Еще более серьезной проблемой стала ссора между Фридрихом и Ибеленами: задумав разрушить опасное могущество надменного линьяжа, который вел себя на Востоке почти по-королевски, Фридрих по своему прибытии на Кипр завлек Жана д'Ибелена в ловушку и приказал ему сложить полномочия регента на Кипре и вернуть фьеф Бейрут, которым, как говорили, Жан владел «незаконно». Жан д'Ибелен в необычайно бурной сцене не уступил императору. Хоть он и перестал быть регентом на Кипре, но зато отказался расстаться с Бейрутом, который был законно пожалован ему в 1197 г. королем Амори II и королевой Изабеллой. Он заявил, что подчинится только приговору баронов в курии, но позаботился о том, чтобы остаться в юридически безупречном положении, отказавшись напасть на императора, у которого не было войск, и вынудить у него уступки.

Фридрих II тем не менее не забыл о своем намерении захватить Бейрут, и Жан д'Ибелен, который его отлично знал, подготовил свою сеньорию к обороне в 1228 г. Император, уже вернувшись на Запад, решил наказать партию сирийцев за то, что они, не переставая, противоречили ему во время экспедиции 1228–1229 гг.: по его приказу Бальан Сидонский решил конфисковать фьефы баронов из партии Ибеленов (их «dessaisir»). Жан д'Ибелен, сеньор Бейрута, его сын Жан, сеньор Арсуфа, его тесть, Рохард де Хайфа, Филипп л'Асн и Жан Морио должны были лишиться своих владений. Тогда Жан пожал плоды своего безупречного поведения: он призвал баронов примкнуть к нему (сославшись на «Ассизу о верности» Амори I, которая предусматривала наказание сеньора, лишавшего своих вассалов их фьефов без суда), и все бароны Сирии еще раз отказались выполнять воинскую повинность для Бальана.

Бальан Сидонский, несмотря на свою верность императору, которому он помог в переговорах с мусульманами, тогда как остальные сирийские бароны держались в стороне, не мог управлять в подобных условиях. Поэтому Фридрих II решил заменить его одним из своих самых преданных помощников, имперским маршалом Риккардо Филанжиери. Под предлогом усиления обороны Святой Земли (Иерусалим подвергся набегу мусульманских крестьян), из Бриндизи отчалила маленькая армия (огромная для Сирии) (1231 г.): шесть сотен рыцарей, сотня оруженосцев (valles a chevaus coverts), шесть сотен пехотинцев и три тысячи вооруженных моряков были вверены командованию Филанжиери, котррый появился перед Кипром и высадился в Сирии. Филанжиери, который заставил кастеляна Эймара II де Лейрона сдать Тир, и Бальана Сидонского — Акру, был уже знаком населению Сирии: он прибыл в Святую Землю незадолго до Фридриха II и вынудил сирийцев соблюдать перемирие с жестокостью, шокировавшей франков, не привыкших к столь энергичным действиям. Между прочим, его обвиняли в нападении на франкский разъезд, отправившийся на поиски фуража в мусульманские земли; это нападение Эрнуль описывает следующим образом: «Они (крестоносцы, собравшиеся в Сидоне) послали фуражиров в землю язычников за продовольствием. И те пришли туда и привели оттуда много скота и добычи, хлеба, зерна и мяса, мужчин, женщин и детей. Маршал императора, который тогда жил в Акре, узнал, что христиане вошли в землю поганых и везут оттуда богатую добычу; он сел на коня и созвал своих рыцарей и вышел им навстречу. Когда же фуражиры увидали маршала и различили его знамена, то весьма возрадовались, ибо верили, что идет он им помочь, в чем они тогда очень нуждались. Но те сделали по-иному, и сбивали их на землю, и убивали, и ранили, и избивали, и отняли всю их добычу, и отослали ее обратно неверным». Филанжиери также упрекали в том, что он постоянно держал сирийских баронов в стороне от переговоров с мусульманами, на что те жаловались папе.

