Постоянно шло развитие инфраструктуры базы. В 1987–1988 гг. отдельный мобильный инженерный батальон Черноморского флота выполнил работы по созданию пункта маневренного базирования в Тартусе.

Британские и американские СМИ утверждают, что в Тартусе существует мощная советская, а позже российская станция радиоэлектронной разведки. Российские военные никогда это не подтверждали и не опровергали.

В начале 1990-х гг. из-за развала СССР и прекращения существования 7-й оперативной эскадры ПМТО в Тартусе влачил жалкое существование. В 1996 г. ПМТО уже в сокращенном составе обеспечил заход в Тартус отряда российских кораблей во главе с авианосцем. В конце января 1996 г. соединение в составе авианесущего крейсера «Адмирал Кузнецов» и эсминца «Бесстрашный» прибыло на рейд порта Тартус. Плавмастерская в это время не только производила межпоходовые ремонты судов, входивших в состав отряда, но и использовалась как баржа, перевозя грузы (только одного картофеля было подано на корабли более 100 т) и заправляя водой стоящие на внешнем рейде корабли.

Посещения ПМТО становились редкими, в 1997–1998 гг. ПМТО приходилось обеспечивать по два корабля в год. Нормальному функционированию базы мешала затонувшая секция плавпричала № 1. Летом 1998 г. в Тартусе СБ-5 и КИЛ-158 в короткий срок, за две недели, подняли затопленный во время шторма железобетонный причал – собственность РФ. Предварительные работы на объекте выполнили водолазы плавмастерской ПМ-56. А затем этот причал буксир СБ-5 вывел в море и затопил на большой глубине. Руководил судоподъемными работами и операцией подъема и затопления плавучего причала главный инженер УПАСР ЧФ капитан 1-го ранга Василий Бех.

В марте 1999 г. началась агрессия НАТО во главе с США против Югославии, а у российского ВМФ в Средиземном море находилась только одна плавмастерская ПМ-138 в Тартусе. Именно после этого началось медленное возвращение российского флота в Средиземное море, и опорой ему здесь могла быть только ПМТО.

С января по май 1999 г. три российских корабля воспользовались услугами ПМТО. На май 1999 г. ПМТО Тартус структурно состоял из четырёх основных подразделений: автомобильной команды (12 единиц автомобильной техники), электростанции, хозяйственного отделения и объединенного склада.

К настоящему времени в Тартусе прорыто несколько глубоких скважин, от которых к пирсу проложен трубопровод длиной 1,5 км. Производительность его составляет до 100 т воды в сутки.

В оперативном подчинении ПМТО постоянно находится одна из плавмастерских ЧФ. Полная штатная численность ПМТО – 14 российских военнослужащих.

В декабре 2004 г. после многолетнего перерыва в ПМТО побывала специальная инспекция Черноморского флота, которая оценила его состояние и подготовила ряд предложений по дальнейшему использованию ПМТО. База была в плачевном состоянии. По оценке начальника МИС ЧФ полковника Сергея Тавадяна, состояние казарменно-жилищного фонда и военного городка, находится в удовлетворительном состоянии. Состояние административно-жилого здания, построенного 16 лет назад, неудовлетворительное, поскольку за все это время его ни разу толком не ремонтировали.

Кроме того, необходимо благоустроить прилегающую к этому объекту территорию, прежде всего в районе автопарка. Для нормального обеспечения базирования кораблей и судов предстоит выполнить ремонтные работы на единственном действующем плавпричале № 2. Куда более серьезные усилия требуются для восстановления притопленной секции плавпричала № 1, который не функционирует. Для его восстановления нужны две дополнительные секции и рейдовое оборудование: бетонные якоря, смычки, бридели.

Намеченные работы растянулись на несколько лет. В марте 2005 г. БДК «Азов» ЧФ доставил в порт Тартус и произвел очередную плановую замену тылового имущества на пункте материально-технического обеспечения Черноморского флота. Моряки доставили оборудование, необходимое, для ремонта плавпричала и систем жизнеобеспечения военного городка.

