Поверив нехитрой уловке, «меньшие люди» и стрельцы Астрахани с честью встретили «воренка». С разных сторон к Заруцкому стекался беглый люд. Атаман заручился союзом с ногайским ханом Иштереком, завел сношения с персидским шахом Аббасом, перетянул на свою сторону Терский городок. Его агитаторы с осени 1613 года пытались поднять в поход на Москву донские станицы. Астраханские гонцы выехали также в Замосковский край и на Белоозеро. Они сумели склонить большую часть действовавших там «воровских» казаков на сторону Заруцкого.

Таким образом, в короткий срок образовалась новая казачья коалиция, готовая к лету двинуть против Москвы огромные силы с нескольких сторон сразу. Но не дремали и царские воеводы. Правительство Михаила правильно определило главную угрозу и первым нанесло удар. Уже в марте 1614 года воевода Петр Головин вернул под руку Михаила Терский городок. Оттуда он направил к Астрахани отряд стрелецкого головы Хохлова. Тот сумел на подходе к городу сагитировать на сторону Москвы степных союзников Заруцкого. Ногайская Орда присягнула на верность Михаилу. Узнав, что Россией правит избранный на Соборе царь, против атамана восстали ратники астраханского гарнизона. Дворяне и стрельцы заняли острог, Заруцкий же с верными людьми затворился в кремле. Теперь у него оставалось не более 800 сторонников. Надежды на победу не было никакой, поскольку с севера на Астрахань уже наступала армия князя Одоевского.

Заруцкий понял, что пора бежать. Не дожидаясь подхода царских ратников, 22 мая атаман с Мариной и «воренком» погрузились на струги и ушли вверх по реке. Очевидно, они надеялись проскочить в Замосковский край на соединение с союзниками. Однако дорога на север оказалась перекрыта. Заруцкому пришлось возвращаться. В тот момент, когда его отряд проплывал мимо Астрахани, стрельцы напали на казачьи струги. Лишь небольшому числу судов удалось прорвать заслон. Выйдя с ними к морю, Заруцкий перешел с Волги на Яик. Там казаки выстроили острожек на Медвежьем острове и подготовили его к обороне. Атаману уже не раз приходилось отступать и начинать все заново, а потому поражения его не разочаровывали. Однако Михаил Романов не оставил в покое «тушинского боярина». Судовая рать нагнала мятежников на Яике. Казакам Заруцкого надоела бесконечная война. После первых неудачных стычек они согласились выдать воеводам главарей, а сами присягнули на верность царю.

16 июля 1614 года пленников доставили в Астрахань. Оттуда под сильным конвоем их отправили в Москву. Суд был недолгим. Заруцкого посадил на кол, и он умер в страшных мучениях. Трехлетнего «царевича Ивана Дмитриевича» приговорили к казни через повешение. В условиях продолжающейся войны советники Михаила посчитали невозможным оставить «воренка» в живых. Тем более что его мать уже выпускали из тюрьмы во времена Шуйского. Тогда Марина обещала вернуться в Польшу и забыть о России навеки, однако слова своего не сдержала и продолжила борьбу за власть. Сейчас она получила пожизненное заключение. Весной 1615 года узница умерла «с тоски» в подземелье Тульского кремля.

Проблемы на востоке и юге страны к лету 1614 года были в первом приближении решены, и правительство Романова приступило к борьбе за возвращение захваченных иноземцами земель. Активизировались действия на севере против Швеции и на западе против Польши. Историки часто упрекают русское правительство в ошибочном решении вести войну на два фронта. Однако его вины в этом нет. Война против Польши длилась уже более века, а Швеция в 1614 году сама перешла в наступление. Правда, по утверждению Густава Адольфа, случилось это лишь после того, как бродившие по Русскому Северу «воровские» казаки напали на территорию Финляндии. К тому моменту, как шведская армия двинулась вперед, русские войска князя Дмитрия Черкасского прочно застряли под Смоленском. Они осадили город, но поляки прорывали блокаду, доставляя в крепость обозы с продовольствием. С западного фронта войска снять было нельзя, и царю пришлось посылать против шведов новую армию. Возглавил ее Дмитрий Трубецкой, с которым ушли из-под Москвы последние отряды земской рати, которая осаждала в ней польский гарнизон.

14 июля 1614 года войска Якова Делагарди у села Бронницы, в 30 километрах от Новгорода, разбили пятитысячную армию Трубецкого. После этого воевода отдал приказ об общем отступлении. Но он забыл прикрыть отход арьергардными отрядами. И шведы шанса не упустили. С каждым днем они все активнее преследовали Трубецкого. Вскоре отступление превратилось в паническое бегство. Отряды, казаков больше не верили в своего воеводу. Многие покидали строй и разбредались «воровать» по округе. Некоторые, сохраняя верность присяге, на свой страх и риск шли в рейды по вражеским тылам. А были и такие, кто переходил на службу к Сигизмунду или Густаву Адольфу. Осенью 1614 года шведские полки взяли Гдов. Развивая успех, Густав Адольф с 16-тысячной армией в июне 1615 года осадил Псков. Три месяца его войска пытались взять город. Но гарнизон крепости во главе с Василием Морозовым и Федором Бутурлиным отбил все приступы. Шведский король не стал упорствовать. 6 декабря 1615 года он подписал перемирие с Россией. И хотя мирный договор был заключен лишь в феврале 1617 года, боевые действия на Севере больше не возобновлялись.

В 1614—1615 годах сейм не давал королю Сигизмунду III воевать с Россией. И потому тот лишь призывал подданных, в первую очередь малороссийских казаков, сражаться за интересы Речи Посполитой. Отряды запорожцев громили тылы осаждавших Смоленск русских полков. Многие черкасы объединялись с частными армиями польских магнатов и русскими «ворами» для глубоких рейдов по территории Московского царства. Наиболее крупной казачьей армией этого периода принято считать рать мятежного атамана Михаила Баловня, летом 1615 года осадившего Москву. В этом сбродном войске было, по разным данным, от пяти до восьми тысяч казаков. Баловень и его старшины требовали от царя дополнительного «жалованья», а в случае отказа угрожали соединиться с паном Лисовским и перейти на службу к Сигизмунду. В то время московский гарнизон был сильно ослаблен и не выдержал бы столкновения с казачьей армией. Переговоры с «ворами» ни к чему не привели. Возникла критическая ситуация.

Однако в этот момент из Ярославля подошли войска князя Бориса Лыкова, а вскоре прибыл и отряд окольничего Артемия Измайлова. Теперь в распоряжении правительства были верные полки. Царские воеводы отбили наступление мятежников и отбросили их от стен столицы. Однако на этом для Баловня дело не кончилось. Вскоре войско Лыкова нагнало «воров» под Малоярославцем и принудило их к капитуляции. По данным Р.Г. Скрынникова, воевода доставил в столицу 3256 казаков, сдавшихся ему «за крестным целованием». В Москве всех их привели к повторной присяге на верность царю Михаилу и приняли на службу. Заводчиков же мятежа, атамана Баловня и 35 старшин, по приговору суда повесили.

Если из действовавших против русского правительства казачьих атаманов бесспорное первенство принадлежит Баловню, то среди польских магнатов на общем фоне выделялся пан Лисовский. После отступления из-под стен Троице-Сергиева монастыря его отряд четыре года опустошал окрестности Пскова. Но весной 1615 года, когда с севера над этим районом нависла угроза шведского вторжения, Лисовский помирился с королем Сигизмундом. В последний раз ограбив псковские предместья, «лисовичи» обошли по дуге осадившие Смоленск полки Черкасского и внезапным ударом захватили Карачев.