В это время в защиту испанской конкисты стал выступать ученый-гуманист под стать самому Лас Касасу. Хуан Хинес де Сепульведа в 1547 году написал научный трактат, в котором излагались убедительные аргументы в поддержку завоеваний в Вест-Индии. Сепульведа был большим знатоком трудов Аристотеля и основывал свои аргументы на древнегреческой идее о том, что некоторые люди — рабы по своей природе. Его работа получила восторженную поддержку в Совете по делам Индий и была представлена на рассмотрение Совету Кастилии. Епископ Лас Касас вернулся из поездки в свою епархию в Гватемале как раз вовремя, чтобы не допустить ее публикации. Трактат был предложен на изучение двум университетам, которые объявили, что он основывается на вредной теории. Лас Касас и его последователи обладали такой властью, что им удалось запретить все книги, написанные Сепульведой в оправдание конкисты, на всей территории Испании и в Вест-Индии, хотя некоторые из них были опубликованы в Риме.

Споры разгорались. Лас Касас представил работы, в которых доказывал, что все завоевательные походы были несправедливыми и должны быть прекращены. Он говорил, что единственный способ, с помощью которого испанская корона может завладеть Америками, не подвергая опасности надежду короля на спасение его души, — это обратить индейцев в христианскую веру, после чего они станут верными подданными Испании. Вооруженное вторжение было явно не самым убедительным способом достичь этого. Король был обеспокоен. В апреле 1547 года королевская власть издала предписания, регламентирующие проведение экспедиций и завоевательных походов: оружие должно было применяться только для самообороны, а за все продовольствие и другие припасы нужно было платить. В том же году, но несколько позже, Совет по делам Индий посоветовал королю собрать богословов, чтобы решить, «каким образом следует проводить завоевательные походы, „…“ чтобы они были справедливыми и не отягощали совесть». И вот 16 апреля 1550 года король Карл издал приказ, чтобы все завоевательные походы в Новом Свете прекратились, пока собрание богословов не решит, как их следует вести. Это был необычный ход. «Вероятно, никогда раньше не было такого, чтобы могущественный император — а в 1550 году Карл V был самым сильным монархом в Европе, обладающим к тому же заморской империей, — находясь на гребне своей власти, приказывал бы прекратить свои завоевательные походы, пока не будет решено, справедливы ли они».

Жаркие дебаты на темы нравственности шли в присутствии десяти членов Совета по делам Индий и Совета Кастилии и четырех монахов, двое из которых были общепризнанными противниками завоевательных походов. Лас Касас предстал перед ними в Вальядолиде, когда наступил жаркий август 1550 года. Он подготовил трактат на латинском языке объемом 550 страниц, который он стал зачитывать пункт за пунктом в течение последующих пяти дней. Судьи слушали, пытаясь в такую жару сосредоточиться на его хвалебной речи в адрес индейцев и их достижений. Он был страстно убежден, что у всех народов в мире одинаковые желания и чувства. Индейские племена не были рабами от природы: Аристотель просто хотел сказать, что в каждом обществе есть небольшое количество людей, которые являются рабами по своей природе.

Затем перед ошеломленными судьями выступил Сепульведа. Он не заявлял, что испанцы — это сверхлюди, хотя он доказывал, что испанская цивилизация XVI века была вершиной достижений человечества. Он также не приветствовал колониальные войны ради расширения территории — такие войны прославились в более поздние века, а испанцам в XVI веке они были отвратительны. В те времена всем хотелось, чтобы война была «справедливой», и предпочтение отдавалось слову «умиротворение», а не «завоевание». Сепульведа доказывал, что путем послушания и подражания своим испанским хозяевам индейцы смогут обрести манеры и религию и забудут свое жестокое идолопоклонство. Так как индейцы были от природы грубыми людьми, было правильным, чтобы они служили более утонченным испанцам.