По сообщениям ряда СМИ, летом 2006 г. Россия приступила к дноуглубительным работам в сирийском порту Тартус. Приступить к реальным работам на Тартусском фарватере удалось с началом выполнения российско-сирийского соглашения о погашении сирийского долга в размере 3,6 млрд долларов (общая сумма долга составляет 14,4 млрд долларов). Однако представители ВМФ России опровергли сообщения, что этими работами занимаются корабли флота и в его интересах: «Никакие дноуглубительные работы ни в Тартусе, ни в других местах мы и раньше не проводили, и теперь проводить не будем. Имеющиеся там глубины достаточны для захода кораблей и судов с малой осадкой. Крупные корабли типа крейсера могут стоять и на рейде того или иного порта. Конечно, придется отремонтировать, модернизировать или построить заново причалы, но главное – создать развитую береговую инфраструктуру с необходимыми объектами, обеспечивающими ремонт, пополнение запасов продовольствия, воды, топлива, боеприпасов, отдых экипажей. Этим нам и предстоит заниматься в ближайшие годы»[81].

В августе 2008 г. на пресс-конференции в Дамаске заместитель посла РФ в Сирии Игорь Беляев заявил: «Россия намерена значительно увеличить свое военное присутствие в Средиземном море, а российские военные корабли станут частыми гостями в портах Сирии и других дружественных стран Средиземноморского бассейна».

И вскоре моряки пункта это почувствовали. Так, в январе 2009 г. в Тартус для пополнения запасов воды и продовольствия зашёл отряд кораблей Северного флота. Тяжёлый авианесущий крейсер «Адмирал Кузнецов» встал на рейде Тартуса, а БПК «Адмирал Левченко» и судно обеспечения «Николай Чикер» ошвартовались у причалов порта. Через пару месяцев ракетный крейсер «Москва» в ходе боевой службы в Средиземном море на рейде сирийского порта Тартус пополнял запасы от танкера «Иман». Во время стоянки экипаж корабля получил возможность отработать действия по организации охраны и обороны корабля на незащищенном рейде.

В связи с большой востребованностью базы работы в Тартусе ускорили. Вспомогательное судно Черноморского флота КИЛ-158 с помощью водолазов подняло несколько многотонных якорей, удерживающих плавпричал, заменили оборванные цепи на новые и вновь закрепили причалы. Были также восстановлены бетонные покрытия, проведены сварочные и покрасочные работы. Экипаж КИЛ-158 также оказал помощь сотрудникам морской инженерной службы порта в прокладке подводного трубопровода для подачи пресной воды. Вместо пришедшего в негодность и затопленного в 1998 г. плавпричала в 2009 г. были доставлены с Черного моря две новые секции. В июле 2009 г. спасательный буксир «Шахтер» отбуксировал железобетонную секцию плавпричала в Тартус, так же в июле другую секцию причала довел до Тартуса СБ-5.

Как показывает практика, ПМТО крайне необходима флоту России и не простаивает без дела. В октябре 2009 г. в Тартусе помимо целого ряда вспомогательных судов флота одновременно находились 4 российских БДК – «Азов», «Ямал», «Новочеркасск» и «Цезарь Куников». В конце 2009 г. в порт заходил балтийский СКР «Неустрашимы», следовавший на боевую службу в Аденский залив. В апреле 2010 г. для пополнения запасов в ПМТО заходил тяжёлый атомный ракетный крейсер «Пётр Великий».

В августе 2010 г. главнокомандующий ВМФ РФ адмирал В.С. Высоцкий сообщил РИА «Новости», что пункт базирования кораблей Военно-морского флота РФ в порту Тартус сможет после 2012 г. принимать тяжёлые корабли, в том числе крейсеры, и даже авианосцы. «Тартус будет развиваться