Что касается законности его прав, как Титу Куси объяснил испанскому посланнику Диего Родригесу де Фигероа, то для них это имеет второстепенное значение. Он был Инкой и верховным жрецом де-факто; он «вступил во владение и был признан другими инками; они все повиновались ему, и если бы у него не было прав, они бы не делали этого». Этим своим замечанием Титу Куси молчаливо признавал, что он правит больше благодаря своим достоинствам, нежели согласно строгим нормам преемственности. На самом деле он оттеснил еще одного младшего брата по имени Тупак Амару, который приходился родным братом Сайри-Тупаку и был сыном Манко и его койи. По словам Муруа, Сайри-Тупак назначил своим законным преемником этого Тупака Амару. Но Титу Куси, «его незаконнорожденный брат — из-за того, что он был старше, а Тупак Амару был ребенком, — узурпировал королевский трон и монарший титул и стал выдавать себя за правителя. Он сделал Тупака Амару священнослужителем и приказал ему оставаться хранителем тела их отца в Вилькабамбе». Сармьенто де Гамбоа писал: «Титу Куси Юпанки — не законный сын Инки Манко, а ублюдок и самозванец. Индейцы считают, что другой сын, Тупак Амару, — законный; но он еще не способен править, и индейцы зовут его „ути“ (бессильный)».

Заявление испанцев о незаконности рождения и узурпации власти были сделаны из-за разочарования от провала их политики. Нравилось им это или нет, но теперь в Вилькабамбе воцарился талантливый правитель. Испанским властям было неясно, что делать с этой новой ситуацией в государстве инков. Некоторые хотели вновь прибегнуть к политике выманивания Инки из его убежища; другие высказывались за еще одну военную экспедицию, несмотря на то что память о провале экспедиций Родриго Оргоньеса и Гонсало Писарро была еще жива. Поэтому в последующие годы политика испанцев колебалась между дипломатическими уговорами и бряцанием оружием в зависимости от степени энергичности местных или вицекоролевских властей в каждый конкретный момент.

Первой реакцией на смерть Сайри-Тупака было найти козла отпущения. Было явно подозрительно, что марионеточный правитель туземцев вдруг внезапно умер в таком раннем возрасте. Вождь племени каньяри в долине Юкай Франсиско Чильче был заключен под стражу по подозрению в том, что он отравил Инку, так как он был с ним в то время, когда тот умер. Все это очень напоминало арест Чалкучимы по подозрению в отравлении Тупака Уальпы. Но Чильче избежал судьбы Чалкучимы и был освобожден спустя год, когда против него не нашлось никаких улик. Согласно другой версии Сайри-Тупака убили по наущению воинствующих активистов Вилькабамбы, чтобы наказать его за коллаборационизм и дать возможность Титу Куси вступить на престол. Такое могло быть, и, возможно, делалось без ведома Титу Куси или без его одобрения. И все же есть еще одна версия, согласно которой Инку устранили сын Паулью Дон Карлос Инка и его друг Алонсо Титу Атаучи. Вражда между Манко и Паулью продолжилась между их потомками, и появление Сайри-Тупака в Куско, без сомнения, затмило авторитет предыдущих вождей индейской общины города.

Титу Куси, вероятно, был невиновен в смерти своего брата. Позже он писал: «Как только я узнал о его смерти, я глубоко опечалился, думая, что испанцы убили его точно так же, как и моего отца». Мудрый коррехидор Куско Поло де Ондегардо немедленно отправил посольство к Титу Куси, чтобы уверить его в том, что его брат умер естественной смертью. Новый Инка принял это объяснение и написал, что это положило конец его подозрениям относительно предательства испанцев. Двумя посланцами Поло де Ондегардо были Хуан де Бетансос и секретарь-метис по имени Мартин Пандо. Бетансос, муж любовницы Писарро Анхелины Аньяс Юпанки и знаток жизни и обычаев индейцев, стремился повторить свой успех, который он имел на переговорах с Сайри-Тупаком. Но Титу Куси отправил его назад с пустыми руками. Будучи талантливым правителем, Титу Куси, однако, знал, как важно окружить себя хорошими людьми. Поэтому он уговорил Мартина Пандо остаться с ним в качестве его секретаря, доверенного лица и советника, на каком посту он и оставался до конца своей жизни. Вероятно, большой заслугой Пандо явилось то искусство, с которым Титу Куси находил общий язык с испанцами в течение последующих лет.

