Покончить с этим замком помогли генуэзцы: эскадра Боллето и Панзано согласилась принять участие в осаде, которая и завершилась 3 апреля 1233 г. В ходе мятежа гвельфам удалось освободить Кипр от имперской оккупации, но оставалось прояснить ситуацию в Сирии: Филанжиери занимал Тир, гвельфы — Бейрут, Акру, Цезарею и Арсуф. Иерусалим подчинялся императору, сеньоры Сидона (Бальан), Яффы (Готье де Бриенн) и коннетабль Эд де Монбельяр колебались между гибеллинами, преданными императору, и гвельфами, защитниками франкских свобод. Пизанцы были сторонниками императора, генуэзцы же только что оказали помощь Ибеленам, но не замедлили примириться с Фридрихом II, который мог также рассчитывать на верность князя Антиохии и Триполи Боэмунда V (Боэмунд IV умер в марте 1233 г.). Тамплиеры и госпитальеры, несмотря на то что Фридрих конфисковал их домены в Сирии, все еще не решались выступить против императора, которого поддерживали тевтонцы.

Посреди этой анархии, однако, никто не ставил под сомнение права Фридриха на корону. В 1228 г. Жан д'Ибелен заявил свою точку зрения: император, супруг королевы Изабеллы, был законным правителем королевства. Изабелла скончалась, родив мальчика Конрада (будущего Конрада IV, Конрада II Иерусалимского). Тотчас же старшая дочь Генриха Шампанского, Алиса (тогда замужем за Боэмундом V, несмотря на близкую степень родства, из-за которой их брак будет расторгнут), прибыла в Акру, чтобы потребовать Иерусалимский престол. Тогда, в 1230 г., бароны без затруднений признали, что королевский титул не принадлежит никому другому, кроме Конрада. Вечная претендентка — она будет еще не раз требовать для себя Иерусалимскую корону и графство Шампанское — получила отказ, и бароны послали к Фридриху двух рыцарей (Жоффруа ле Тора и Жана де Байеля) с просьбой, чтобы, по обычаю, законный король прибыл жить в Святую Землю. В ответ Фридрих заявил, что в течение года «сделает то, что должен сделать».

После мятежа 1230 г. гвельфы не осмелились отменить свой приговор, вынесенный в 1230 г., и решили договориться с императором. Папство уже давно пыталось утихомирить распри, столь пагубные для Святой Земли: в июле 1232 г. Григорий IX добился, чтобы Фридрих II отложил отправление новой армии против мятежников — император удовольствовался тем, что выслал в Тир надежный гарнизон. Патриарх Герольд, получив от папы энергичный выговор за свое доброжелательное отношение к Ибеленам, тут же прибыл в Рим, чтобы ознакомить папу с истинным положением дел и жестокостью Филанжиери. Он вернулся, оправдавшись, и вновь назначенным — знак несомненного доверия — на пост легата, который отныне присоединялся к титулу патриарха. Тогда Фридрих II, достигнув согласия с Григорием IX, решил установить мир с помощью уступок, но без ущерба для своего королевского права. Он поручил епископу Сидонскому объявить о всеобщей амнистии в обмен на подчинение сирийских баронов; и поскольку Филанжиери слишком ненавидели в Святой Земле, император доверял управление королевством сирийскому барону Филиппу де Могастелю — партия гвельфов могла упрекнуть его только в том, что он был изнеженным «пуленом». Тем не менее Фридрих не мог согласиться с превращением королевского города в независимую республику: именно из-за этого в Италии и шла борьба между гвельфами и гибеллинами, и император отказался признать управление Акры за братством Св. Андрея, чьего роспуска он потребовал. В начале 1233 г. епископ Сидона доставил эти предложения неоспоримым вождям франкской Сирии, прежнему бальи Бальану Сидонскому и коннетаблю Эду де Монбельяру, которые тотчас же собрали «парламент» в Сен-Круа в Акре. В результате ожесточенных споров вверх одерживала партия лоялистов (Бальан и Эд убеждали принести клятву Фридриху), когда Жан Цезарейский приказал ударить в набат: гвельфское собратство собралось, и смутьяны, к которым присоединились акрские генуэзцы, попытались убить в церкви обоих баронов и епископа. Жан д'Ибелен, которого епископ Сидонский просил лишь внешне подчиниться императору («придите в место, где он располагает властью и скажите всего-навсего: я вверяю себя милости императора как моего сеньора»), ответил басней об олене, которого заманили в логово льва, и отказался прибыть в место, где император имел бы реальную власть — он слишком хорошо запомнил ту западню, куда его заманили в 1228 г., в результате чего его старший сын Бальан остался заложником в плену Фридриха, где с ним плохо обращались.

