В связи с быстрым продвижением немецких войск советское руководство стало принимать срочные меры по вывозу заключенных. Телеграмма: «НКГБ — тов. Мешик Минск, НКГБ — тов. Цанава Рига, НКГБ — т. Шустину Таллин, НКГБ — тов. Кумм Петрозаводск, НКГБ — тов. Баскакову Мурманск, УН КГБ — тов. Ручкину, Ленинград, УНКГБ — тов. Куприну. Предлагаю Вам: 1. Проработать вопрос о вывозе подавляющего числа арестованных, числящихся за НКГБ, НКВД, судом и прокуратурой. Сообщите общее количество имеющихся у Вас арестованных, с указанием — сколько, за какими органами числится и какое количество арестованных, по Вашему, следует вывезти. Арестованные будут вывезены в центральные и восточные районы СССР. Учтите, что вместе с арестованными будет направлено некоторое количество Ваших работников для ведения следствия по делам арестованных по новому месту их нахождения. 2. Примите меры к отбору из числа архивных дел наиболее важных, которые также должны быть Вами направлены в Москву, в адрес 1-го спец. отдела НКВД СССР. 3. Рассмотрите дела на всех имеющихся у Вас арестованных органами НКГБ и составьте списки на тех, которых Вы считаете целесообразным расстрелять. В списках укажите имя, отчество, фамилию, год рождения, последнюю должность или место работы перед арестом, а также краткое содержание обвинения, с указанием сознался ли арестованный. Указанные списки вышлите не позднее 23 июля. Меркулов. 23 июня 1941 г. № 2445/М. Москва».

В Литве, недалеко от населенного пункта Тельшяй, в лесу, найдены 74, по другим данным — 79 тел, которые опознаны как расстрелянные 24–25 июня 1941 г. заключенные тюрьмы Тельшяй. По одной версии, они были убиты сотрудниками НКВД, по другой — сотрудниками НКВД и военнослужащими РККА. В ряде источников указывается, что 26 июня 1941 г. НКВД уничтожил 400 человек заключенных и весь персонал тюрьмы вместе с семьями в колонии для заключенных в Правенешкес, в 12 км от Каунаса. Ряд современных латвийских источников, основываясь на изданных в 1942 г. в Риге работах Комиссии по расследованию зверств большевиков в Латвии под названием «Год ужасов» и «Обвинительные доказательства», указывают на то, что в Рижской тюрьме было расстреляно 78 заключенных (71). В Эстонии в ночь с 8 на 9 июля 1941 г. в тюрьме города Тарту было расстреляно 192 человека, в Лихула — 6, в Хаапсалу — 11, в Вильянди — 11, в Печорах — 6 человек (72).

Уже в первые часы войны тюрьмы в Перемышле и Бресте были обстреляны немецкой артиллерией, тюрьмы в ряде других приграничных пунктов подверглись авиаударам. Заключенные тюрьмы г. Брест, которая не была эвакуирована, начали грабить городские склады и магазины, «занялись пьянкой и приветствием вступления германских фашистских войск в город: «Да здравствует освободитель Гитлер» и т. д.». Часть охранников тюрьмы не успела уехать из города, и немцы отлавливали их с помощью заключенных и расстреливали на улицах (73).

Заместитель народного комиссара внутренних дел СССР Чернышов передал по телефону народному комиссару внутренних дел Белорусии Матвееву указание Берии о немедленной эвакуации тюрем. В этот же день ЦК КП(б) Белоруссии издал постановление о срочном приведении в исполнение приговоров в отношении заключенных, осужденных к высшей мере наказания. В условиях быстрого продвижения немецких войск и постоянного воздействия авиации на тыловые объекты, вызывавших панику и хаос, во многих местах этого сделать не удалось. Так 22 июня при эвакуации заключенных и задержанных из Перемышля 669 человек попали к немцам. В Самборе к немцам попал 181 заключенный, осужденный к расстрелу и задержанный «по контрреволюционным статьям». Во время эвакуации колонны заключенных, эвакуируемых в пешем порядке, подвергались налетам немецкой авиации и несли потери. Из 32 тюрем НКВД Белоруссии, функционировавших на 22 июня 1941 г., удалось провести эвакуацию лишь из 14. В результате в тюрьмы тыловых районов эвакуировано 9573 человека, «оставлено противнику» — 16 048 человек. Бежало в пути при бомбежке 775 заключенных, освобождено «налетом банды» — 76, расстреляно в тюрьмах — 530, незаконно расстреляно конвоем в пути — 714. Такая же обстановка сложилась в западных областях Украины.

