Спустя год двое оставшихся в живых детей маркиза Писарро Франсиска и Франсиско последовали за своими двоюродными сестрами и братом в Испанию. Дети были вверены заботам двух важных персон: Антонио де Риберы, мужа их тетки Инес Муньос, и Франсиско де Ампуэро, мужа матери Франсиски Инес Уайльяс. Рибера и Франсиска обратились в администрацию города Лимы за разрешением урегулировать дела Франсиски до отплытия в Испанию. С этой целью она написала завещание. В апреле 1551 года дети отплыли в сопровождении Ампуэро и достигли Севильи в конце июля. Приезд в Трухильо этих двоих детей усопшего маркиза Писарро вызвал волнение среди их тетушек и двоюродных братьев. Каждый хотел удостовериться, что богатства этих двух наследников остались внутри семьи.

В Рождество 1551 года Франсиску и Франсиско повезли повидаться с главой семьи, их дядей Эрнандо Писарро, который был единственным из оставшихся в живых братьев Писарро, принимавших участие в завоевании Перу, и единственным законным сыном офицера Гонсало Писарро и его жены Исабель де Варгас. Эрнандо Писарро было на тот момент пятьдесят лет, а его красавице племяннице семнадцать; он не видел ее с тех пор, как она была младенцем. Эрнандо был пленником, который уже провел свыше десяти лет в заключении в огромной тюрьме Ла-Мота в Медине-дель-Кампо. По возвращении в Испанию в 1539 году Эрнандо был встречен бурей протестов за то, что казнил Диего де Альмагро в 1538-м. Объяснения Эрнандо и щедрые подношения королю почти спасли его, но голоса его противников звучали слишком громко: в 1540 году его заключили в тюрьму на неопределенный срок без суда или предъявления формального обвинения.

Тюремное заключение Эрнандо Писарро было достаточно мягким. Он занимал в тюрьме те же самые апартаменты, в которых содержался король Франциск I после своего пленения в Павии в 1525 году. Он имел возможность пользоваться доходами от своих огромных поместий в Перу, особенно доходами от его серебряных рудников Порко вблизи Потоси. Гонсало Фернандес де Овьедо, который восхищался Альмагро и ненавидел Эрнандо Писарро, описывал его как «высокого, грубого мужчину с толстыми губами и языком; его слишком мясистый кончик носа был воспален». Он с завистью писал о содержании Эрнандо в заключении: «Стол и обслуживание Писарро были обставлены с роскошью; при нем присутствовало много знатных господ. Выдающиеся, важные персоны часто навещали его, чтобы выразить ему свое соболезнование. Его развлекала разнообразная музыка. Он вставал с постели в полдень. В его спальне был богатый балдахин и висело много прекрасных гобеленов. У него имелся богатый, просто великолепный столовый сервиз, словно у какого-нибудь принца, в нем было много предметов из золота и серебра. Известно, что мессу он слушал очень поздно: он считал, что такая нерадивость по отношению к Богу и покой в мягкой постели укрепляли его положение и возвышали его. У него всегда под рукой были игральные кости или карты, чтобы проводить время, играя в азартные игры на большие ставки: деньги, драгоценности и лошадей». Эрнандо не был лишен даже женского общества. Он наслаждался любовью одной местной дворянки по имени донья Исабель де Меркадо, от которой у него родилась дочь, названная Франсиской Писарро Меркадо.

У Эрнандо Писарро имелось завещание, написанное его братом Франсиско в 1539 году, по которому он оставлял свое состояние двум своим самым старшим законным детям, Франсиске и Гонсало. А так как Гонсало умер, Франсиска становилась наследницей огромного состояния маркиза. Она была также красивой метиской, и Эрнандо не колебался. Он отослал своего племянника Франсиско жить со своими тетками в Трухильо; бросил безутешную Исабель де Меркадо, которая ушла в монастырь, и в середине 1552 года женился на своей юной племяннице, не смущаясь ни степенью родства, ни тридцатитрехлетней разницей в возрасте, ни своим тюремным заключением. Франсиска переместилась на мягкое ложе в тюрьме Ла-Мота и в течение девяти лет разделяла с мужем его заключение. В течение этого времени она родила пятерых детей, трое из которых выжили, это были Франсиско, Хуан и Инес.

