Известие об этих пиратских действиях вызвало гнев в Стамбуле, где сочли, что венецианцы на Крите намеренно попирают условия соглашения, согласно которым запрещалось давать прибежище тем корсарским судам, которые имели намерение или были виновны в нападениях на судоходство другой стороны. Согласно сообщениям поверенного Венеции в Стамбуле Джованни Соранцо, все иностранные посланники в столице были вызваны на прием к влиятельному фавориту султана, Кинки Хусейну. Они подверглись перекрестному допросу, с целью выяснить причастность их государей к этому делу, и каждому из них приказали дать письменные показания. Сначала отказавшись выполнить такое распоряжение, они затем все же дали свое согласие, но с оговоркой, что истинное положение дел можно выяснить только в том случае, если направить кого-то на Крит. Некоторые из тех турецких моряков, которые уцелели после этого инцидента, в конце концов вернулись в Стамбул и поведали о том, что на самом деле мальтийцы в течение двадцати дней оставались на Крите, где они продавали награбленное и пополняли свои запасы. По мнению турок, это не было тем незначительным нарушением, на которое можно смотреть сквозь пальцы (и было воспринято как явный союз между венецианцами и их единоверцами с Мальты).

Объяснения этого инцидента другой стороной значительно расходились с турецкой версией. Венецианский губернатор Крита сообщил дожу, что мальтийские суда оставались в гавани столько времени, сколько было необходимо для того, чтобы высадить на берег нескольких греков, находившихся у них на борту, а потом продолжили свой путь на Мальту. На самом деле чиновник, отвечавший за тот участок побережья, куда прибыли мальтийцы, уже был казнен за то, что в тот момент его не было на посту. Две столь отличные версии одного события никак нельзя было согласовать. Сохранение мира было явно в интересах Венеции, поскольку она не сумела бы защитить от турок ни себя, ни свои владения. На самом Крите местное греческое население едва ли встало бы на защиту своих венецианских господ, к которым оно не испытывало любви. Похоже, имперский совет не слишком долго дискутировал относительно того, стоит ли вступать в войну из-за этого инцидента. Воинственную позицию, которую занял Кинки Хусейн Хока, поддержал другой фаворит султана Ибрагима, принявший мусульманство далматиец Силахдар («Оруженосец») Юсуф-ага, а также его зять. Силахдара Юсуфа возвели в ранг паши и назначили главным адмиралом, поручив ему ведение как наземных, так и морских операций. После кончины Кеманкеш Кара Мустафа-паши не осталось сторонников умеренной политической линии и возобладала партия войны.

Мальта считалась главной целью османского флота, корабли которого стояли в имперской верфи, готовясь к выходу в море. По-прежнему отстаивая свою невиновность, так как ничего иного Венеции не оставалось, республика была застигнута врасплох, когда 26 июня 1645 года турецкая армада появилась у берегов Крита. В ходе этой первой летней кампании турки после почти двухмесячной осады взяли крепость Кания (Канеа), позволив ее защитникам уйти вместе со своим имуществом, что соответствовало исламским правилам ведения войны и той практике, которая была принята в Османской империи. Символом этого завоевания стало преобразование кафедрального собора в главную мечеть города, названную именем султана. Две другие церкви также превратились в мечети, причем одна из них была названа в честь победоносного военачальника, Силахдара Юсуф-паши.

Несмотря на столь многообещающий взлет, дни Силахдара Юсуф-паши оказались сочтены. Вернувшсь в Стамбул, он подвергся резкой критике со стороны великого визиря, Киван Капукубаши Султанзаде Мехмед-паши, недовольного тем, как он вел осаду крепости, и в особенности тем фактом, что он привез так мало трофеев. Хотя султан Ибрагим, который выслушал аргументы обеих сторон, намеревался снять Киван Капукубаши Султанзаде Мехмеда с должности великого визиря, Силахдар Юсуф обнаружил, что ему не стоило надеяться на постоянное расположение султана. Когда он отказался возвращаться на Крит, аргументируя это тем, что зима — не время для ведения боевых действий и что флот к ним просто не готов, Ибрагим приказал его казнить за неповиновение.

