Из Можайска войска Лыкова вырвались вовремя. С юга к Москве уже двигалась десятитысячная рать гетмана Сагайдачного. Запорожцы взяли Ливны, Елец и приближались к Оке. Чтобы остановить их, к переправам «берега» выступила семитысячная армия Дмитрия Пожарского. Однако по дороге в Серпухов земского воеводу свалил с ног очередной приступ «черной немочи». По приказу царя разболевшегося Пожарского на телеге отправили в Москву, а командование армией принял Григорий Волконский. Остановить запорожцев у него не получилось. После двухдневного боя русские войска отступили от Серпухова к Коломне. Здесь армия начала распадаться. Очередная ссора казаков с дворянами закончилась тем, что атаманы отказались подчиняться Волконскому и увели таборы к Владимиру. Очевидно, разногласия были связаны с платой за службу, поскольку казаки остановились в вотчине главы Думы Мстиславского и принялись демонстративно «собирать корм» в его владениях и на землях прочих бояр.

На то, что самовольные реквизиции не были обычным «воровством», указывает любопытное решение казачьего схода, о котором вскоре стало известно московскому правительству. «В Вязниках у казаков на кругу, — доносили царю посланные во Владимир гонцы, — приговорено, что им боярина князя Дмитрия Пожарского в вотчины в села и в деревни не въезжати и крестьян не жечь и не ломать и не грабить». Характерно, что бояре и дьяки на переговорах не грозили казакам карами, а лишь упрашивали их вернуться в Москву. Атаманы отвечали на это, что служить готовы, но лишь под командой Пожарского.

Армия Ходкевича меж тем взяла Можайск и Звенигород, а отряды Сагайдачного вошли в Бронницу. 20 сентября 1618 года польская армия и запорожские войска соединились у стен Донского монастыря. В Думе царило замешательство. Тайные приверженцы Владислава старались посеять панику среди населения. Патриоты требовали вооружить всех столичных жителей и биться до последнего. В критический момент Михаил Романов без колебаний принял сторону последних. По решению царя и Земского собора к обороне Москвы наряду с воинскими людьми привлекалось все население столицы. Разрядный приказ расписал по стенам и воротам вооруженных посадских жителей. В конце сентября, как только лекари разрешили Пожарскому встать с постели, царь пригласил его во дворец и наградил за оборону Калуги и спасение армии Лыкова. Воеводе торжественно вручили золоченый кубок и соболью шубу. После того как дьяки перечислили все заслуги князя Дмитрия, Михаил Романов пригласил его к царскому столу.

Ходкевича меж тем поджимало время. Сейм согласился финансировать войну лишь до конца года. «Правильная» осада Москвы грозила затянуться надолго. Гетман попытался взять город внезапным штурмом. В ночь на 1 октября 1618 года его войска под командой пана Новодворского без единого выстрела подошли к Земляному городу. Взорвав ворота деревянного острога, поляки ворвались на территорию столицы. По безлюдным улицам они быстро прошли к Арбатским и Тверским воротам Белого города, но дальше продвинуться не смогли. Все попытки саперов Новодворского установить заряд у Арбатских ворот закончились неудачей. И неудивительно! Ведь здесь оборону возглавил князь Пожарский, чье подворье находилось неподалеку. Защитники ворот осыпали врага таким градом пуль, который быстро заставил поляков прекратить атаки. А на рассвете русские сами перешли в наступление. Новодворскому пришлось отойти. Не лучше обстояли дела и у отряда, пытавшегося ворваться в город со стороны Тверских ворот.