Никакие новые инициативы не были предприняты, пока в апреле следующего, 1561 года в Перу не прибыл новый вицекороль Дон Диего Лопес де Суньига, граф Ньева. Он послал людей с предложением условий, схожих с теми, которые выдвигал Каньете. Титу Куси ответил, что если его наградят «некоторыми из огромного количества земель» его отца, которые сейчас находятся в собственности короля, то он будет совершенно готов удовольствоваться этим. Этот неопределенный, но многообещающий ответ взбодрил королевского казначея Гарсию де Мело. Он предложил неплохое и дешевое решение проблемы поиска земель для нового Инки: сыну Титу Куси Киспе Титу следует жениться на юной дочери и единственной наследнице Сайри-Тупака. Благодаря этому в руки Инке попадут земли вокруг Оропесы в долине Юкай, а испанские власти будут освобождены от щекотливой проблемы поиска другого поместья для Титу Куси. Гарсия де Мело совершил путешествие в Вилькабамбу, чтобы лично доставить это предложение, и присовокупил к нему просьбу к Инке допустить на принадлежащие ему территории христианских миссионеров. Инка полагал, что сначала следует вести переговоры о мире. Миссионеры и прочие приложения к испанской цивилизации могли прийти и позже.

Переговоры были прерваны смертью вице-короля графа Ньева в феврале 1564 года. Этот старый распутник стал жертвой либо ревнивого мужа, либо сердечного приступа в своем пользовавшемся дурной славой любовном гнездышке в Сурко в окрестностях Лимы. Следующий испанский правитель в Перу больше времени посвящал управлению страной. Им стал лицензиат Лопе Гарсия де Кастро, честный, но нерешительный человек. Он прибыл в Лиму в сентябре 1564 года, чтобы выполнять обязанности генерал-губернатора и президента Совета до тех пор, пока не будет назначен следующий вице-король. Он привез с собой королевское предписание выманить Титу Куси из Вилькабамбы и предоставить ему соответствующий доход, предварительно убедившись, что он является внуком Уайна-Капака.

Таким образом, в начале 1565 года новый президент Гарсия де Кастро отправил Гарсию де Мело в Вилькабамбу с письмами к Инке. Приманкой в переговорах все еще служили поместья, унаследованные дочерью Сайри-Тупака Беатрис. Увлекшись, Кастро предложил эти земли наследникам дочери Сайри-Тупака и сына Титу Куси в наследственное владение. Он также был готов добавить к этому «два города с индейцами, которые не платят арендной платы», и некоторое количество «индейцев, принадлежащих собору и монастырю Куско», которые перешли во владение короны и «стоили не более 400 песо в год». Что-то, конечно, должно было перепасть младшему брату Титу Куси Тупаку Амару, чтобы застраховаться от повторения маневра Титу Куси, который захватил бразды правления, как только его брат уехал.

В апреле 1565 года Титу Куси отправил нескольких индейцев в Лиму с требованием немедленной платы наличными, чтобы покрыть расходы, связанные с выходом на территорию Перу, оккупированную испанцами. Президент Кастро сообщал: Инка попросил сделать так, чтобы «ему не пришлось прийти в Лиму, где ему придется растратить свое состояние, а потом оказаться вынужденным продавать свое платье, как это было с его братом Сайри-Тупаком». Он говорит, что Сайри-Тупак потратил свыше 10 тысяч песо на то, чтобы явиться в этот город, а также на приобретение двух кувшинов и золотой вазы, которые он подарил маркизу Каньете и которые, как говорят, стоили 5 тысяч песо. «Я ему ответил, что ему не обязательно дарить мне что-либо… А чтобы доставить ему удовольствие, я послал ему отрез парчи и узорчатой ткани и одел его слуг за свой счет».