Ко всем этим причинам конфликта прибавилось еще несколько, особенно на Кипре, где, собственно говоря, и началась война. Некоторые кипрские бароны были недовольны всевластием Ибеленов, в то время как Филипп д'Ибелен, а затем и его брат Жан состояли на острове регентами при короле Генрихе I. Один из главных недовольных, Амори де Барле, приходившийся родственником Иерусалимским королям по своей матери, сын одного из соратников Ги де Лузиньяна, долгое время был близким другом Жана д'Ибелена; но королева Алиса (дочь Генриха Шампанского и вдова короля Гуго I), выйдя во второй раз замуж в 1223 г. за сына князя Антиохийского, вопреки протестам Ибеленов и Барле, не смогла сделать своего мужа Боэмунда бальи и доверила регентство Амори де Барле. Филипп д'Ибелен и Ансо де Бри, вожди кипрского баронажа, его низложили. После того как Амори был смещен, Жан стал бальи; со своей стороны, Амори де Барле, заручившись поддержкой своего кузена Амори де Бейсана, принялся собирать вокруг себя противников Ибеленов. Двое других недовольных не замедлили к ним присоединиться: Говен де Шенеше (он был обвинен в убийстве перед бальи Ибеленом, который его принудил примириться со своим противником на позорных условиях) и его родственник Гильом де Риве. Наконец, Гуго Джебайлский, родич самих Ибеленов, примкнул к этой партии, и все ее члены воззвали к императору. Прибыв в Сирию, император отобрал регентство у Жана д'Ибелена и доверил его (точнее, по средневековому обычаю, продал) пятерым заговорщикам. Те взяли реванш над Ибеленами и их сторонниками, обложив их налогами, чтобы добыть сумму, необходимую для выплаты своего долга императору.

Разрыв произошел из-за необычайно резкого акта враждебности: регенты арестовали Филиппа Новарского, одного из приближенных к Жану д'Ибелену людей, и, по его словам, хотели его убить. Филипп, собрав с помощью госпитальеров своих сторонников, вступил в битву с пятью бальи. Жан д'Ибелен и его отряды примчались на зов Филиппа и разбили, возле Никозии, армию противника (14 июля 1229 г.), правда, понеся тяжелые потери. Осада крупных крепостей Кипра, где укрылись регенты и юный король, которого они охраняли, продлилась до середины 1230 г.; Фридрих II смог помочь своим сторонникам, только издав акт о конфискации фьефов Ибеленов. Выйдя из битвы победителем, Жан д'Ибелен внешне примирился с Амори де Барле и вновь стал править Кипром.

При новостях о кипрских событиях император послал Филанжиери на Восток, но Жан д'Ибелен был вовремя предупрежден шпионами и появился на острове, чтобы подготовить его к защите. Филанжиери потребовал, чтобы король Генрих, как вассал Фридриха II, приказал покинуть его землю Ибеленам, которые были подвергнуты изгнанию в сирийском королевстве. Генрих отказался, и, когда имперский флот прибыл к берегам Кипра, Филанжиери увидел готовую к битве королевскую армию. Не имея возможности высадиться на Кипре, он с войсками сошел на берег, возле Бейрута и без боя занял нижний город, начав осаду цитадели, чей немногочисленный гарнизон оказал отчаянное сопротивление (1231–1232 гг.). Это сопротивление предоставило Жану д'Ибелену время для действий: заявив, что его, верного вассала короля Кипрского, незаконно лишили сирийского фьефа, Ибелен добился от Генриха I де Лузиньяна обещания помощи (зима 1231 г.). Кипрская армия высадилась в феврале следующего года на побережье Триполи — гавань Тира находилась под контролем имперцев, которые также блокировали Бейрут; едва произошла высадка, как бароны, благоприятно настроенные к Фридриху II (Амори де Барле, Амори де Бейсан и Гуго Джебайлский; Гильом де Риве и Говен де Шенеше скончались), присоединились к имперской армии со своими 80 рыцарями.