23—24 июня 1941 г. НКГБ Украины передал указание в прифронтовые области о том, что «всех следственных и осужденных за контрреволюционные преступления по ст. 170 УК, по закону от 7 августа и лиц, совершивших большие растраты, расстрелять, а следственных и осужденных по другим статьям освобождать». С началом войны начали активно действовать вооруженные отряды ОУН, переброшенные ранее с немецкой стороны. Ими были предприняты попытки нападения на тюрьмы в Львове, Злочеве, Луцке, Дубно и других городах. Эвакуация сопровождалась большими потерями. Из 78 тюрем Украины в 1941 г. всего было эвакуировано 45 569 человек, расстреляно в тюрьмах — 8789, убито при попытке к бегству — 48 человек, расстреляно конвоем в пути при подавлении бунта и сопротивления — 123, незаконно расстреляно конвоем в пути — 55, оставлено немцам — 3536 заключенных (74).

Массовые расстрелы производились во внесудебном порядке НКВД и НКГБ. В официальных документах эти действия именовались как «разгрузка тюрем» или «убытие по 1-й категории». Расстрелы в основном проводились в тюрьмах, хотя известны случаи, когда это происходило при конвоировании. Наиболее массово такая практика применялась в западных областях УССР, в меньшей степени в БССР и эпизодически в Прибалтийских республиках, которые были быстро заняты немецкими войсками. Такие случаи имели место также в РСФСР и Карело-Финской ССР во время прорывов немцев.

Ужасная картина вырисовывается при ознакомлении с отчетными документами об эвакуации (данные А. Гурьянова — Польская комиссия общества «Мемориал» и А. Кокурина — Гос. архив Российской Федерации) (75): Из доклада начальника Тюремного управления НКВД УССР капитана госбезопасности Филиппова заместителю Народного комиссара внутренних дел СССР Чернышеву и начальнику Тюремного управления НКВД СССР капитану государственной безопасности Никольскому, от 12.06.1941 г.: «В отдельности по каждой области дело с эвакуацией заключенных обстоит в следующем виде: Львовская область: Из тюрем Львовской области убыло по 1-й категории 2464 человека, освобождено 808 заключенных, вывезено перебежчиков 201 и оставлено в тюрьмах 1546. Главным образом обвиняемые за бытовые преступления. Все убывшие по 1-й категории заключенные погребены в ямах, вырытых в подвалах тюрем, а в гор. Злочеве в саду. 27 июня при эвакуации тюрьмы г. Сам-бор — осталось 80 незарытых трупов, на просьбы нач. тюрьмы к руководству горотдела НКГБ оказать ему помощь в зарытии трупов — ответ был получен отрицательный. Станиславская область: По 1-й категории убыло 1000 человек. По заявлению нач. тюрьмы г. Станислава Гриценко погребение произведено за пределами тюрьмы в вырытой для этой цели яме. Часть 1 — й категории погребено на территории тюрьмы в яме. Тернопольская область: По состоянию на 22/IV — в тюрьме г. Тернополь содержалось 1790 чел. заключенных. Из этого количества 560 чел. убыло по 1-й категории. Погребение произведено в вырытых специально для этой цели ямах, однако часть — 197 человек — погребены в подвале НКГБ, мелко очень зарыты, операцию проводил нач. УН КГБ. В тюрьме г. Бережаны по состоянию на 28/VІ содержалось 376 чел. заключенных, убыло по 1-й категории 174 чел. Погребение произведено в расположении воинской части (старая крепость). Из общего количества убывших по 1-й категории осталось в подвале тюрьмы 20 человек, которых не успели вывезти, так как нач. райотдела НКГБ Максимов категорически отказал в предоставлении машин для вывоза трупов. Кроме того 40 чел. было вывезено на машинах к месту погребения, но не доехав к месту машины во время бомбардировки были разбиты и заключенные оставлены. В ночь на 30/VІ начальник тюрьмы, оперуполномоченный и 5 надзирателей возвратились для погребения заключенных, но началась снова бомбардировка и их успели только скинуть с машины. Ровенская область: Из тюрьмы г. Дубно по 1-й категории убыло 230 человек, освобождено по бытовым статьям за маловажные преступления и осужденных по Указам 170 человек. Волынская область: Из тюрьмы г. Ковель убыло по 1 — й категории 195 человек. Освобождено за маловажные бытовые преступления 300 человек, на месте осталось 145 человек, которых не успели этапировать. Из тюрьмы г. Владимир-Волынска убыло по 1-й категории 36 человек, освобождено 15 человек, остальные 280 человек остались в тюрьме не вывезенными».