Инка Паулью оказал президенту Гаске теплый прием, когда тот вошел в Куско. Паулью был по-прежнему верен испанцам вообще, но ему было нелегко пережить десять лет гражданских войн, которые вели его друзья-европейцы. Только безошибочное чутье политика давало ему возможность переходить на другую сторону, когда это было необходимо. Ни разу, ни на мгновение в течение этих бурных лет Паулью не выходил из милости ни у одного из правивших на тот момент в Куско испанцев — прекрасная характеристика даже для такого мастера политического оппортунизма.

Паулью сыграл незначительную роль в коротком восстании Диего де Альмагро-младшего, хотя, возможно, он и посылал армию индейцев для того, чтобы воевать вместе со сторонниками Альмагро в Чупасе. Он просто растаял от похвалы победившего губернатора Ваки де Кастро, который особенно гордился своей собственной ролью в обращении Инки в христианскую веру. Вице-король Нуньес Вела прибыл в Перу со специальным предписанием оказать покровительство Паулью, и Гутьерес де Санта Клара, хронист, находившийся в то время в Куско, утверждал, что в начале мятежа колонистов Паулью поддерживал вице-короля. Но когда Гонсало Писарро занял город, Паулью без труда направил свою преданность в другое русло. Губернатором провинции в Куско при Гонсало Писарро был Алонсо де Торо, старый друг Паулью и один из самых льстивых свидетелей «Доказательств» 1540 года; поэтому Паулью велел своим подданным оказывать помощь восставшим в охране дороги, ведущей на побережье. Эта блокада была настолько эффективна, что вскоре вице-королю в Лиме перестали поступать сведения о перемещениях Писарро в горах. Двоюродный брат Паулью Кайо Топа также передвигался с армией повстанцев.

Но после появления и успешного продвижения вперед Гаски Паулью чутко уловил, что роялисты снова одерживают верх. И вот последовал еще один крутой поворот. Немедленно после высадки королевского посланника в Перу Паулью послал ему сообщения с выражением ему своей поддержки, но при этом сумел сохранить свою инициативу в секрете от мятежников, занимавших Куско. Зять Паулью Педро де Бустинса, муж самой влиятельной принцессы из королевской династии инков Беатрис Уайльяс, или Киспике, охранял для Гонсало Писарро высокогорную королевскую дорогу инков. С ним был отряд индейцев под командованием Кайо Топы и еще одного вождя, «потому что касики и индейцы питают к ним большое уважение». Очевидно действуя по указанию Паулью, эти индейцы не предупредили Бустинсу и его людей о приближении передового отряда Гаски, так что мятежники были взяты в плен и казнены. После этого, в ноябре 1546 года, Кайо Топа поступил на службу в королевскую армию в Уаманге и прошел вместе с ней до конца военной кампании. Короче, Паулью «многое делал для президента [Гаски], хотя он и находился вместе с мятежниками в Куско». Когда наконец Гаска разгромил Гонсало Писарро и занял Куско, авторитет Паулью был велик как никогда: он был «человеком огромного мужества, ума и энергии, который пользовался любовью индейцев повсюду».

Инка Манко не вмешивался напрямую в ход гражданских войн, но он пристально следил за развитием событий. После того как в Чупасе Вака де Кастро нанес поражение Диего де Альмагро-младшему, он казнил многих мятежников, включая Педро де Оньяте, бывшего опекуна Титу Куси. «Ров под эшафотом в Уаманге был наполнен телами казненных. Это доставило большое удовольствие наблюдателям из числа индейцев, хотя они были немало поражены тем, что — подумать только! — многие из жертв были военачальниками и людьми, занимавшими важные посты. Весть обо всем этом они принесли в Виткос своему королю Инке Манко Юпанки».