Наконец, в мае 1561 года Филипп II выпустил из тюрьмы Эрнандо Писарро, у которого в его шестьдесят лет здоровье было уже слабым. Он и Франсиска вернулись в Трухильо и немедленно начали строительство на главной площади великолепного Дворца конкисты. Он до сих пор стоит на площади Трухильо, но сейчас его занимают несколько бедных семей. Один угол этого дворца украшен скульптурой. В скульптурную группу включены бюст пожилого Эрнандо Писарро, низкородного, но могущественного старика с длинной широкой бородой; бюст принцессы инков Инес в европейском платье и голова ее дочери Франсиски, унаследовавшей высокие скулы своей матери. А над ними — гигантский, вырезанный в камне герб Франсиско Писарро, на котором изображены фигуры покоренных индейских правителей, скованных цепью.

Эрнандо вышел из тюремного заключения ожесточившимся стариком, чья блестящая карьера рухнула из-за того, что по отношению к нему, как он считал, была допущена несправедливость. Все, что ему оставалось делать, — это укреплять свое колоссальное состояние. Он, наконец, сделал достоянием гласности завещание своего брата, но постарался скрыть те его положения, в которых говорилось о благочестивых или благотворительных пожертвованиях. Он дал инструкции своим агентам в Перу добиваться погашения всех долгов и получения всех доходов, полагающихся ему или его жене. Он начал приобретать собственность, фермы и сады в Трухильо и вокруг него. Он и Франсиска даже дерзнули подать прошение королю о возмещении 300 тысяч песо, которые, по их утверждению, отец Франсиски потратил на подавление восстания Манко, и о предоставлении 20 тысяч индейцев-вассалов, обещанных Франсиско Писарро королем, когда ему даровали титул маркиза. Королевская власть ответила на это назначением в Совет по делам Индий финансового агента, который должен был дать отпор преувеличенным требованиям. Этот финансист предпринял расследование, в ходе которого свидетели подтвердили своими показаниями каждое преступление, грабеж или оскорбление, которые когда-либо приписывались братьям Писарро или были выдуманы с целью очернить их. Эрнандо немедленно выдвинул контрвопросы в поддержку своих требований, и схожие допросы были проведены в Перу. Дело затягивалось, но королевская власть так и не заплатила: спустя многие десятки лет потомкам Эрнандо Писарро был дарован дворянский титул в обмен на то, чтобы этот иск был отозван.

Состояния других членов клана Писарро также остались внутри семьи. Шестнадцатилетний сын маркиза Франсиско женился в 1556 году на своей кузине Инес, единственной оставшейся в живых наследнице Гонсало Писарро. Эта супружеская пара была далеко не так богата, как Эрнандо и Франсиска, так как большая часть состояния Гонсало Писарро была конфискована, когда его казнили, а младший сын маркиза так и не был признан законным. Их усилия оспорить права Франсиски на наследство были тщетны. И этот брак был недолгим, так как юный Франсиско умер в 1557 году; его жена Инес два года спустя вышла замуж за одного из первых конкистадоров Франсиско де Инохоса.

Восстание колонистов и односторонняя декларация независимости, объявленная Гонсало Писарро, почти не помешали движению реформ, которые расцвели при Бартоломе де Лас Касасе. «Новый закон», который запрещал королевским чиновникам и церковным орденам быть владельцами энкомьенд, вызвал противодействие этих слоев администрации колоний. Этот и другие «Новые законы» были отменены. Но другие остались в своде законов, а многие повторялись, особенно те, которые осуждали жестокость, рабство и личную зависимость. Движение реформ продолжало получать поддержку большей части духовенства.