Очевидно, Манко соблазняла перспектива возвращения в Куско в качестве правителя. Его шансы на это еще больше возросли, когда в мае 1544 года прибыл первый вице-король Перу дон Бласко Нуньес Вела и первые четверо судей Аудиенсии в Лиме. Вице-король был послан с целью проводить в жизнь «Новые законы», которые обещали коренному населению новое место в колониальном обществе. Это был еще один чиновник, только что из Кастилии, который не был предан ужасным братьям Писарро. Семеро беглецов, сторонников Альмагро, также воспрянули от этой вести о прибытии вицекороля: они надеялись, что он, возможно, будет расположен к ним более снисходительно, чем до этого был Вака де Кастро. Прежде чем предпринять что-либо в этой новой ситуации, Манко посоветовался со своими испанскими компаньонами. «Отведя в сторону Диего Мендеса, он попросил его объяснить ему ясно и без утайки, кто такой этот великий и могущественный человек, который прибыл в Лиму, достаточно ли он силен, чтобы защитить себя от Гонсало Писарро, и останется ли он в качестве всеобщего правителя королевства». Ответы Мендеса звучали обнадеживающе по всем этим пунктам, и было решено составить письмо вице-королю с просьбой о помиловании самого Манко и семерых испанцев, находящихся вместе с ним, по получении которого они тихо-мирно выйдут на испанскую территорию Перу. Гарсиласо де ла Вега писал, что в Лиму отправилось посольство с таким письмом. Оно было принято вице-королем и возвратилось с обещаниями помилования.

А тем временем Гонсало Писарро оккупировал Куско и готовился к открытому мятежу. Он использовал Манко в качестве предлога, для того чтобы поднять армию и объявить себя ее главнокомандующим. Армия должна была выступить против восставшего Инки, и ее единственно возможным командиром был «Гонсало Писарро, потому что он такой великий воин, у него столько храбрости и опыта ведения войны; и потому что Инка страшно боится его». Писарро конечно же и не собирался наступать на Вилькабамбу. Он устроил так, что группа его сторонников захватила оружие, оставшееся после сражения у Чупаса, которое все еще хранилось в Уаманге, а затем выступил по направлению к Лиме, забрав практически всех лошадей и большую часть годных к военной службе мужчин в Куско. Вскоре лишенный защитников город охватил страх того, что войска Манко движутся по направлению к нему, а советником у них — Мендес. Такое могло быть в действительности. Лазутчики Манко проинформировали бы его о том, что Гонсало Писарро вывел из города основную часть горожан, чтобы начать новую гражданскую войну. Возможно, он мечтал о том, что судьба подарит ему еще один шанс, чтобы занять свою столицу, и «такая большая армия, какую они смогли собрать», приблизилась к деревням неподалеку от Куско. Гонсало Писарро увел всех лошадей. Поэтому перепуганные муниципальные власти распорядились, чтобы на площади собрали всех кобыл и чтобы туда пришли все мужчины, включая священнослужителей. Самое главное для них было сидеть на лошадях, так как «нет крепости для отражения ярости индейцев, равной испанцам, сидящим верхом на лошадях». Войско индейцев опустошило район в 20 милях от Куско, но отступило, не пытаясь напасть на город. Возможно, они предприняли только карательный рейд на Каруарайко, главу общины в Котамарке, который, по слухам, готовил заговор с целью убить Манко и самому стать Инкой.

Беглые сторонники Альмагро испытывали скуку и беспокойство в своем убежище, расположенном в джунглях с влажным климатом. Их приободрил благоприятный ответ, полученный от вице-короля, и им придала еще больше смелости весть о том, что вице-король заключил под стражу их врага Баку де Кастро и собирался схватиться с Гонсало Писарро, братом человека, которого они убили. Возможно, они также вели переписку с Алонсо де Торо в Куско, который посоветовал им, что их шансы на прощение несравнимо увеличатся, если они смогут избавиться от Инки. Они решили убить Манко, «так как, без сомнения, вице-король простил бы их за такую выдающуюся услугу и наградил бы их». Мендес предложил, чтобы убийство произошло до того, как войска Манко вернутся со своей вылазки в окрестности Куско. Служанка-индианка Франсиско Барбы подслушала заговорщиков и тщетно пыталась предупредить Инку. Манко не обратил на это внимания. Инка надеялся, что вернет себе бразды правления в Куско при вице-короле или что его государство в Вилькабамбе сможет получить суверенитет, если он поможет роялистам в борьбе с мятежниками Писарро. Но надеждам как Инки, так и его гостей было суждено разбиться вдребезги из-за еще одного предательства со стороны испанцев.

Когда семеро беглецов появились в Виткосе, военачальники Манко хотели убить их немедленно. Это Инка позволил им остаться в живых и находиться у него в качестве гостей при условии, что их лишат оружия. Он, бывало, играл с ними в различные игры, и его любимым времяпрепровождением было метание в цель лошадиных подков. Этим они и развлекались, когда Диего Мендес внезапно вытащил спрятанный кинжал. Он навалился на Инку сзади в тот момент, когда тот собирался метнуть подкову. Мендес с товарищами нанесли несколько колющих ударов человеку, чье гостеприимство когда-то спасло им жизнь. В это время девятилетний Титу Куси находился со своим отцом и позднее писал: «Мой отец, чувствуя, что ранен, пытался защитить себя, но он был один и невооружен, а их было семеро вооруженных мужчин. Весь израненный, он упал на землю, и они посчитали его за мертвого. Я был всего лишь ребенком, но, видя, как обращаются с моим отцом, я хотел подойти и помочь ему. Но они в ярости обернулись ко мне и метнули в меня копье, которое едва не убило и меня насмерть. Я был страшно напуган и спрятался в зарослях. Они искали меня, но им не удалось меня найти». Слуги прибежали к истекающему кровью Инке, но спустя три дня он умер. Его убитые горем подданные забальзамировали тело Манко и перевезли его из Виткоса в Вилькабамбу.

А испанцы-убийцы подбежали к своим лошадям и во весь опор поскакали по дороге в Куско. Они ехали всю ночь, но, не заметив тропинки, ведущей через заросшие лесом горы, они остановились в большом доме с соломенной крышей. Индейцы в Виткосе тем временем отправили бегунов, чтобы предупредить войско, направляющееся в Котамарку. Бегуны встретили его, когда оно возвращалось вместе со своими пленниками. Римачи Юпанки с отрядом лесных лучников повернул назад и схватил испанцев на лесной тропинке. Кого-то из убийц стащили с коней; другие отступили к дому, но индейцы навалили хвороста у входов и подожгли его. Тех убийц, которые не сгорели в огне, закололи копьями или подстрелили, когда они выбегали из пылающего дома. «Всем им пришлось умереть очень жестокой смертью, а некоторые сгорели».

Так закончил свои дни Инка Манко. Воин-герой, который столько раз противостоял армии испанцев и скрывался от своих преследователей, стал жертвой испанского вероломства. Он получил удар кинжалом в спину от людей, чьи жизни он пощадил и которые пользовались его гостеприимством в течение двух лет. Это были те же самые люди, которые закололи его врага, Франсиско Писарро. Смерть Манко была трагической потерей для коренного населения Перу. Он был единственным принцем королевского дома инков, чье происхождение и упрямое мужество пользовались уважением в равной степени как у испанцев, так и у индейцев. С падением братьев Писарро Манко, несомненно, мог бы вести переговоры о возвращении в оккупированное испанцами Перу на выгодных для себя условиях. Но, будучи неукротимым патриотом, он, возможно, предпочел бы править в своем крохотном, но независимом государстве инков в Вилькабамбе.