, однако, когда его посланец Альдана прибыл в Панаму с этим ответом, де Гаска убедил его верноподданнически признать волю императора. Его примеру последовал адмирал Инохоса, передавший де Гаске флотилию и вместе со своими офицерами присягнувший на верность короне в обмен на полное прощение. Путь на Лиму оказался открыт, но де Гаска, которого опыт инквизиторской службы сделал специалистом по ведению психологической войны, не стал торопиться и дал время на то, чтобы его политика умиротворения и авторитет стоявшей за ним королевской власти подорвали положение Гонсало. Он отправил своих агентов с флотилией, отплывшей в феврале 1547 года в Кальяо, порт Лимы. Люди Гонсало начали дезертировать, и Карбахаль в шутку припомнил слова известной песенки: «Ветер уносит волосы с моей головы, мамочка; уносит их сразу по два».

Де Гаска высадился в Тумбесе 13 июня; Гонсало отступил на юг в Арекипу. Пораженный неудержимым ростом подвластных де Гаске сил, он решился на переговоры. Он согласен был покинуть Перу в обмен на Чили. Он направился к озеру Титикака и послал свои предложения Диего Сентено, старому товарищу по оружию, державшему по поручению де Гаски проходы в Андах. Однако Сентено ответил, что служит королю, и посоветовал безоговорочно капитулировать. У Гонсало не осталось другого выхода, кроме как сражаться, и 26 октября две армии встретились при Уарине, индейском городе на юго-восточном берегу озера Титикака. У Сентено было около тысячи человек, у Гонсало примерно вполовину меньше, причем сражение происходило на головокружительной высоте более 13 000 футов. К счастью для Гонсало, Сентено был болен плевритом и не мог лично командовать сражением. Несмотря на это, Гонсало и его кавалерия терпели поражение, и только Карбахаль, старый, неукротимый и совершенно непоколебимый Карбахаль со своей пехотой принес бунтовщикам победу в этом сражении.

Потребовалось почти шесть месяцев, чтобы де Гаска достаточно оправился от этого удара и возобновил свой поход на Куско. Армия его к тому времени увеличилась почти до двух тысяч человек. Гонсало не сумел достаточно быстро ответить на действия де Гаски, и это стоило ему контроля над Апуримаком; армия де Гаски пересекла поток на бальсовом плоту. 8 апреля 1548 года два войска встретились у Сакисагуана. Армию Гонсало сопровождало множество индейцев, однако их вряд ли можно было назвать эффективной силой; исход встречи оказался предрешен еще до сражения, когда на виду у обеих армий Гонсало покинули сперва Сепеда, командовавший частью пехоты, а затем Гарсиласо де ла Вега (отец писателя). Их примеру тут же последовал отряд аркебузиров. Примеры эти оказались заразительны, и силы Гонсало буквально растаяли. Сам он был захвачен в плен, как и Карбахаль, пытавшийся без лошади переплыть стремнину. Только вмешательство Сентено спасло его от толпы солдат. Карбахаль, однако, не пожелал признать Сентено, а когда тот назвал его по имени, старый боевой конь, как утверждают, ответил: «Прошу прощения; я так давно не видел ничего, кроме твоей задницы, что успел забыть твое лицо». Старику тогда было восемьдесят четыре года. Он был приговорен к колесованию и четвертованию. Гонсало был обезглавлен.

Наступал конец эпохи конкистадоров. Наплыв чиновников, так донимавший Кортеса в Новой Испании, теперь достиг не только Центральной Америки, но и Южной. Однако вводимые ими новые законы уже не могли остановить истребления индейцев. Манко, выбранный Писарро как марионеточный Инка, которому чуть было не удалось перебить испанцев у Куско в 1536 году, продолжал вести партизанскую войну до самой своей гибели через восемь лет от рук Альмагро-младшего. Впоследствии немногочисленные индейцы, продолжавшие сопротивление, вынуждены были отступать все глубже и глубже в Анды. Их последние твердыни находились в горах между Урубамбой и Апуримаком. Несомненно, одним из них был Мачу-Пикчу. Непроходимые горы не привлекали испанцев, основной целью которых являлось быстрое обогащение. Само существование районов, куда никогда не заходили испанцы, привело к возникновению слухов о затерянных городах и пропавшем золоте Инков. Большинство индейцев, однако, пассивно приняли разрушение собственной цивилизации. С точки зрения пуриков, испанская система encomiendas не слишком отличалась от подобной же системы инков; и та и другая существовали за счет жестокой эксплуатации населения.

Не все вице-короли и губернаторы, управлявшие колониями от имени короны, принадлежали к людям калибра де Гаски или двух последовавших за ним в Перу представителей семейства Мендоса. Колониальный режим, основанный на принципе верховной королевской власти, не был однороден. Индии фактически представляли собой конгломерат королевств, вассально зависимых от Кастилии, а не от Испании, а их законы издавались от имени суверена Королевским и Верховным Советом по делам Индий. Alter ego короля являлся вице-король, а юридическую сторону Совета по делам Индий представляли audiencias, или высшие суды, располагавшиеся в центрах колоний. Колониальная audiencia представляла собой сплав апелляционного суда, административного совета, местной законодательной власти и королевской пятой колонны и обладала колоссальной властью. В ее функции входили надзор за чиновниками и защита индейцев. Это было, несомненно, важнейшее звено в системе мер и противовесов, встроенных в законодательную систему Индий; через его посредство неэффективное правительство быстро заменялось другим; и что еще более важно – достигалась лояльность Индий далекому и занятому европейскими делами императору.