Ни Лас Касас, ни Сепульведа не пытались делать различия между разнообразными племенами и обычаями индейцев. Поэтому их аргументы были неубедительными, и судьи не могли прийти ни к какой четкой точке зрения даже после того, как их созвали снова в 1551 году и добивались от них решения в течение последующих лет. Но на самом деле выиграл праведный фанатик Лас Касас, так как книги Сепульведы так и остались неопубликованными, тогда как Лас Касас продолжал сыпать своими провокационными трактатами до самой своей смерти в 1566 году. В течение всего века крайне проиндейские взгляды Лас Касаса распространялись по Испании и ее колониям в Индиях. Они также имели хождение и в остальной части Европы, так что этот необычный пример дискуссии на тему просвещенной морали способствовал возникновению легенд о жестокостях испанцев. Но в самой Испании в ходе этих споров было установлено, что индейцы — такие же люди, имеющие права любого гражданина: на собственность, гражданскую свободу, человеческое достоинство и христианское вероисповедание.

В сороковые годы XVI века в Испании вел активную деятельность еще один высоконравственный мыслитель. Член доминиканского ордена правовед Франсиско де Витория занимался изучением законных оснований передачи папой обеих Америк в дар королям Испании и Португалии. Аргументы Витории не были такими громогласными, как аргументы Лас Касаса, но его репутация заметно возросла с момента его смерти в 1546 году. Сейчас он признан основателем международного права. Витория был первым, кто стал утверждать, что этот дар папы не имел временных координат в качестве разрешения на завоевание Америк. Ни папа, ни император не были в то время властелинами всего мира. Они не могли вытеснить истинных владык над народами Америки просто потому, что индейцы отказались признать власть папы или принять веру. Витория доказывал, что испанцы имели право приплыть в Америку, жить там и проповедовать веру. У них было право вступать в союзы по инициативе индейских правителей, и они могли смещать правителей, если это было необходимо для спасения невинных жизней, которым угрожал этот правитель. Они могли браться за оружие, чтобы защитить свою свободу проповедовать веру. Но ни при каких обстоятельствах они не имели права воевать ради личной выгоды.

Сам Лас Касас теперь повернул от всеобщего человеколюбия к политическому мышлению, создав в 1553 году трактат, в котором пришел к заключению, что испанцы не имели права оккупировать земли естественных владык в обеих Индиях. В отличие от Витории Лас Касас считал, что дар папы мог иметь временную юридическую силу. Но единственной целью папы при этом было распространение христианства, что лучше всего можно было бы осуществлять при помощи назначенных местных правителей. Военное превосходство, безусловно, не было оправданием испанского завоевания, и завоеватели не имели права на то, что они отняли у индейцев. Следовало все вернуть до последнего пенни, даже если это означало бы борьбу с энкомендерос.

Все эти теоретические выкладки были далеки от реальной жизни в Перу, хотя они и способствовали непрекращающейся законодательной деятельности королевской власти от имени индейцев. Они также повлияли на отношение испанцев к королевскому дому Инков. Здесь существовал ряд противоречий. Многие испанцы презирали индейцев и смотрели на марионеточных правителей инков как на экзотические анахронизмы ушедшей цивилизации, не более чем временное средство для достижения их целей. Эти же самые конкистадоры ничего не делали для того, чтобы задержать разрушение уклада жизни, существовавшего до конкисты. Но дебаты на тему справедливости права Испании на обе Индии и насчет прав индейских «владык от природы» укрепили позиции знати инков. Теперь, когда господство Испании в Перу стало прочным, власти захотели расположить к себе оставшихся в живых Инков из-за смешанного чувства вины, законной правоты и ощущения истории. Именно в это время испанские хронисты переписали заново историю смерти Атауальпы и Манко в поисках козлов отпущения или законного их оправдания, избегая допускать мысли о том, что имела место хорошо рассчитанная политическая выгода. В начале конкисты испанцы придавали слишком большое значение справедливости свержения «узурпатора» Атауальпы в пользу «законных» членов королевской фамилии инков. Все это привело к неожиданным неприятным последствиям, когда поднял восстание «законный» Инка Манко, а испанцы так до конца и не смогли убедить себя в том, что титул Паулью был в равной степени законным. Теперь, когда и Манко, и Паулью скончались, испанские власти попытались привлечь на свою сторону их потомков. Гаска обеспечил средства к существованию сыну Паулью Инке Карлосу; но все, начиная от короля Испании, хотели расположить к себе непокорных сыновей Манко в Вилькабамбе.