Кнут сосредоточил в Лимфьорде большой флот, который должен был перевезти в Англию собранное им большое войско. Но во время подготовки похода он постоянно наталкивался на недовольство своих подданных. В итоге его приготовления привели к возникновению беспорядков, в ходе которых он был захвачен в плен и в июле 1086 года убит. Его смерть означала, что поход будет отменен. Угроза нападения на Англию войск из Скандинавии была устранена. В какой-то момент могло показаться, что кризис миновал. И все же положение оставалось опасным. Сын короля Роберт бунтовал против отца, а единоутробный брат Одо замышлял предательство. Граф Роберт Фламандский открыто демонстрировал враждебность, а внутри Англии Эдгар Этелинг проявлял такое недовольство, что король посчитал благоразумным позволить ему уехать в Апулию с отрядом из двухсот сторонников. Складывавшаяся ситуация все больше напоминала предшествующие нападения. В течение 1086 года Вильгельм поневоле сосредотачивал все внимание на Англии, что позволило королю Филиппу возобновить боевые действия во Франции. Поэтому вскоре после собрания двора в Солсбери Завоеватель стал готовиться к отбытию в Нормандию. По словам летописцев, он продолжал энергично собирать дополнительные налоги для того, чтобы заплатить большему числу наемных воинов. Примерно в конце 1086 года он переправился во Францию, но где он провел последнее в своей жизни Рождество, неизвестно.

О деятельности Вильгельма в первые месяцы 1087 года известно очень мало. Нет сомнения, что во время собрания двора в Солсбери король издал два указа в пользу Мориса, нового епископа Лондонского. Еще два указа, один из которых датирован как «после обследования всей Англии», касались Вестминстерского аббатства.

Также до нас дошло подтверждение постановления, ранее принятого в пользу женского монастыря Сент-Аманд в Руане. Можно предположить, что этот подтверждающий указ, данный в присутствии большого числа знатных и влиятельных свидетелей, был издан после возвращения короля в Нормандию.

Главной заботой Вильгельма оставалась оборона страны. Поэтому он направил свои усилия на ликвидацию потенциально опасной ситуации, существовавшей с 1077 года, когда обстоятельства вынудили его уступить контроль над провинцией Вексен французскому королю. С того времени в этих краях произошла перемена, благоприятная для осуществления его замыслов. В начале 80-х годов XI века графство Мюлан, расположенное к югу от Вексена, перешло в руки Роберта Бомонского. Это был один из самых могущественных соратников герцога, и теперь Вильгельм имел на спорных землях сильного союзника. Когда в конце лета 1087 года гарнизон французского короля, размещавшийся в Манте, перешел границу Нормандии и начал грабежи, Вильгельм решил нанести ответный удар. Он начал поход, целью которого было возвращение под власть Нормандии Вексена.

Эта война была не только последней, но и самой жестокой в правление Завоевателя. Он с большой армией переправился через Эпт и быстро дошел до Манта. Когда французский отряд вышел из города, не предприняв должных мер безопасности, он внезапно напал на него. Французы в беспорядке отступили за стены города. Преследуя противника по пятам, войска Вильгельма ворвались в город, где устроили настоящую бойню. Сам город был сожжен. Огонь уничтожил его настолько, что сегодня в этом городе трудно найти хотя бы следы каких-нибудь зданий XI века. Такому варварству нет оправдания, но оно заставляет задуматься о том, не была ли беспощадность Вильгельма в этот раз, как в предыдущих случаях, подготовкой к более крупным операциям. Историческое значение боевых действий 1087 года обусловлено лишь тем, что они имели трагические последствия лично для Вильгельма. Но, если принять во внимание, что расстояние от Манта до Парижа составляет всего около тридцати миль, можно предположить, что Вильгельм, имевший достаточно ресурсов, мог бы развить свой успех. Это имело бы для французской монархии далекоидущие последствия. Однако рассуждать на эту тему бесполезно, поскольку события завершились совсем иначе.

