Вернувшийся в Болонью при поддержке французов правитель Бентиволья приказал убрать статую Юлия II. С помощью канатов четырёхметровая бронзовая скульптура работы Микеланджело была сброшена с постамента на землю, угодив в кучу специально сваленного навоза, и под радостные крики толпы разбита вдребезги. В своё время на её отливку пошёл главный колокол, снятый по приказу папы с колокольни собора Сан-Петронио, чего болонцы не могли простить Юлию. Обломки статуи были проданы феррарскому герцогу Альфонсу д’Эсте, который отлил из них мортиру, дав ей издевательское имя «Юлия» — большего оскорбления римскому понтифику трудно было нанести.

Узнав о предательском бегстве папского выдвиженца, герцог Франческо Мария делла Ровере, считавший себя верховным командующим папским войском, на которого возложена вся ответственность, а стало быть, право поощрять отличившихся в сражении и наказывать подчинённых за трусость и забвение воинского долга, решил судить изменника Алидози. Обвинив его в трусости и мародёрстве, он собственноручно заколол кардинала 24 мая 1511 года.

Эта весть повергла папу в бешенство, и он приказал лишить племянника-убийцу всех званий, регалий и отдать под суд. Поначалу Франческо Мария делла Ровере укрылся в Мантуе у тестя с тёщей, но по совету умных людей решил отправиться в Рим в сопровождении пользующегося авторитетом при дворе Кастильоне, который в письмах матери подробно сообщил о всех перипетиях. Правитель Урбино был помещён в одну из камер замка Святого Ангела. По просьбе папы судейскую коллегию возглавил кардинал Джованни Медичи. Рассмотрение громкого дела затянулось из-за внезапной болезни папы, вызванной нервным срывом и военными неудачами. Когда папа немного оправился, была созвана Консистория для рассмотрения совершённого преступления. Но выступивший на суде адвокат обвиняемого Филипп Бероальдо-младший доказал судейской коллегии, что Франческо Мария делла Ровере проявил себя как герой «во имя справедливости», а казнив изменника, защитил тем самым папу и престол. Члены суда согласились с такой оценкой, и урбинский герцог был помилован.

С идеей созыва собора в Пизе, чтобы низложить папу, ничего не вышло, и 3 мая 1512 года в римской базилике Сан-Джованни ин Латерано состоялось открытие Вселенского собора в присутствии шестнадцати кардиналов, семидесяти епископов, двенадцати патриархов и трёх предводителей главных монашеских орденов. Правая рука папы в вопросах теологии Эджидио да Витербо выступил с проповедью, вызвавшей резонанс в широких кругах. В ней, в частности, прозвучали такие слова, как руководство к действию: «Народ Божий отныне должен прибегать лишь к оружию милосердия и молитвы. Вера должна стать его защитной бронёй, а Божественное откровение его мечом».

Собор закончился триумфом Юлия II, и теперь, как полагал его главный советник Эджидио да Витербо, победа должна быть закреплена не только политически, но и идеологически посредством искусства, поддерживающего в народе религиозный дух. С этой целью он направился в мастерскую к Рафаэлю, передав ему и его команде пожелание папы, чтобы отныне их кисти, краски, рисунки и эскизы служили великой цели во славу Рима и Италии.

Вместе с Джулиано Медичи, прибывшим на собор, в Риме объявился Леонардо да Винчи. Он поселился в одном из помещений дворца Бельведер, о чём и поныне напоминает мемориальная доска. Младший из братьев Медичи, имевший склонность к наукам и искусству, стал покровителем Леонардо, дела которого не сложились в Милане, и ему пришлось во время наступления войска Людовика XII искать себе новое пристанище и влиятельных покровителей. Поначалу он остановился в Венеции, где не нашёл понимания своих смелых проектов. Воспользовавшись приглашением мантуанской маркизы Изабеллы д’Эсте, он вынужден был вскоре бежать от её докучливого и обременительного гостеприимства.

Судьба вновь свела трёх великих творцов в одном месте. Узнав о появлении Леонардо, которого давно боготворил, Рафаэль сразу же отправился навестить его. Он застал мастера за рабочим столом с колбами и зажжённой горелкой. У противоположной стены на мольберте стояла «Джоконда», всё ещё находящаяся в работе. Ученики расставляли книги по полкам, вынимая их из дорожных баулов. Леонардо заметно постарел — годы и житейские неурядицы наложили свой отпечаток, — но по-прежнему был бодр духом и весь в делах.

— Вы не поверите, мой друг, — сказал Леонардо, искренне обрадовавшись встрече, — сколько ещё неразгаданных тайн таит в себе природа. Хочу разгадать одну из них, хотя дело это очень многотрудное.

На следующий день Рафаэль робко предложил ему взглянуть на фрески в Станце делла Сеньятура. Леонардо с готовностью принял предложение и отправился туда вместе со своим новым учеником, прибывшим с ним из Милана.

— Это мой верный помощник Франческо Мельци, — представил он парня лет восемнадцати приятной наружности. — Прошу любить и жаловать, ибо он этого заслуживает несмотря на юный возраст.

После внимательного осмотра фресок Леонардо поздравил молодого коллегу с удачей, сказав при этом с грустью:

— Одно лишь замечание, если позволите. Теперь я не смог бы так высоко поднять правую руку, как это лихо сделал ваш Платон. Зато левая, как всегда, слава богу, меня не подводит.

Они не раз ещё встречались, и при каждой встрече Рафаэль узнавал много интересного и полезного. Но при дворе было немало разговоров, осуждающих знаменитого гостя за увлечение наукой, а его непонятные опыты с огнём или зеркалами пугали придворных. Об этом Рафаэлю рассказал друг Турини:

— Вы себе даже представить не можете, какие странные опыты он делает с летающими чучелами лягушек и прочими тварями! Всё это возмущает придворных, и они готовы пожаловаться папе. Мне постоянно приходится защищать великого творца от обвинений чуть ли не в колдовстве.

Во дворце пошли разговоры о связи знаменитого мастера с чёрной магией. Об этих опытах подробно поведал Вазари в своих «Жизнеописаниях», отметив, что Леонардо имел еретический взгляд на вещи, не согласный ни с какой религией, предпочитая, по-видимому, быть философом, а не христианином. Но во втором издании своего труда в 1568 году в разгар Контрреформации и гонений на инакомыслящих осторожный автор предусмотрительно изъял это крамольное суждение. А вот папский датарий Турини за проявленное понимание и поддержку опытов Леонардо стал счастливым обладателем двух его картин.

Работа в ватиканских станцах немного застопорилась, так как приходилось отвлекаться на другие дела. Друзья Со́дома и Перуцци окончательно покинули мастерскую, перейдя под начало сиенского банкира Киджи, для которого возводился дворец в районе Трастевере на набережной Тибра. Но оба постоянно обращались к Рафаэлю за помощью и советом, поскольку им предстояло расписать фресками дворцовые залы. Рафаэль не был на них в обиде за то, что они покинули его в разгар работы в станцах. Он прекрасно понимал, что молодым коллегам не терпелось, коль скоро представился счастливый случай, взяться за самостоятельную работу, чтобы полнее раскрыть свои творческие возможности. Ему вспомнилось, с каким неудовольствием он воспринял весть, что в Риме придется поработать в компании приехавших отовсюду разных художников, включая Перуджино. Такая перспектива его мало устраивала, и он не мог себе представить, как можно работать большой артелью, сколь ни сложна поставленная задача. Примером и оправданием для него служил Микеланджело, работавший в одиночку и сумевший почти без помощников расписать гигантский плафон Сикстинской капеллы.