Огромные потери, понесенные во время ночного штурма, остудили пыл королевской армии. Ходкевич понял, что дальнейшие попытки приведут лишь к новым жертвам. Его армия сняла осаду и отошла к стенам Троице-Сергиева монастыря. Владислав послал к инокам парламентеров с требованием капитуляции. В ответ раздались залпы крепостных орудий. Так и не решившись на штурм монастырских стен, польская армия разделилась. Ходкевич с Владиславом отступили на 12 верст и разбили лагерь у села Рогачева. Сагайдачный отошел на юг к Серпухову, а затем еще дальше — к Калуге. До самого заключения перемирия запорожцы простояли под стенами этой крепости, но так и не смогли ее взять. Ходкевич попытался отправить по окрестностям отряды фуражиров, но их начали перехватывать и уничтожать ратники князя Тюфякина. Надежных путей сообщения с Польшей у гетмана не было. Уверенности в том, что сейм продолжит финансирование безнадежной войны, — тоже. Ходкевич начал переговоры о мире.

В результате 1 декабря 1618 года в селе Деулине, неподалеку от Троице-Сергиева монастыря, было заключено очередное перемирие между Россией и Польшей сроком на 14 с половиной лет. По его условиям, под власть Сигизмунда III переходили Смоленская и Черниговская земля. Царь Михаил лишался титулов «князя Ливонского, Смоленского и Черниговского», передавая права на них королю Польши. Взамен Сигизмунд отказывался от титула «царя Руси», а равно и «великого князя Русского». В феврале 1619 года, после передачи в руки польского правительства ряда пограничных крепостей, стороны планировали произвести обмен пленными.

Условия перемирия были унизительными и тяжелыми. Наряду с захваченными польской армией городами Москва отдавала ряд крепостей, успешно отразивших атаки противника. Новая граница проходила неподалеку от Вязьмы, Ржева и Калуги. Однако перемирие было необходимо России как воздух. Это хорошо понимали не только в Москве, но и в Польше. Король на четыре с половиной месяца затянул обмен пленными. Раз за разом он откладывал передачу Филарета, выторговывая все новые и новые уступки. Наконец 1 июня 1619 года старший Романов, Михаил Шеин и другие вернулись на родину. По дороге в Москву Филарета встречали со всеми почестями. В пути его приветствовали князь Пожарский, боярин Морозов и князь Трубецкой, на Ходынке встречал Мстиславский с думцами, на Пресне — царь Михаил. Отец и сын поклонились друг другу до земли. Дальше царь с боярами двинулся пешком, а Филарет поехал на санях.

Что характерно, после окончания церемонии освобожденный из плена митрополит отправился не в Кремль к сыну, а на подворье Троице-Сергиева монастыря. Действия старшего Романова не были ни случайностью, ни капризом. К тому времени все российские политики понимали, что страна нуждается в серьезной перестройке государственных и общественных институтов. Одной из самых назревших была церковная реформа. Часть решений в этой сфере стали настолько неотложными, что их начали проводить в жизнь еще до возвращения Филарета из плена. И теперь глава романовской партии хотел лично ознакомиться с состоянием церковных дел. Будучи опытным политиком, он хорошо понимал, что ошибки, если они обнаружатся, следует исправлять как можно быстрее.

24 июня 1619 года, через неделю после приезда в Москву, Филарета торжественно нарекли в патриархи. К этому званию он вскоре добавил титул «великого государя». Сравнявшись «чинами» с сыном, старший Романов продемонстрировал всему народу, что готов взять на себя управление страной. Отныне российское правительство приобрело бесспорного лидера, который был способен провести все необходимые реформы и имел четкий план действий на многие годы вперед.

Филарет вынужден был включиться в политическую борьбу сразу после возвращения из плена. Конфликт, расколовший к тому времени иноков Троице-Сергиева монастыря, требовал немедленного вмешательства лидера церкви. Дело в том, что за время Смуты пожары уничтожили в России огромное число религиозных книг. В 1615—1616 годах Печатный двор приступил к подготовке издания Требника и некоторых других богослужебных изданий. Естественно, появилась необходимость исправить ошибки, допущенные писцами при многократном копировании. По поручению царя корректировкой текста занимался архимандрит Троице-Сергиева монастыря Дионисий, которому помогали монах Арсений Глухой и священник Иван Наседка. Задело они взялись с большим усердием. Для внесения правок была использована лучшая по тому времени система филологической критики, разработанная Максимом Греком. Работу удалось выполнить в положенный срок, однако дальше дело застопорилось…