Вильгельм въехал в пылающий город как триумфатор, а покинул его побежденным недугом. Одни говорили, что конь испугался пламени, рванулся прочь, при этом король получил столь серьезную травму, что в скором времени скончался. Другие утверждали, что у короля внезапно начались сильные боли в кишечнике. Как бы там ни было, он оказался не в состоянии продолжать войну. Страдая от сильнейших болей, Вильгельм в летнюю жару вернулся из разоренного Вексена в Руан. Но болезнь усиливалась с каждым днем, король чувствовал себя все хуже, и шум города стал для него невыносимым. Через несколько дней Вильгельм приказал, чтобы его перенесли в небольшой монастырь Сен-Жерве, стоявший на холме в восточном предместье Руана. Его сопровождали епископ Лизье Жильбер и настоятель Жюмьежского монастыря аббат Гонтар, которые считались искусными медиками. Было совершенно ясно, что король умирал.

До наших дней дошли два источника, повествующие о событиях последних дней жизни Вильгельма Завоевателя: запись, сделанная безымянным монахом из Кана непосредственно после смерти короля, и произведение Ордерикуса Виталиса, написанное примерно на пятьдесят лет позже. Ордерикус старался дать максимально подробное описание событию, которое, по его мнению, было достойно того, чтобы остаться в памяти потомков. С этой задачей он справился, изобразив, как умирающий король в пространной речи вспоминает свою жизнь. Сама сцена явно вымышлена, но можно с уверенностью сказать, что она воспроизводит подлинную атмосферу момента. Декорации, на фоне которых Ордерикус описывает происходящее, обладают всеми признаками подлинности, поскольку он сам отличался наблюдательностью, был хорошо знаком с нормандскими традициями и был связан с людьми, которые принимали участие в этих событиях. И действительно, основное содержание его цветистых описаний часто подтверждается более лаконичными свидетельствами монаха из Кана. Вокруг умирающего короля в монастыре Сен-Жерве собралось много людей, но среди них не было двух самых видных представителей его семьи, и это говорило о многом. Его старший сын Роберт восстал против отца и теперь находился в стане его главного врага, короля Филиппа; а единоутробный брат Одо, могущественный епископ Байе, оставался в заточении. Не было рядом и архиепископа Ланфранка, который до конца оберегал интересы короля в Англии. Но у смертного одра Вильгельма находились его остальные сыновья и единоутробный брат Роберт, граф Мортеня, архиепископ Руанский Вильгельм БонАми и многие другие. Великий король медленно умирал при печальных обстоятельствах, но он был окружен теми же людьми, которые во время его правления поддержали так много предложенных им начинаний. Судьба распорядилась так, что именно собранию крупных земельных магнатов, которые разделяли с королем бремя управления, он мог оставить свои последние распоряжения, поскольку, несмотря на усиливавшиеся боли, до самого конца оставался в здравом уме и твердой памяти.

Перед смертью Вильгельма заботило покаяние и очищение от грехов. Нельзя исключать вариант, что ради христианского поучения этот эпизод был приукрашен. Но в то же время нет никаких оснований сомневаться в благочестии, проявленном королем, когда он покаялся и попросил у Бога прощения за пролитую кровь, которая была неизбежной платой за его успехи. Он исповедался и получил отпущение грехов. Затем он распорядился щедро раздать милостыню и приказал присутствовавшим при этом секретарям без исключения записать имена всех, кто должен был получить пользу от его даров. Он выделил деньги духовенству Манта для восстановления того, что он сжег, и призвал тех, кто находился рядом с ним, заботиться после его смерти о поддержании справедливости в судах и сохранении веры. Наконец, Вильгельм объявил об амнистии для всех, кроме епископа Байе. Но окружавшие его вельможи стали возражать, особенно настойчиво просил за брата граф Мортеня Роберт. Спор затянулся, и уставший король был вынужден поддаться уговорам. Хотя, уступив, Вильгельм настойчиво говорил о том, что это освобождение может иметь тяжелейшие последствия. И все же епископ Байе Одо был освобожден, и через короткое время он присутствовал на похоронах своего великого сюзерена.