В этих условиях выживание режима зависит от его способности организовать экономическую жизнь в стране достаточно хорошо, чтобы обеспечить армию необходимым. Большевики занимали главные центры российской военной промышленности: Тулу, Москву, Петроград и Царицын, но районы производства сырьевых материалов на Украине, и в особенности в Донецком бассейне, были заняты противником. Для обеспечения армии требовалось огромное организаторское мастерство. Большевики, сконцентрировав свои силы на этой жизненно важной задаче, преуспели. С апреля по декабрь 1919 года военные заводы производили ежемесячно в среднем 28,7 млн патронов. Тула, возможно, самый важный центр страны, увеличила ежемесячное производство с 16 000 ружей в апреле до 27 000 в декабре, а производство пулеметов за этот же период выросло с 325 до 4562 штук. Несмотря на эти огромные усилия, белые с помощью союзников обычно были лучше вооружены, чем красные в 1919 году.

Красная армия также страдала от недостаточной профессиональной организации, как минимум в течение первых месяцев своего существования. В сентябре 1918 года большевики предприняли важный шаг к исправлению этой ситуации. Троцкий возглавил новосозданный Высший военный совет, который нес ответственность за ведение боевых действий. В то же время И. И. Вацетис, бывший полковник императорской армии, стал главнокомандующим всеми вооруженными силами республики. По примеру царской армии красные войска были организованы в «армии» и «фронты». Бывший императорский офицер генерал П. П. Сытин принял командование Южным фронтом, который включал в себя 8-ю, 9-ю, 10-ю, 11-ю и 12-ю армии. 8-я, 9-я и 10-я армии сражались на Дону против атамана Краснова, а 11-я и 12-я в это время на Северном Кавказе противостояли силам Деникина. В силу проблем коммуникации и логистики подчинение 11-й и 12-й армий командованию Южного фронта было только теоретическим. В действительности эти две армии формировали отдельный фронт, а действия красных против Краснова и Деникина были плохо скоординированными.

Без реформ Троцкого Красная армия не смогла бы пережить трудный 1919 год. В январе кольцо вокруг удерживаемой Советами России почти полностью сомкнулось. Войска союзников находились в Мурманске и Архангельске; финская армия Маннергейма была резко враждебна по отношению к большевикам; новосформировавшиеся балтийские государства становились базами для интервентов и антибольшевиков; Польша Пилсудского только и ждала благоприятного момента атаковать и связывала большое количество войск красных; французы высадились в Одессе и в Крыму и угрожали перейти границы Украины, а в Сибири собирал войска адмирал Колчак. Юг был колыбелью антибольшевистского движения. Здесь крупнейшей военной силой была Донская казачья армия атамана Краснова. Добровольческая армия была все еще вовлечена в действия на Северном Кавказе, но у большевиков была причина бояться ее потенциального роста и мощи.

Против всех своих врагов большевики могли выставить только 380 000 человек. Большая часть Красной армии находилась на юге: 47 000 на Украине, 117 000 на Дону и 35 000 на Кавказе. Некоторые сражались с Колчаком, а остальные были стянуты на запад. Стратегические планы Троцкого предусматривали быструю оккупацию Украины, поскольку он боялся, что украинские националисты с помощью французов могут стать огромной опасностью. Ленин, с другой стороны, сначала хотел уничтожить Донскую армию, чтобы предотвратить коалицию восточных и южных контрреволюционеров. Итоговый компромисс никого не удовлетворил. Главное командование отправило подкрепление на Донской фронт, но недостаточно, чтобы одержать решающую победу. На Украине Красная армия достигла серьезных успехов и овладела всей территорией, но на востоке и на юге белые собирали силы и представляли собой все бо́льшую опасность.

На Юге России антибольшевистское движение по большей части находилось в руках генералов. Очевидно, что они воспринимали свои задачи в военных формулировках; их мечтой было ввести победоносную армию в Москву. Большинство из них было одаренными людьми в выбранной профессии. Они успешно создали армию, которая, несмотря на свой малый размер, была впечатляющей силой, и зачастую они были творческими и вдохновенными лидерами. Однако мечта ускользнула от них.

На первых стадиях Гражданской войны противоборствующие армии кардинально отличались. У большевиков под ружьем было относительно большое количество людей, но их силами плохо командовали, а их солдаты обращались в бегство при малейшем признаке сопротивления. Добровольческая армия, напротив, представляла собой небольшую группу офицеров, чей героизм был порожден отчаянием. По мере того как война продолжалась, эти различия постепенно исчезали. Большевики преуспели в насаждении определенной дисциплины среди своих людей, и в этих условиях единственным способом, которым Добровольческая армия могла избежать окончательного поражения, было создание крупной армии. Но тут были свои издержки: по мере того как численность армии росла, ее впечатляющая дисциплина, единство и воля к победе постепенно снижались.

Первый шаг в этом изменении был сделан в марте 1918 года, когда группа кубанских казаков присоединилась к небольшому подразделению офицеров. В этот момент делу белых требовались услуги одаренных и опытных бойцов, но в то же время были посеяны семена будущих жестоких разногласий, потому что политические идеалы и происхождение казаков и офицеров решительно отличались.

Следующим важным событием в преобразовании армии было введение воинской обязанности. Даже в первые месяцы своего существования армия время от времени вынуждала казаков и офицеров вступать в свои ряды, таким образом попирая принцип добровольной службы. Затем в августе 1918 года армия перестала быть добровольческой во всем, за исключением названия. В этом месяце Деникин набрал двухгодичные группы крестьян (почти полностью иногородних) и десятилетние группы казаков. Те, кто присоединился к армии и был связан только четырехмесячным контрактом, теперь имели выбор: они могли в семидневный срок покинуть территорию, контролируемую Добровольческой армией, или поступить на бессрочную службу. Большинство из них решило остаться. В результате призыва к середине сентября 1918 года у Деникина было от тридцати пяти до сорока тысяч солдат. В следующие месяцы армия не увеличилась в размере, поскольку новые призывники просто заменяли исключительно большие потери в живой силе, понесенные в боях.

В январе 1919 года Добровольческая армия объединилась с армией донских казаков. Поражение Германии подорвало положение атамана Краснова. Поражение его покровителей нанесло огромный удар по репутации, но более важно то, что иссякли его поставки, а отвод германских войск оставил западные рубежи Донского войска беззащитными. Быстрое ухудшение стратегической ситуации породило в казаках усталость от боевых действий. Краснов, который раньше считал Добровольческую армию более слабой и менее значительной, чем собственная, теперь не мог обратиться за помощью больше ни к кому, кроме своего соперника Деникина. Деникин воспользовался усилением своей позиции и в качестве цены за помощь ожидал подчинения. Союзники, у которых не было причин испытывать сочувствие к прогерманскому атаману, полностью поддержали командование Добровольческой армии. После нескольких тщетных попыток противодействия Краснов сдался, и 8 января 1919 года Деникин принял звание главнокомандующего новосформированных Вооруженных сил Юга России. В долговременной перспективе создание объединенной армии позволило более рационально использовать ресурсы, а Белое дело получило существенные преимущества; однако в краткосрочной перспективе стратегическая ситуация не только не улучшилась, но даже резко ухудшилась. Деникину пришлось принять на себя ответственность за увеличившийся в длине распадающийся фронт.