О возникших противоречиях и планах большевиков колчаковское командование, по всей видимости, не знало. Штаб военного представителя в Париже передал Ставке ВГК сведения, что противник сосредотачивает резервы на участке Самара, Казань, перебросил из района Петрограда 3-ю бригаду 2-й дивизии, Петроградскую кавалерийскую дивизию, латышские части, а с Украины — 2-ю и 4-ю пехотные дивизии. Вместе с тем белогвардейские аналитики высказали предположение, что контрнаступление Восточного фронта будет приостановлено из-за угрозы Петрограду.

Нельзя однозначно сказать, как были восприняты вышеуказанные разведданные колчаковским командованием. Однако доподлинно известно, что после оставления Перми и Кунгура некоторые высшие должностные лица, в частности, военный министр А.П. Будберг, рекомендовали Верховному правителю перевезти правительство в Иркутск, а войска отвести за Ишим и временно перейти к обороне. Начальник штаба ВГК Д.А. Лебедев, напротив, предложил начать наступление под Челябинском. Его план состоял в том, чтобы заманить 5-ю армию в город. Адмирал А.В. Колчак согласился со вторым вариантом. Тяжелые бои с большевиками, которые продолжались неделю, обернулись разгромом уставших колчаковских частей свежими и хорошо организованными советскими войсками. В итоге Челябинской операции план контрнаступления белых был сорван, после занятия города красным открылась дорога в Сибирь.

Исследователи Гражданской войны в Сибири и участники тех событий дают разные оценки планам белогвардейских генералов. В большинстве своем они обвиняют начальника штаба ВГК, который в силу своей оперативно-тактической неподготовленности недооценил противника. Историк Е.В. Волков придерживается иного мнения. Он пишет, что с точки зрения военной теории операция была подготовлена безупречно, но проблема неудачи заключалась в том, что штабные генералы не знали реальной обстановки в своих войсках (недостаточную подготовку прибывшего из Сибири пополнения) и не учли ряд важных обстоятельств — сил Красной армии, отношение челябинских рабочих к белым и пр.

Обеспечила ли колчаковская разведка командование достоверными сведениями о противнике — однозначно сказать трудно. Но даже наличие объективных данных о противнике еще не является гарантией грамотного планирования и успешного проведения операций. Как использовали данные своей разведки колчаковские генералы и штабы, не дают ответа ни исследования, ни архивные документы, ни мемуары участников событий.

После поражения под Челябинском адмирал А.В. Колчак сменил высшее военное руководство. Генерал Д.А. Лебедев был отстранен от должности. Его пост занял генерал М.К. Дитерикс, который одновременно являлся военным министром и командующим Восточным фронтом. В сентябре 1919 года Ставку реорганизовали в отдельный штаб при Верховном правителе. Тем самым удалось сократить лишние бюрократические надстройки и централизовать управление армиями.

После проведенных реорганизаций белогвардейское командование предприняло попытку контрнаступления, главной целью которого являлось оказание помощи наступавшему на Москву А.И. Деникину. В августе — сентябре 1919 года колчаковские части отбросили красных за р. Тобол и заняли город Тобольск. Но последнее наступление А.В. Колчака постепенно приостанавливалось. В октябре начались напряженные бои между реками Ишимом и Тоболом, которые продолжались целый месяц.

1 октября разведотдел штаба Восточного фронта докладывал, что против белых армий противник сосредоточил 36 650 штыков, 5300 сабель, 326 пулеметов и 114 орудий. Разведчики не исключали возможности прибытия 20-й и 24-й дивизий общей численностью, по установленным данным, 9750 штыков и 1600 сабель, 190 пулеметов и 30 орудий.

Отступление колчаковцев от Омска до Байкала, сопровождавшееся ударами постоянно атакующего противника, было стремительным. По всей вероятности, разведка в это время не велась, т.к. в тех условиях планов ведения войны белогвардейское командование уже не обсуждало, а было озабочено одним вопросом — в каком направлении отступать, чтобы избежать липших потерь. Поэтому с большой долей вероятности можно предположить, что обеспечение контрнаступления белых в районе р. Тобол являлось последним эпизодом в деятельности колчаковской разведки.

Перед отступлением из района Омск-Ишим разведка оставила 5—8 агентов.

Представляется правомерным обратить внимание на еще одно направление деятельности белогвардейской спецслужбы — разведку в собственном тылу. Хорошо известно, что в Сибири широкое распространение получило партизанское движение. Очень четкую характеристику его причин, на наш взгляд, дал томский профессор А. Левинсон: «Что подняло их (крестьян. — Авт.) с пиками в руках против режима, утвердившего их собственные права? Отчасти бесчинства атаманов, поборы, побои, беспорядок и хищничество, чинимые самовольно местной военной властью. Но лишь отчасти. Порядок колчаковской администрации, ее слабость в центре и бессилие на огромной периферии повредили ей меньше, чем ее добродетели, заключенное в ней организующее начало. Мятежная вольница тайги восстала против порядка, против порядка как такового».

Весной и летом 1919 года обширная территория от Урала до Забайкалья оказалась покрыта густой сетью партизанских отрядов, которые в основном концентрировались вдоль Транссибирской железнодорожной магистрали. Особо крупных масштабов партизанское движение достигло в Алтайской, Енисейской и Иркутской губерниях. По подсчетам исследователей, к концу 1919 года в Сибири насчитывалось около 140 тыс. партизан. Для борьбы с ними А.В. Колчак, так же как и А.И. Деникин, был вынужден направлять воинские части. Поэтому для выявления мест дислокации, получения данных о перемещениях, численности и вооружении отрядов привлекались разведывательные органы штабов военных округов. С помощью агентуры, а также конных разъездов, проводивших опросы местного населения, колчаковцы постоянно держали под наблюдением партизанские отряды. Данные по ним регулярно предоставлялись высшему военно-политическому руководству наравне со сводками с фронтов, что говорит о серьезном значении, которое придавали белогвардейские генералы борьбе с восставшими. Разведку красных партизан также вели чехи и румыны и обменивались данными со штабами военных округов.

Несмотря на то что колчаковцы располагали полными сведениями о партизанских отрядах, войсковые операции, сопровождавшиеся жестокостью по отношению к восставшим и местному населению, приводили к прямо противоположным результатам — к увеличению числа противников Белого движения. По этой причине главком Восточного фронта генерал М.К. Дитерикс потребовал не применять жестких мер к населению, в частности, отказаться от сожжения деревень.

Начальник штаба Иркутского военного округа приказал начальнику 14-й Сибирской стрелковой дивизии уничтожать лишь отряды, пленных передавать уездной милиции, а к населению, поддерживавшему белогвардейский отряд, проявлять полную доброжелательность, расплачиваться с ним наличными, но в то же время потребовать от него выдачи оружия и партизанских главарей.

Однако принимаемые белогвардейцами меры были неполными и запоздалыми, поэтому не могли привести к позитивным результатам.

В целом же партизанское и повстанческое движение в Сибири оказало большую помощь Красной армии в разгроме белогвардейцев.