В 1646 году военные действия распространились на другой участок разбитой на изолированные друг от друга куски венецианско-турецкой границы. Это случилось, когда турки захватили принадлежавшие венецианцам важные территории на побережье Далмации, некоторые из которых они потеряли уже в следующем году. Впрочем, война на Крите шла вполне успешно. В начале года пала крепость Ретимно, вскоре за ней последовали менее крупные укрепленные пункты, разбросанные по всему острову. Осада Ираклиона (Кандии), самого большого города на этом острове, началась в октябре 1647 года (и продолжалась в течение следующих 22 лет), а к 1648 году остатки оборонительных укреплений острова, представлявшие собой пару незначительных фортов, оказались в руках турок. В результате, появилась возможность ввести простейшую систему административного управления, хотя остров все еще мало что мог дать в смысле взимания налогов. Но вскоре военные успехи Османской империи закончились. В 1646 году силы Венеции высадились на острове Бозкаада (Тенедос), и хотя они получили отпор, но тот факт, что венецианцы смогли потревожить турецкое судоходство в районе, так близко расположенном от главного порта империи (и имевшем столь важное стратегическое значение для морских коммуникаций с Критом), не предвещал ничего хорошего. В 1648 году венецианский флот блокировал Дарданеллы, и в течение года турки не могли выйти в Эгейское море, чтобы поддерживать снабжение своих гарнизонов на Крите. Снабжение Стамбула также было затруднено. Османский военный флот покинул свою базу и по суше был доставлен в укрепленный порт Чешме, в западной Малой Азии, что позволило ему в какой-то степени преодолеть скованность действий, вызванных блокадой. В апреле 1649 года из Стамбула вышла новая мощная эскадра, и блокада была прорвана.

Война, вспыхнувшая между Османской империей и Венецией, нашла отражение далеко за пределами критского театра военных действий. В последние годы, раздражение, которое вызывали у поляков крымские татары, достигло небывалого уровня, так как усилия, необходимые для того, чтобы защитить Речь Посполитую от их набегов, поглощали ресурсы, которым можно было бы найти лучшее применение. Вскоре после своего восхождения на трон, в 1632 году, король Владислав IV стал вынашивать планы «турецкой войны», и теперь он нашел горячего сторонника этих планов в лице венецианского посланника при своем дворе, Джованни Тьеполо, который внушал ему, что пока внимание турок сосредоточено на Крите, казакам, номинально считавшимся подданными Владислава, следовало напасть на побережье Черного моря, находившееся в руках Османской империи. В прошлом такая тактика приводила Стамбул в ужас. Кроме того, Тьеполо предлагал финансовую помощь. Считая, что провоцировать самих турок слишком опасно, Владислав придерживался мнения, что более мудрым решением было бы нападение на татар, которое в любом случае переросло бы в войну с их османским сюзереном. Эта идея понравилась Тьеполо, который в марте 1646 года добился от венецианского правительства обещания, что оно финансирует такое предприятие.

Владиславу не удалось заручиться поддержкой своего собственного правительства, но соседи Речи Посполитой (Московия и находившиеся в вассальной зависимости от Османской империи государства Валахия, Молдавия и Трансильвания) дали знать, что он может рассчитывать на то, что они поддерживают его план, который, как он полагал, можно было бы осуществить при минимальных затратах, используя находившихся в его распоряжении казаков. Но как раз в это время набеги татар на земли Речи Посполитой временно прекратились, а правительство Османской империи, знавшее, насколько трудно вести войну на два фронта, заняло примирительную позицию в своих делах с Владиславом. Однако самым важным было то обстоятельство, что конституция Польши не позволяла вести агрессивную войну, а его собственное правительство и не думало менять свою позицию. Королю оставалось лишь покориться воле правительства.