Невзирая на настойчивые призывы с разных сторон, молодой император не спешил с реформами в деревне, хотя, как писал С. Ю. Витте, «…не нужно было иметь ни много ума, ни дара пророчества, чтобы понять, что, с одной стороны, в этом заключается вся будущность Российской империи… с другой — в неправильном и пренебрежительном отношении к этому вопросу кроется ядро всяких смут и государственных переворотов»24.

От своего намерения сдвинуть с места решение крестьянских дел во всей их совокупности С. Ю. Витте не отступился. В 1898 году он предложил назначить для рассмотрения крестьянского вопроса «…особую комиссию с исключительными полномочиями, которая могла бы заняться крестьянским вопросом, памятуя, что этим путем был разрешен крестьянский вопрос и в 60-х годах». Комитет министров поддержал С. Ю. Витте своим решением, но император оставил его без движения, повелев ждать «высочайших указаний»25. Не успокоившись, в октябре того же года С. Ю. Витте направил императору собственноручное письмо. Суть этого послания заключалась в предложении сделать из крестьянина «персону», поскольку в теперешнем своем виде он был «полуперсона» и рассматривался значительной частью русского благородного дворянства как нечто среднее между человеком и волом. Копию письма С. Ю. Витте сохранил в своем архиве и впоследствии поместил в качестве приложения к «Воспоминаниям». Никакой реакции на письмо не последовало.

В 1901 году, в связи с сильным торгово-промышленным и сельскохозяйственным кризисом, перед царем был вплотную поставлен вопрос о причинах упадка крестьянских хозяйств губерний земледельческого центра. Дальше тянуть было нельзя — 16 ноября 1901 года, на основании всеподданнейшего доклада министра финансов императору, по высочайшему повелению была учреждена «Комиссия по исследованию причин оскудения земледельческого центра». Председателем комиссии был назначен товарищ министра финансов тайный советник Владимир Николаевич Коковцов.

Комиссия была укомплектована в соответствии с представлениями С. Ю. Витте о том, как следует готовить решения по крупным народно-хозяйственным проблемам. В нее вошли 15 представителей различных ведомств, в том числе видные чиновники Министерства финансов и Министерства земледелия В. И. Покровский, М. П. Кашкаров, П. X. Шванебах, управляющий земским отделом МВД В. И. Гурко, а также делегаты от земств скудеющих губерний в числе 19 человек. Комиссия начала заседания только в начале октября 1903 года, когда получила в свое распоряжение необходимый статистический материал. Деятельность «Комиссии центра» получила широкий общественный резонанс главным образом благодаря выступлению земцев.

Комиссия В. Н. Коковцова призвана была решать задачи прикладного характера. Ее занятия не должны были выходить из круга дел, находившихся в компетенции Министерства финансов. Предварительная работа по сбору необходимого статистического материала проводилась Департаментом окладных сборов.

Как сообщает С. Ю. Витте, лицом, убедившим императора Николая II образовать «крестьянскую комиссию» с более широкими задачами и назначить министра финансов ее председателем, был Д. С. Сипягин. К нему царь испытывал личную симпатию — они сблизились на почве общего увлечения охотой. Д. С. Сипягин, министр внутренних дел, имел придворное звание егермейстера, заведующего царской охотой.

22 января 1902 года царским указом было учреждено Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности под председательством С. Ю. Витте. «Я, конечно, был очень доволен этим назначением», — вспоминал С. Ю. Витте много лет спустя. Современники, однако, зафиксировали совершенно иную реакцию министра финансов. «Витте был мрачнее тучи… что он назначен председателем сельскохозяйственной комиссии, так как это для него опасное место» — так прокомментировала назначение Витте главой Особого совещания А. В. Богданович на страницах своего дневника. В широких дворянских кругах упорно считали, что именно политика министра финансов вызвала невиданной силы экономический, социальный и политический кризис в стране, начало которого пришлось на 1899–1902 годы.

Реакция С. Ю. Витте на свое новое назначение могла быть вызвана совершенно иными мотивами, нежели те, на которые намекала генеральша А. В. Богданович. Несколькими днями ранее, а именно 14 января 1902 года, своим указом император повелел создать при Министерстве внутренних дел редакционную комиссию для пересмотра законоположений о крестьянах. Тем самым главное направление работ по крестьянскому вопросу уводилось из-под контроля С. Ю. Витте. Ему достались проблемы, относящиеся исключительно к сфере сельскохозяйственной промышленности. Тем не менее рук он не опустил, а энергично и напористо принялся за исполнение новых обязанностей. Уже 22 марта 1902 года начинается комплектование местных комитетов совещания, которым надлежало снабжать его материалом и идеями, а 12 мая получила высочайшую санкцию и программа занятий Особого совещания из 40 пунктов.

Состав Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности был утвержден императором в количестве 19 постоянных членов: П. П. Семенов-Тян-Шанский и Ф. Г. Тернер, члены Госсовета, действительные тайные советники; генерал-адъютант H. M. Чихачев, председатель Департамента промышленности, наук и торговли Государственного совета; действительный тайный советник П. А. Сабуров, член Госсовета; тайный советник В. Н. Коковцов, товарищ министра финансов; действительный тайный советник H. H. Герард, председатель Департамента гражданских и духовных дел Госсовета; тайный советник В. В. Калачов, сенатор; гофмейстер А. X. Стевен, товарищ министра земледелия и государственных имуществ; князь В. С. Кочубей, исполнявший должность начальника Главного управления уделов; статс-секретарь А. Н. Куломзин, управляющий делами Комитета министров; обер-гофмаршал императорского двора князь А. С. Долгорукий; статс-секретарь А. А. Половцов, член Госсовета; граф М. П. Толстой; статс-секретарь В. К. Плеве, государственный секретарь; егермейстер граф С. Д. Шереметев, член Госсовета; князь А. Г. Щербатов, президент Общества сельского хозяйства; генерал-адъютант граф И. И. Воронцов-Дашков, член Госсовета; тайный советник А. С. Стишинский, товарищ министра внутренних дел.

Для предварительной разработки материалов с высочайшего разрешения при совещании были созданы подготовительные комитеты. Комиссия по исследованию причин оскудения земледельческого центра вошла в состав совещания на правах подкомитета.

В течение первых двух лет работы совещание совершенно не касалось проблем юридического положения крестьян в Российском государстве, занимаясь только тем, что было отнесено к его компетенции. За эти два года состоялось 47 заседаний. Из членов совещания на всех заседаниях присутствовали только С. Ю. Витте, П. П. Семенов-Тян-Шанский и А. С. Стишинский.

По тематике заседания распределились так. 5 заседаний было отведено определению круга задач совещания и выработке программы занятий; 3 — обмену мнениями по общим вопросам; 7 — мелкому народному кредиту; 9 — хлебной торговле; 4 — местным дорогам; 6 — вопросам сельскохозяйственной аренды; 2 — крестьянским отхожим промыслам; 2 — вопросу о сокращении нерабочих дней в сельском хозяйстве; 2 — «улучшению естественных условий сельского хозяйства»; по одному заседанию — вопросу об улучшении крестьянского землепользования, травосеянию, «облегчению последствий лесоохранительного закона», птицеводству, мелиоративному кредиту, содействию молочному хозяйству и хмелеводству, тарифам на перевозку хлебных грузов26.