Несмотря на смуту, затеянную в Сен-Круа и отказ Жана д'Ибелена, между Эдом де Монбельяром и императором продолжились переговоры: для начала было заключено соглашение между патриархом Антиохийским и Великим Магистром Тевтонского ордена. Письма папы полны радости по этому поводу (22 мая 1234 г.); понтифик просил у Жана д'Ибелена всего лишь покориться императору через посланников, поскольку тот не доверял имперским солдатам (7 августа 1234 г.). Кроме того, папа послал в Акру легата, архиепископа Равенны Теодориха, с поручением добиться подчинения законному государю и распустить коммуну. В том случае, если бы акрцы отказались одобрить проект договора, папа приказывал восстановить «status quo». Гвельфы не подчинились: тогда легат издал постановление об упразднении собратства Св. Андрея, снятии коммунального колокола, эмблемы вольностей города и, в конце концов, отлучил Акру от церкви (конец 1234 г.). Делегация из Акры в лице Филиппа де Труа и Генриха Назаретского привезла те же условия: роспуск коммуны и признание Филанжиери. Ситуация стала настолько напряженной, что Григорий IX в письмах от 28 июля 1235 г. пытался предотвратить неминуемую войну. Он попросил трех великих магистров оказать поддержку Бальи императора и помешать Жану д'Ибелену и прочим людям из Акры захватить Тир или другой имперский город.

Новый посланник, Жоффруа ле Тор, тогда отправился в Рим, чтобы убедить Григория IX отменить решения архиепископа Равеннского. Папа в этот момент написал Фридриху, предлагая снять с города отлучение и заключить мир с «горожанами и синдиками Акры». Что касается Филанжиери, то понтифик рекомендовал императору временно отстранить его от должности, «поскольку маршала и противную партию разделяет слишком большая ненависть» (22 сентября 1235 г.). Наконец, 19 февраля 1236 г. Григорий IX предложил назначить на пост бальи королевства Боэмунда V Антиохийского: «принеся клятву по обычаям королевства и приняв ее же от людей этого же королевства», он стал бы обладателем всех королевских прав и занял бы город Тир, чья цитадель отошла бы тевтонцам (условия этого договора с Филиппом де Труа и. Генрихом Назаретским обсуждал Герман фон Зальца). Коммуна Акры подлежала роспуску, и в Акру был бы назначен бальи по выбору Филанжиери и с одобрения коннетабля Эда де Монбельяра. Сирийцы тогда обязались подчиняться бальи, а бальи, в свою очередь, вменялось уважать обычаи и ассизы. Кроме того, жалобы Фридриха против Ибеленов надлежало рассмотреть в судебном порядке.

Эта попытка примирения провалилась, как и прочие; к тому же Фридрих II готовился поссориться с папой (в 1239 г. его вновь отлучат от церкви), а понтифик стал осознавать, сколь глубокую пропасть меж собой и сирийскими франками вырыли благодаря своей жестокости гибеллины. Жоффруа ле Тору Григорий IX посоветовал заключить тесный союз между Акрой и Кипром, что стало бы лучшей гарантией мира на Святой Земле. В это же время Фридрих окончательно примирился с госпитальерами, чьи привилегии он подтвердил в 1239 г. Тамплиеры, напротив, стали проводить еще более прогвельфскую политику. В 1236 г. смерть унесла одного из предводителей гвельфов, «старого сира Бейрута», Жана д'Ибелена (в 1239 г. за ним последовал Бальан Сидонский; Эд де Монбельяр умер в 1244 г.), а его преемники (его сыновья Бальан Бейрутский и Жан Арсуфский, его племянник Жан, будущий граф Яффаский) унаследовали только его претензии, но не его авторитет. Р. Груссе так писал об этом событии: «Под скромными титулами бальи или мэра коммуны Акры старый сеньор Бейрута на самом деле являлся настоящим государем… Однако то был исключительный случай, и после его смерти вновь воцарилась анархия».