Молодой Диего де Альмагро скрылся в Куско вместе с одним из убийц Писарро по имени Диего Мендес «в надежде найти убежище у Инки Манко», который симпатизировал сторонникам Альмагро. Но Мендес не смог отказаться от прощального свидания со своей любовницей, и эта задержка привела к тому, что беглецов схватили. Городской совет Куско сообщил, что группа горожан поскакала во весь опор вдогонку за Диего де Альмагро и семью или восемью его самыми главными сообщниками. Они перехватили их в долине Юкай в 25 милях от города и взяли их в плен «с большим трудом». «Альмагро был полон решимости присоединиться к Инке, чтобы собрать там всех своих сторонников-испанцев, каких только сможет». Вероятно, было удачей для Манко, что молодой Альмагро не добрался до него: армия испанцев, несомненно, отправилась бы в погоню за такой серьезной добычей. Пленные изменники были доставлены назад в Куско. Диего де Альмагро был казнен спустя всего лишь четыре года после своего отца, а Диего Мендесу сохранили жизнь, оставив в тюрьме в Куско.

Инка Манко был огорчен сначала смертью Альмагро, а теперь смертью его сына. Поэтому он стал оказывать теплый прием всем беглецам из числа потерпевших поражение сторонников Альмагро, бежавших в Виткос. Вскоре и сам Диего Мендес сумел скрыться из Куско и присоединиться к Инке. Это был человек с положением, единокровный брат удалого Родриго Оргоньеса, который чуть не схватил Манко в 1537 году, владелец богатого поместья в Асангаро и один из основных командиров Диего де Альмагро-младшего. Шестеро других испанцев также нашли убежище в Виткосе в сентябре 1542 года. Это были Гомес Перес, Франсиско Барба, Мигель Корнехо, некий Монрой и еще двое. Манко был рад видеть этих европейцев при своем дворе. По его просьбе они обучали его людей обращаться с захваченным испанским оружием. Сам он при обороне Ольянтайтамбо и в бою с капитаном Вильядиего скакал на коне. Он хорошо понимал, какое важное значение имеет для его людей обучение испанским приемам ведения боя: ведь только таким способом они могли надеяться оказывать действенное сопротивление. Беглецы также обучили Манко искусству верховой езды и стрельбе из аркебузы.

Инка старался сделать пребывание беглецов как можно более комфортабельным на труднодоступных горных отрогах Виткоса. Его сын Титу Куси писал: «Мой отец приказал, чтобы у них были дома, где они могли бы жить. В течение многих дней и лет они были рядом с ним, и он хорошо с ними обращался и давал им все, что им было нужно. Он даже приказал своим женщинам, чтобы они готовили для них еду и питье, принимал пищу вместе с ними и относился к ним, как будто они были его родные братья».

Присутствие Манко в Вилькабамбе все еще представляло собой угрозу безопасности Куско и дороги в Лиму. Городской совет Куско сообщил королю, что они не решаются посылать всех жителей воевать в Чупасе: 200 человек были оставлены в Куско для защиты города, «что было совершенно необходимо, потому что во время этих беспорядков Инка Манко подходил к городу, и были подозрения, что он нападет на него».

Когда Вака де Кастро завершил подавление мятежа Альмагро, он переключил свое внимание на Манко в надежде добиться его добровольной сдачи дипломатическими средствами. Вака де Кастро сделал попытку примирения и послал Манко в подарок отрез парчи. Манко в ответ отправил посольство «из двух или трех своих главных военачальников» вместе с предназначенными в подарок попугаями. Вака де Кастро сказал посланцам, что король Карл предоставил Инке охранное свидетельство и прощает его; он также повелел выделить Манко хорошее поместье и хорошо с ним обращаться, если тот выйдет из своего укрытия. Губернатор чувствовал, что переговоры «протекают очень напряженно», в значительной степени «потому, что маркиз Писарро и его братья мертвы — ведь он боялся их и из-за того, что он убил Хуана Писарро, и по другим причинам… [Посланцы Манко] не пожелали уезжать прежде, чем увидят, что я вошел в Куско, потому что они из тех людей, которые оценивают смелость и репутацию того, кто правит. Когда они увидели, как прекрасно все было исполнено, они стали чрезвычайно почтительны». Манко запросил пять поместий в определенных местах, и к концу 1542 года было фактически достигнуто соглашение, что он выйдет из своего укрытия, если они ему будут предоставлены. Но из этого ничего не вышло. Возможно, Манко отговорили от этого шага его гости, сторонники Альмагро, чьим жизням стала бы угрожать опасность, если бы их хозяин сдался. Или, может быть, Вака де Кастро, которого больше занимало крещение Паулью, потерял к этому интерес или почувствовал, что Манко просит слишком многого.