Большевики не могли выиграть Гражданскую войну без сравнительно хорошо дисциплинированных военных сил. Однако сложности создания такой армии были огромными. Страна была опустошена, люди устали от борьбы, а укоренившиеся привычки и идеология большевиков мешали им решить свои военные задачи. Они всегда считали армии и милитаризм одними из наиболее опасных врагов революции. На протяжении 1917 года они использовали любую возможность внести вклад в разобщенность армии, поощряя желание крестьян вернуться домой и отстаивая такие утопические и подрывные идеи, как выборы командного состава. Они слишком хорошо преуспели. Когда-то могущественная армия, крупнейшая из тех, что когда-либо видел мир, прекратила существование как военная сила. После своей победы большевики смогли рассчитывать только на мизерные отряды партизанского типа, которые были полезны против почти не существующей контрреволюции, но которые были беспомощны при столкновении с регулярными военными силами.

Троцкий быстро расстался с иллюзиями. Он стал комиссаром по военным делам в марте 1918 года и немедленно приступил к созданию регулярной армии. Он основывал свою политику на убеждении, что Красной армии, прежде всего, требуются организация и дисциплина. Он намеревался истребить партизанщину (партизанские приемы ведения войны), метод борьбы, к которому он чувствовал личную ненависть.

Когда Чехословацкий легион восстал против большевиков в мае 1918 года, быстро стало ясно, что Красная армия не может привлечь достаточного количества добровольцев. Во всей огромной стране было не более 200 000 солдат, сражавшихся в неорганизованных, партизанского типа отрядах, которые имели исключительно низкую военную ценность. Через несколько дней после восстания чехов большевики объявили мобилизацию. Набор в армию сначала распространялся только на рабочих, затем на бедных крестьян и наконец на всех крестьян, за исключением размытой категории кулаков. Кулакам, наряду со своим городским эквивалентом, буржуазией, вместо этого приходилось служить в трудовых батальонах. Армия быстро росла. К середине сентября в строю у красных было 452 000 человек, а к концу Гражданской войны — пять миллионов. Даже несмотря на то, что в Красной армии было непропорционально много, по сравнению с их процентом в населении страны, рабочих, и они несли большие потери в живой силе, подавляющее большинство солдат было из крестьянства. Сначала в армию призывали только тех крестьян, у кого был боевой опыт в Мировой войне, но вскорости пришлось обратиться к тем, кто в то время был слишком молод, чтобы воевать. Поскольку в условиях Гражданской войны они получали небольшую подготовку, военная ценность молодых крестьян была незначительной.

Даже более сложной задачей, чем призыв крестьян, было обеспечение армии командным составом. Примечательно, как быстро Троцкий обнаружил единственно возможное решение и затем неуклонно его придерживался, несмотря на сложности и противостояние, с которыми он столкнулся. Он без колебаний отменил принцип выборов офицеров и решил воспользоваться услугами квалифицированных людей — тех, кто уже служил царю и Временному правительству. В ноябре 1918 года в Красной армии служили примерно 22 315 бывших царских офицеров. К концу Гражданской войны эта цифра составляла почти 50 000. Кроме того, большевики получили огромное преимущество от службы более чем 200 000 человек, которые участвовали в Первой мировой войне как сержантский состав.

Пролетарское государство предпринимало громадные усилия по обучению «красных командиров»; бывший сержантский состав и даже рядовые второпях проходили экспресс-курсы и отправлялись на фронт командовать батальонами. Однако их никогда не хватало. В конце 1918 года две трети офицеров получили подготовку в старой армии, и даже в конце Гражданской войны их процент не упал ниже 5018. Даже эти цифры преуменьшают значимость вклада хорошо обученных офицеров, поскольку более высокие должности, где принимались жизненно важные стратегические решения, были почти целиком заполнены этими людьми. Без их практического опыта Красная армия никогда бы не смогла разбить врага.

Очень немногие из офицеров были добровольцами; большинство из них заставили служить под угрозой наказания. В таких условиях большевики имели основания бояться предательства. Действительно, многие из офицеров при первой возможности переходили на сторону врага. Троцкий пытался снизить опасность, предоставляя хорошие условия работы тем, кто служил верой и правдой, беспощадно наказывая виновных и введя новую должность политического комиссара. В момент, когда в российской армии впервые появились комиссары, когда у власти стояло Временное правительство, они закреплялись только за крупными военными подразделениями, такими как фронт и армии. После ноября 1917 года комиссары получили новые обязанности и направлялись в каждую воинскую часть вплоть до уровня роты. У них было две основные функции: курировать работу военных специалистов и организовывать пропаганду среди солдат. На первых стадиях Гражданской войны политические комиссары подписывали оперативные распоряжения командования и таким образом создавали систему двойного командования. В начале 1919 года Троцкий упразднил эту систему и освободил комиссаров от непосредственной ответственности за чисто стратегические решения. Новая система вела к дублированию и недоразумениям. Как комиссар должен был предотвращать предательство, если он не мог вмешиваться в военные решения? Однако эти люди, в большинстве своем простые рабочие и крестьяне, сыграли решающую роль в победе в Гражданской войне. Их неустанная агитация против «белогвардейских монархистов» и «контрреволюционеров» действительно поднимала моральный дух войск.

Военная политика Троцкого и прежде всего привлечение им на службу царских офицеров привели к жестокому расколу большевистской правящей верхушки. Некоторые возражали против воссоздания организованной и дисциплинированной армии по либертарианским мотивам. Другие считали унизительным, что те же самые люди, против которых боролась революция, сейчас снова оказались на влиятельных и ответственных постах. Ленин поддерживал Троцкого, так что комиссар по военным делам добился своего, однако сам Ленин оставался в стороне от повседневной борьбы. Наем царских офицеров был политикой Троцкого, и именно ему пришлось нести бремя ответственности. И. В. Сталин, который летом 1918 года стал политическим комиссаром Южного фронта, возможно, из-за неприязни к комиссару по военным делам, защищал тех, кто сопротивлялся дисциплине и осуждал наем военных специалистов. Поскольку его противники были сильны, Троцкому не удалось провести свои реформы повсеместно в армии. Некоторые подразделения, преимущественно в удаленных регионах, оставались пораженными духом партизанщины, и их боеспособность оставалась исключительно низкой. Расхождения во мнениях между Троцким и его противниками проявлялись в большом количестве вопросов, как организационных, так и стратегических, и распри в рядах большевиков значительно ослабляли Красную армию.

Помимо нехватки квалифицированных и надежных офицеров, Красная армия страдала от нехватки снабжения и вооружения. В первый период Гражданской войны ситуация не была неблагополучной. Армия была еще относительно малочисленной, а склады прекратившей свое существование императорской армии были богатыми. Но армия росла, и поставки постепенно оскудевали. Напротив, белые начали получать значительную помощь из-за границы. Летом 1919 года, в период решающих сражений, ситуация с поставками превратилась в критическую.